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- PDB-9qf4: Structure of P. furiosus 70S ribosome grown at 95 degC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qf4
タイトルStructure of P. furiosus 70S ribosome grown at 95 degC
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 33
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 25
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • C2H2-type domain-containing protein
  • Zn-ribbon RNA-binding protein
キーワードRIBOSOME / RNA modification / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14e / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal ...Ribosomal protein L14e / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / : / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / metallochaperone-like domain / Zinc finger, C2H2 type / TRASH domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / zinc finger / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / : / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19e / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal S17
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Zn-ribbon RNA-binding protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Zn-ribbon RNA-binding protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein eL15 / C2H2-type domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL16
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Matzov, D. / Georgeson, G. / Westhof, E. / Schwartz, S. / Shalev-Benami, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
iNEXT-Discovery24433European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Pan-modification profiling facilitates a cross-evolutionary dissection of the thermoregulated ribosomal epitranscriptome.
著者: Miguel A Garcia-Campos / Joe Georgeson / Ronit Nir / Robert Reichelt / Kristin A Fluke / Donna Matzov / Vinithra Iyer / Brett W Burkhart / Lauren Lui / Anatoly Kustanovich / Felix Grünberger ...著者: Miguel A Garcia-Campos / Joe Georgeson / Ronit Nir / Robert Reichelt / Kristin A Fluke / Donna Matzov / Vinithra Iyer / Brett W Burkhart / Lauren Lui / Anatoly Kustanovich / Felix Grünberger / Supuni Thalalla-Gamage / Shereen A Howpay-Manage / Milan Gerovac / Nicolas Alexandre / Yuko Nobe / Jakub S Nowak / Manoj Perera / Alexander Apostle / Shiyue Fang / Sebastian Glatt / Ghil Jona / Sébastien Ferreira-Cerca / Jörg Vogel / Masato Taoka / Jordan L Meier / Eric Westhof / Thomas J Santangelo / Dina Grohmann / Moran Shalev-Benami / Schraga Schwartz /
要旨: Ribosomal RNA (rRNA) constitutes the core of ribosomes and is extensively chemically modified. Technical challenges have precluded systematically dissecting rRNA modifications and their dynamics. We ...Ribosomal RNA (rRNA) constitutes the core of ribosomes and is extensively chemically modified. Technical challenges have precluded systematically dissecting rRNA modifications and their dynamics. We develop Pan-Mod-seq, permitting inference of 16 distinct modifications across dozens of samples in parallel. We applied Pan-Mod-seq to RNA from 14 species spanning all domains of life, cultured under highly diverse conditions. While dynamic modifications are rare in mesophiles, in extreme hyperthermophiles, ∼50% of modifications are dynamic. We dissect the biogenesis and function of a conserved module of tandem mC-acC modifications, co-induced at high temperatures, via enzymes intrinsically regulated by temperature and required for growth at higher temperatures. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of ribosomes from wild-type (WT) and enzyme-deficient archaea reveal recurrent molecular interactions through which they confer structural stability, and biophysical studies demonstrate their synergistic thermostabilizing role. Our findings systematically dissect rRNA modification plasticity and pave the way for surveying the rRNA epitranscriptome in health and disease.
履歴
登録2025年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: 16S rRNA
Aa: Small ribosomal subunit protein uS2
Ab: Small ribosomal subunit protein uS3
Ac: Small ribosomal subunit protein eS1
Ad: Small ribosomal subunit protein uS4
Ae: Small ribosomal subunit protein eS4
Af: Small ribosomal subunit protein uS5
Ag: Small ribosomal subunit protein eS6
Ah: Small ribosomal subunit protein uS7
Ai: Small ribosomal subunit protein uS8
Aj: Small ribosomal subunit protein eS8
Ak: Small ribosomal subunit protein uS9
Al: Small ribosomal subunit protein uS10
Am: Small ribosomal subunit protein uS11
An: Small ribosomal subunit protein uS12
Ao: Small ribosomal subunit protein uS13
Ap: Small ribosomal subunit protein uS14
Aq: Small ribosomal subunit protein uS15
Ar: Small ribosomal subunit protein uS17
As: Small ribosomal subunit protein eS17
At: Small ribosomal subunit protein uS19
Au: Small ribosomal subunit protein eS19
Av: Small ribosomal subunit protein eS24
Aw: Small ribosomal subunit protein eS27
Ax: Small ribosomal subunit protein eS28
Ay: Zn-ribbon RNA-binding protein
B1: 23S rRNA
B2: 5S rRNA
BA: Large ribosomal subunit protein uL2
BB: Large ribosomal subunit protein uL3
BC: Large ribosomal subunit protein uL4
BD: Large ribosomal subunit protein uL5
BE: Large ribosomal subunit protein uL6
BF: Large ribosomal subunit protein eL8
BG: Large ribosomal subunit protein eL8
BH: Large ribosomal subunit protein uL16
BI: Large ribosomal subunit protein uL13
BJ: Large ribosomal subunit protein uL14
BK: Large ribosomal subunit protein eL14
BL: Large ribosomal subunit protein eL14
BM: Large ribosomal subunit protein uL15
BN: Large ribosomal subunit protein eL15
BO: Large ribosomal subunit protein uL18
BP: Large ribosomal subunit protein eL18
BQ: Large ribosomal subunit protein eL19
BR: Large ribosomal subunit protein eL21
BS: Large ribosomal subunit protein uL22
BT: Large ribosomal subunit protein uL23
BU: Large ribosomal subunit protein uL24
BV: Large ribosomal subunit protein eL24
BW: Large ribosomal subunit protein uL29
BX: Large ribosomal subunit protein uL30
BY: Large ribosomal subunit protein eL30
BZ: Large ribosomal subunit protein eL31
Ba: Large ribosomal subunit protein eL32
Bb: Large ribosomal subunit protein eL34
Bc: Large ribosomal subunit protein eL33
Bd: Large ribosomal subunit protein eL37
Be: Large ribosomal subunit protein eL43
Bf: Large ribosomal subunit protein eL39
Bg: Large ribosomal subunit protein eL40
Bh: Small ribosomal subunit protein eS32
Bi: Large ribosomal subunit protein eL42
Bj: Large ribosomal subunit protein eL20
Bk: C2H2-type domain-containing protein
Bl: Small ribosomal subunit protein eS24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,478,03979
ポリマ－2,477,18966
非ポリマー85013
水44,9472495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 A1B1B2

