PDB-9qgd: Crystal structure of an NADH-accepting ene reductase variant Nost...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qgd

タイトル

Crystal structure of an NADH-accepting ene reductase variant NostocER1-L1,5 mutant Q350K

要素

All1865 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ene reductase / Cyanobacteria / Achromobacter sp. JA81 Loop / Alkene reductase / Formate Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.239 Å

データ登録者

Bischoff, D. / Walla, B. / Janowski, R. / Maslakova, A. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Rational Introduction of Electrostatic Interactions at Crystal Contacts to Enhance Protein Crystallization of an Ene Reductase.
著者: Walla, B. / Maslakova, A. / Bischoff, D. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

履歴

登録	2025年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qgd.cif.gz	230 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qgd.ent.gz	147.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qgd_validation.pdf.gz	789.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qgd_full_validation.pdf.gz	795.8 KB	表示
XML形式データ	9qgd_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	9qgd_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/9qgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/9qgd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9qgbC 9qgcC 9qgeC 9qgfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: All1865 protein

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.32, 68.38, 89.87
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#1: タンパク質	All1865 protein 分子量: 40725.387 Da / 分子数: 1 / 変異: T350K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) 遺伝子: all1865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YVV8

-
非ポリマー , 5種, 522分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 25 mM sodium phosphate pH 7.2, 75 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M NH4Cl, 5 mM CaCl2, 15% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.239→50 Å / Num. obs: 95888 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 12.57 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.81
反射シェル	解像度: 1.239→1.31 Å / 冗長度: 9.88 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 14216 / CC_1/2: 0.734 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
XDS	Jun 30, 2024	データ削減
XDS	Jun 30, 2024	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.239→47.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 1.487 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.149	4795	5.001 %
R_work	0.1189	91093	-
all	0.12	-	-
obs	-	95888	98.485 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.034 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.173 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.993 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.165 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.239→47.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2745	0	52	515	3312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.053	1.811	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.393	5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.389	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.357	10	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.74	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.539	1.547	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.102	2.795	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7	1.795	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.303	3.185	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.433	25.346	5345
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.704	3	3131

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.239-1.271	0.285	304	0.253	5782	0.255	7109	0.948	0.952	85.6098	0.23
1.271-1.306	0.203	329	0.212	6245	0.211	6914	0.965	0.972	95.0824	0.184
1.306-1.344	0.193	339	0.177	6445	0.177	6785	0.976	0.981	99.9853	0.15
1.344-1.385	0.188	328	0.154	6225	0.156	6554	0.97	0.986	99.9847	0.127
1.385-1.43	0.167	319	0.134	6055	0.136	6375	0.983	0.99	99.9843	0.107
1.43-1.481	0.144	306	0.113	5828	0.115	6134	0.987	0.992	100	0.089
1.481-1.536	0.145	297	0.107	5638	0.109	5959	0.985	0.994	99.5972	0.084
1.536-1.599	0.135	285	0.091	5418	0.093	5755	0.988	0.996	99.0964	0.072
1.599-1.67	0.123	275	0.075	5224	0.077	5501	0.99	0.997	99.9636	0.061
1.67-1.752	0.137	264	0.081	5001	0.083	5265	0.989	0.997	100	0.068
1.752-1.846	0.116	251	0.08	4781	0.082	5033	0.992	0.996	99.9801	0.069
1.846-1.958	0.133	239	0.092	4532	0.094	4771	0.988	0.995	100	0.083
1.958-2.093	0.124	224	0.099	4257	0.101	4486	0.991	0.995	99.8885	0.094
2.093-2.26	0.144	208	0.102	3962	0.104	4185	0.988	0.995	99.6416	0.1
2.26-2.475	0.145	193	0.108	3668	0.11	3861	0.988	0.993	100	0.11
2.475-2.767	0.155	176	0.118	3345	0.12	3523	0.984	0.991	99.9432	0.126
2.767-3.193	0.173	156	0.124	2962	0.127	3120	0.982	0.991	99.9359	0.138
3.193-3.906	0.113	134	0.105	2538	0.106	2676	0.992	0.993	99.8505	0.125
3.906-5.505	0.138	105	0.119	2003	0.12	2108	0.991	0.993	100	0.149
5.505-47.11	0.231	63	0.246	1184	0.245	1248	0.952	0.977	99.9199	0.291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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