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- PDB-9qgb: Crystal structure of an NADH-accepting ene reductase variant Nost... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qgb
タイトルCrystal structure of an NADH-accepting ene reductase variant NostocER1-L1,5 (engineered Loop Swap from Achromobacter sp. JA81)
要素All1865 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ene reductase / Cyanobacteria / Achromobacter sp. JA81 Loop / Alkene reductase / Formate Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / All1865 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Bischoff, D. / Walla, B. / Janowski, R. / Maslakova, A. / Maehler, C. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WE2715/14-2 ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2025
タイトル: Rational Introduction of Electrostatic Interactions at Crystal Contacts to Enhance Protein Crystallization of an Ene Reductase.
著者: Walla, B. / Maslakova, A. / Bischoff, D. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.
履歴
登録2025年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: All1865 protein
B: All1865 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,65526
ポリマ－81,4492
非ポリマー2,20624
水20,7351151
1
A: All1865 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,73611
ポリマ－40,7241
非ポリマー1,01210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: All1865 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,91915
ポリマ－40,7241
非ポリマー1,19514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.22, 67.78, 91.52
Angle α, β, γ (deg.)90, 93.52, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 All1865 protein


分子量: 40724.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
遺伝子: all1865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YVV8

-
非ポリマー , 6種, 1175分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 25 mM sodium phosphate pH 7.2, 75 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M NH4Cl, 5 mM CaCl2, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→48.53 Å / Num. obs: 178747 / % possible obs: 97.52 % / 冗長度: 6.75 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.95
反射 シェル解像度: 1.27→1.34 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 26180 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.100)精密化
XDSJun 30, 2024データ削減
XDSJun 30, 2024データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.27→48.528 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.385 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1614 8663 5 %
Rwork0.1302 164582 -
all0.132 --
obs-173245 97.739 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.513 Å20 Å2-0.444 Å2
2--0.349 Å20 Å2
3---0.217 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→48.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5490 0 144 1151 6785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0126042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9121.8158249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1415769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.943543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.02210897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.07610289
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.024786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.23102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.24053
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2580.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1940.272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8961.2133000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.332.1963793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8071.4243042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7342.5214456
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.29520.14710136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.99836042
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.27-1.3030.3375600.319106300.32130720.9510.9685.60280.308
1.303-1.3390.3066180.281117450.282126880.9580.97297.43850.266
1.339-1.3770.2536160.226117110.228124240.9750.98299.21930.208
1.377-1.420.2085950.177113010.179120270.9820.98898.91080.158
1.42-1.4660.1865720.136108600.138116030.9820.99198.52620.115
1.466-1.5180.1465560.105105610.107113030.9870.99498.35440.086
1.518-1.5750.1385350.09101800.093109060.9880.99598.24870.075
1.575-1.6390.1335130.08597430.087104320.9890.99698.31290.072
1.639-1.7120.1275010.08595140.087100770.9910.99699.38470.074
1.712-1.7950.1274780.08890810.0996230.9910.99699.33490.08
1.795-1.8920.1444530.10386190.10591570.990.99699.07170.096
1.892-2.0070.1494270.11981010.1286550.990.99698.53260.113
2.007-2.1450.1494010.12276130.12381620.990.99598.18670.118
2.145-2.3170.1423720.11570750.11675880.990.99498.14180.112
2.317-2.5370.1453510.1166620.11270180.9880.99399.92880.11
2.537-2.8360.1553140.1259840.12263040.9850.99199.90480.123
2.836-3.2730.1482810.12153230.12256260.9870.99299.6090.128
3.273-4.0040.1322310.10943970.1147640.9910.99397.14530.123
4.004-5.6430.1721830.14934790.1537120.9890.99398.6530.173
5.643-48.5280.2741060.2720030.2721090.9850.9821000.304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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