PDB-9qhc: Crystal structure of 8-repeat CTPR protein with eliminated coordi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qhc

タイトル

Crystal structure of 8-repeat CTPR protein with eliminated coordination sites

要素

Engineered tetratricopeptide repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / crystal engineering / protein engineering

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Liutkus, M. / Rojas, A.L. / Cortajarena, A.L.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Rational Crystal Contact Engineering for Programmable Self-Assembled Protein Architectures.
著者: Liutkus, M. / Rojas, A.L. / Cortajarena, A.L.

履歴

登録	2025年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qhc.cif.gz	125.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qhc.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qhc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qhc_validation.pdf.gz	449 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qhc_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	9qhc_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	9qhc_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/9qhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/9qhc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qhbC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Engineered tetratricopeptide repeat protein

B: Engineered tetratricopeptide repeat protein

ヘテロ分子

68.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Engineered tetratricopeptide repeat protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Engineered tetratricopeptide repeat protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.260, 134.185, 78.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Engineered tetratricopeptide repeat protein 分子量: 34250.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 5.5, 100 mM CaCl2, 25% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.879→67.18 Å / Num. obs: 10700 / % possible obs: 54.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.879→3.216 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 535 / CC_1/2: 0.673 / R_pim(I) all: 0.446 / R_rim(I) all: 1.454

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.88→67.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.832 / SU B: 24.757 / SU ML: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.818 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33834	520	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20552	-	-	-
obs	0.21195	10180	54.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.651 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.88→67.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4639	0	10	5	4654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	4788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.575	1.844	6505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.532	1.768	9493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.248	5	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.964	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.93	10	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.33	9.706	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.321	9.704	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.798	17.416	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	14.801	17.419	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.833	10.623	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.831	10.622	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.567	19.193	3752
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.477	110.95	6229
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20.475	110.94	6230
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.88→2.954 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.792	4	-
R_work	0.569	55	-
obs	-	-	4.19 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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