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 489055.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌)
#27: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 997558.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌)
#28: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 40673.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌)

+
Small ribosomal subunit protein ... , 25種, 26分子 AaAbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtAuAvBlAwAxBh

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 23039.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0F0
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23464.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U004
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 22984.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZE1
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 21381.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: P61993
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4 / 30S ribosomal protein S4e


分子量: 28197.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U011
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5 / PfS5


分子量: 26590.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U017
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6 / 30S ribosomal protein S6e


分子量: 14002.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3H8
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 24701.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0M8
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14684.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U014
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8 / 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14293.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U1Y5
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 15317.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E7
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11769.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: P61885
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 14756.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E3
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 16477.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: P61995
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 16948.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E2
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6634.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U013
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 18640.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZD9
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 13296.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U008
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17 / 30S ribosomal protein S17e


分子量: 7942.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0U1
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 15357.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U002
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 17394.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0T4
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24 / 30S ribosomal protein S24e


分子量: 11698.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U442
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 30S ribosomal protein S27e


分子量: 6888.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U474
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28 / 30S ribosomal protein S28e


分子量: 8116.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U159
#60: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit protein eS32 / 50S ribosomal protein L41e / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 5023.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U232

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AyBk

#26: タンパク質 Zn-ribbon RNA-binding protein


分子量: 6824.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: I6U991
#63: タンパク質 C2H2-type domain-containing protein


分子量: 7597.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U2K5

+
Large ribosomal subunit protein ... , 33種, 35分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBd...

#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 26085.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U001
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 41465.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 50S ribosomal protein L3P / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZZ8
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 28765.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZZ9
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 21269.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U012
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 20891.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U015
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13414.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U160
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L10e


分子量: 20974.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UWP5
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16345.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E6
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 15264.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U009
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL14 / 50S ribosomal protein L14e


分子量: 8979.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U2L5
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 16439.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U018
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL15 / 50S ribosomal protein L15e


分子量: 22644.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U2F9
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18 / PfL18


分子量: 23233.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q9HH80
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18 / 50S ribosomal protein L18e


分子量: 13758.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E5
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19 / 50S ribosomal protein L19e / PfeL19


分子量: 17920.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U016
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21 / 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11371.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U217
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 17679.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U003
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 9893.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U000
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 14364.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U010
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24 / 50S ribosomal protein L24e


分子量: 7938.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U158
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 8549.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U005
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30 / PfL30


分子量: 17745.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q9HH78
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30 / 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10727.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0M6
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31 / 50S ribosomal protein L31e


分子量: 11083.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3S7
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32 / 50S ribosomal protein L32e / PfeL32


分子量: 15576.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q9HH82
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34 / 50S ribosomal protein L34e


分子量: 10677.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U2L3
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL33 / 50S ribosomal protein L35Ae


分子量: 9755.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZV6
#56: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37 / 50S ribosomal protein L37e


分子量: 7245.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0P5
#57: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43 / 50S ribosomal protein L37Ae / Ribosomal protein L43e


分子量: 8956.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZI4
#58: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39 / 50S ribosomal protein L39e


分子量: 6323.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3S6
#59: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 50S ribosomal protein L40e


分子量: 5858.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0V6
#61: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42 / 50S ribosomal protein L44e


分子量: 11234.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U475
#62: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20 / 50S ribosomal protein L18Ae / 50S ribosomal protein L20e / 50S ribosomal protein LX


分子量: 9350.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3S9

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非ポリマー , 2種, 2508分子

#64: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#65: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: P. furiosus 70S / タイプ: RIBOSOME / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3cryoSPARC粒子像選択
7cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169992 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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