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- PDB-9qfv: Human Tryptase beta-2 (hTPSB2) -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qfv
タイトルHuman Tryptase beta-2 (hTPSB2)
要素Tryptase beta-2
キーワードHYDROLASE / BETA-TRYPTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / serine-type peptidase activity / : / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Tryptase beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Porta, A. / Manelfi, C. / Talarico, C. / Beccari, A.R. / Brindisi, M. / Summa, V. / Iaconis, D. / Gobbi, M. / Beeg, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2025
タイトル: Integrating Surface Plasmon Resonance and Docking Analysis for Mechanistic Insights of Tryptase Inhibitors.
著者: Porta, A. / Manelfi, C. / Talarico, C. / Beccari, A.R. / Brindisi, M. / Summa, V. / Iaconis, D. / Gobbi, M. / Beeg, M.
履歴
登録2025年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase beta-2
B: Tryptase beta-2
C: Tryptase beta-2
D: Tryptase beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,40339
ポリマ－109,9664
非ポリマー3,43735
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.634, 78.634, 165.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tryptase beta-2 / Tryptase-2 / Tryptase II


分子量: 27491.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Lung / 参照: UniProt: P20231, tryptase

-
非ポリマー , 7種, 589分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: The protein was formulated as a 2 mg/mL solution in 10 mM MES (pH 6.1) and 2M NaCl, and was crystallized from a solution of 0.1 M NaoAc (pH 4.6), 0.2 M ammonium sulfate and 30% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→68.1 Å / Num. obs: 70311 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.06→2.094 Å / Num. unique obs: 70696 / CC1/2: 0.997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv.5精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→68.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.89 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21921 365 21.9 %RANDOM
Rwork0.18825 ---
obs0.18842 70311 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.788 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20.6 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----3.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→68.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7715 0 212 554 8481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.64311208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1391.57117204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.89551002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2721.974390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.487151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0631543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7433.8533937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7333.8513932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5955.7794918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5955.784919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1774.194242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1764.194243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3596.1616277
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.72244.9978676
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.69244.8278617
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A27510.03
12B27510.03
21A27880.01
22C27880.01
31A27320.03
32D27320.03
41B27380.03
42C27380.03
51B27980.02
52D27980.02
61C27100.03
62D27100.03
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.112 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 27 -
Rwork0.295 5184 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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