PDB-9qek: Structure of Human ROS1 Kinase Domain Harboring the G2032R Solven...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qek

タイトル

Structure of Human ROS1 Kinase Domain Harboring the G2032R Solvent-front Mutation in Complex with Zidesamtinib (NVL-520)

要素

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS

キーワード

TRANSFERASE / ROS1 / G2032R / Solvent-Front Mutation / Zidesamtinib / NVL-520

機能・相同性

機能・相同性情報

columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of TOR signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / protein phosphatase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.205 Å

データ登録者

Tangpeerachaikul, A. / Mente, S. / Magrino, J. / Gu, F. / Horan, J.C. / Pelish, H.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2025
タイトル: Zidesamtinib Selective Targeting of Diverse ROS1 Drug-Resistant Mutations.
著者: Tangpeerachaikul, A. / Mente, S. / Magrino, J. / Gu, F. / Horan, J.C. / Pelish, H.E.

履歴

登録	2025年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年7月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qek.cif.gz	164.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qek.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9qek_validation.pdf.gz	822.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qek_full_validation.pdf.gz	822.9 KB	表示
XML形式データ	9qek_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	9qek_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qek	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (3) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (2) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (3)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS

ヘテロ分子

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.020, 106.020, 50.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS / Proto-oncogene c-Ros / Proto-oncogene c-Ros-1 / Receptor tyrosine kinase c-ros oncogene 1 / c-Ros ...Proto-oncogene c-Ros / Proto-oncogene c-Ros-1 / Receptor tyrosine kinase c-ros oncogene 1 / c-Ros receptor tyrosine kinase 分子量: 34540.844 Da / 分子数: 1 / 変異: G2032R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROS1, MCF3, ROS 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P08922, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1I6Z / Zidesamtinib 分子量: 419.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂FN₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.83 詳細: 0.6 M Potassium Thiocyanate, 0.1 M Citric Acid/Tri-sodium Citrate pH 4.83, 22% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885603 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.885603 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.205→34.703 Å / Num. obs: 12138 / % possible obs: 73.4 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 78.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.205→2.427 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.373 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1214 / CC_1/2: 0.671 / R_pim(I) all: 0.585 / R_rim(I) all: 1.495 / % possible all: 29.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20220820	データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
STARANISO	2.3.94	データスケーリング
PHASER	5.8.0419	位相決定
REFMAC	5.8.0430	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.205→34.703 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 19.193 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	370	3.049 %
R_work	0.2011	11767	-
all	0.203	-	-
obs	-	12137	73.375 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.337 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.562 Å²	0.281 Å²	0 Å²
2-	-	0.562 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.823 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.205→34.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2217	0	35	42	2294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.981	1.851	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.327	1.771	5117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.749	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.917	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.922	10	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.234	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.102	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.198	5.263	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.198	5.263	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.672	9.442	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.671	9.44	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.32	5.479	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.32	5.477	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.948	9.952	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.946	9.95	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.416	53.054	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.417	53.061	2561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.205-2.262	0.342	3	0.317	93	X-RAY DIFFRACTION	7.8624
2.262-2.323	0.317	11	0.325	287	X-RAY DIFFRACTION	25.7118
2.323-2.391	0.201	13	0.298	515	X-RAY DIFFRACTION	46.0733
2.391-2.464	0.494	25	0.268	584	X-RAY DIFFRACTION	55.0135
2.464-2.544	0.244	17	0.272	721	X-RAY DIFFRACTION	67.6444
2.544-2.633	0.285	22	0.245	780	X-RAY DIFFRACTION	77.264
2.633-2.732	0.328	26	0.234	849	X-RAY DIFFRACTION	86.6337
2.732-2.842	0.324	20	0.236	880	X-RAY DIFFRACTION	92.1187
2.842-2.968	0.26	18	0.242	913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.112	0.285	33	0.235	877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.112-3.279	0.335	27	0.223	811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.279-3.475	0.248	19	0.211	587	X-RAY DIFFRACTION	74.8148
3.475-3.713	0.31	17	0.2	568	X-RAY DIFFRACTION	78
3.713-4.006	0.303	14	0.194	575	X-RAY DIFFRACTION	82.2626
4.006-4.383	0.21	25	0.167	645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.383-4.891	0.223	24	0.159	570	X-RAY DIFFRACTION	100
4.891-5.629	0.336	19	0.201	514	X-RAY DIFFRACTION	100
5.629-6.849	0.43	13	0.212	439	X-RAY DIFFRACTION	100
6.849-9.503	0.291	12	0.165	346	X-RAY DIFFRACTION	100
9.503-34.703	0.165	12	0.187	213	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.7207 Å / Origin y: -11.8759 Å / Origin z: -1.5547 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0809 Å²	0.0345 Å²	-0.0472 Å²	-	0.0835 Å²	-0.106 Å²	-	-	0.2133 Å²
L	0.6622 °²	0.5922 °²	-0.0018 °²	-	1.1073 °²	0.5187 °²	-	-	0.502 °²
S	0.1763 Å °	0.0075 Å °	-0.03 Å °	0.0748 Å °	-0.171 Å °	0.0629 Å °	-0.0743 Å °	-0.1212 Å °	-0.0054 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1933 - 1935
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	W	1936
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL		1937 - 2401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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