PDB-9qei: CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qei

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tuberculosis COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD01866774

要素

Lysine--tRNA ligase 1

キーワード

LIGASE / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dawson, A. / Cleghorn, L.A.T. / Davis, S.H.

資金援助

米国,

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and Development of Lysyl tRNA Synthetase Inhibitors, for the Treatment of Tuberculosis.
著者: Davis, S.H. / Mathieson, M. / Buchanan, K.I. / Dawson, A. / Smith, A. / Cocco, M. / Tamaki, F.K. / Post, J.M. / Baragana, B. / Jansen, C. / Kiczun, M. / Zuccotto, F. / Wood, G. / Scullion, P. ...

履歴

登録	2025年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qei.cif.gz	112.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qei.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qei_validation.pdf.gz	749.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qei_full_validation.pdf.gz	757.4 KB	表示
XML形式データ	9qei_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	9qei_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qbrC 9qc3C 9qc4C 9qdjC 9qeaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.929, 83.929, 147.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase 1 / Lysyl-tRNA synthetase 1 / LysRS 1 分子量: 58189.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lysS1, lysS, Rv3598c, MTCY07H7B.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU9, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1I62 / 2-azanyl-4-ethoxy-6-[(1~{R},2~{S})-2-oxidanylcyclohexyl]-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one 分子量: 292.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 % / 解説: block
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: reservoir: 0.25 M NaOAc, 14% W/V PEG 3350 Protein buffer: 25 mM HEPES, 0.5 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, pH 7 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→147.29 Å / Num. obs: 20488 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 63.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.056 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 2.311 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2176 / CC_1/2: 0.508 / R_pim(I) all: 1.17 / Χ²: 0.99 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→55.417 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 30.161 / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.342 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	970	4.751 %
R_work	0.25	19448	-
all	0.253	-	-
obs	-	20418	95.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.058 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.248 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.248 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→55.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3572	0	31	26	3629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.833	4981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.485	1.76	8117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.354	5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.135	5.349	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.813	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.961	10	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.463	10	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	891
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.132	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.358	8.931	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.355	8.931	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.502	16.016	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.5	16.014	2295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.685	9.267	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.683	9.265	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.849	16.886	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.847	16.884	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.968	90.749	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.967	90.748	4130

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.559	69	0.523	1470	0.524	1554	0.83	0.77	99.0348	0.506
2.462-2.53	0.532	73	0.504	1397	0.505	1493	0.783	0.76	98.4595	0.472
2.53-2.603	0.522	68	0.473	1374	0.475	1454	0.693	0.751	99.1747	0.435
2.603-2.683	0.39	68	0.469	1332	0.465	1420	0.83	0.736	98.5915	0.421
2.683-2.77	0.484	66	0.434	1286	0.436	1367	0.717	0.802	98.9027	0.394
2.77-2.867	0.387	63	0.381	1271	0.381	1351	0.846	0.847	98.7417	0.341
2.867-2.975	0.404	57	0.352	1216	0.355	1299	0.837	0.862	97.9985	0.303
2.975-3.096	0.371	64	0.305	1163	0.309	1241	0.904	0.898	98.8719	0.259
3.096-3.234	0.333	46	0.263	1124	0.267	1196	0.903	0.93	97.8261	0.216
3.234-3.391	0.326	59	0.24	1068	0.245	1154	0.918	0.949	97.6603	0.201
3.391-3.574	0.358	41	0.241	1015	0.246	1087	0.91	0.95	97.1481	0.208
3.574-3.789	0.285	45	0.211	977	0.214	1051	0.938	0.965	97.2407	0.179
3.789-4.05	0.239	32	0.217	526	0.218	979	0.971	0.967	56.9969	0.189
4.05-4.372	0.399	47	0.194	856	0.203	928	0.904	0.974	97.306	0.177
4.372-4.787	0.224	52	0.172	769	0.175	848	0.96	0.98	96.816	0.159
4.787-5.347	0.289	36	0.193	715	0.198	783	0.938	0.976	95.9132	0.176
5.347-6.164	0.307	32	0.206	632	0.212	696	0.948	0.974	95.4023	0.186
6.164-7.526	0.239	25	0.175	549	0.178	613	0.967	0.98	93.6378	0.166
7.526-10.547	0.214	20	0.142	437	0.145	489	0.966	0.988	93.456	0.145
10.547-55.417	0.282	7	0.249	271	0.25	306	0.967	0.959	90.8497	0.262

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