PDB-9qgf: Crystal structure of an NADH-accepting ene reductase variant Nost...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qgf

タイトル

Crystal structure of an NADH-accepting ene reductase variant NostocER1-L1,5 mutant T354K

要素

All1865 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ene reductase / Cyanobacteria / Achromobacter sp. JA81 Loop / Alkene reductase / Formate Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.444 Å

データ登録者

Bischoff, D. / Walla, B. / Janowski, R. / Maslakova, A. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Rational Introduction of Electrostatic Interactions at Crystal Contacts to Enhance Protein Crystallization of an Ene Reductase.
著者: Walla, B. / Maslakova, A. / Bischoff, D. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

履歴

登録	2025年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qgf.cif.gz	417.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qgf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/9qgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/9qgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qgbC 9qgcC 9qgdC 9qgeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: All1865 protein

B: All1865 protein

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: All1865 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: All1865 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.5, 68.08, 91.71
Angle α, β, γ (deg.)	90, 93.7, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	All1865 protein 分子量: 40752.414 Da / 分子数: 2 / 変異: D354K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) 遺伝子: all1865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YVV8

-
非ポリマー , 6種, 913分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-A1I6V / 1-[(6~{R})-3,3-diethanoyl-6-methyl-cyclohexa-1,4-dien-1-yl]ethanone 分子量: 220.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 25 mM sodium phosphate pH 7.2, 75 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M NH4Cl, 5 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→48.8 Å / Num. obs: 120777 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.84 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.63
反射シェル	解像度: 1.44→1.53 Å / 冗長度: 6.54 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 19339 / CC_1/2: 0.526 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
XDS	Jun 30, 2024	データ削減
XDS	Jun 30, 2024	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.444→48.799 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.191 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	6039	5 %
R_work	0.1418	114736	-
all	0.144	-	-
obs	-	120775	98.764 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.397 Å²	0 Å²	0.427 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.444→48.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5478	0	118	900	6496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	6032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.828	1.821	8268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.293	5	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.983	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.448	10	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.4	10	286
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.792	1.411	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.413	2.546	3794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.344	1.585	3036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.502	2.836	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.41	20.173	10034
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.546	3	6032

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.444-1.481	0.331	444	0.304	8435	0.305	9019	0.919	0.937	98.4477	0.298
1.481-1.522	0.265	429	0.244	8147	0.245	8717	0.95	0.962	98.3825	0.231
1.522-1.566	0.29	407	0.227	7746	0.23	8573	0.945	0.966	95.1009	0.209
1.566-1.614	0.235	412	0.192	7826	0.194	8279	0.961	0.976	99.5048	0.169
1.614-1.667	0.201	401	0.157	7617	0.159	8027	0.976	0.985	99.8879	0.135
1.667-1.725	0.217	390	0.141	7403	0.145	7812	0.967	0.988	99.7568	0.119
1.725-1.79	0.196	374	0.128	7114	0.131	7513	0.976	0.99	99.6672	0.104
1.79-1.863	0.193	360	0.121	6833	0.124	7213	0.975	0.991	99.7227	0.1
1.863-1.946	0.161	345	0.11	6559	0.112	6936	0.984	0.993	99.5386	0.093
1.946-2.041	0.167	328	0.119	6238	0.121	6665	0.984	0.993	98.5146	0.104
2.041-2.151	0.167	298	0.117	5660	0.119	6279	0.985	0.993	94.8877	0.104
2.151-2.281	0.17	298	0.115	5662	0.118	5979	0.982	0.993	99.6822	0.104
2.281-2.438	0.178	282	0.117	5347	0.12	5632	0.982	0.992	99.9467	0.108
2.438-2.633	0.179	261	0.126	4972	0.129	5239	0.98	0.99	99.8855	0.121
2.633-2.883	0.181	240	0.128	4556	0.13	4804	0.98	0.99	99.8335	0.126
2.883-3.222	0.154	218	0.135	4134	0.136	4386	0.987	0.989	99.2248	0.135
3.222-3.718	0.163	191	0.13	3643	0.132	3890	0.983	0.99	98.5604	0.136
3.718-4.547	0.173	159	0.124	3009	0.127	3278	0.985	0.991	96.6443	0.14
4.547-6.403	0.155	128	0.154	2431	0.154	2560	0.987	0.989	99.9609	0.177
6.403-48.799	0.221	74	0.191	1405	0.193	1484	0.98	0.982	99.6631	0.217

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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