PDB-9qea: CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qea

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tuberculosis COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD01839469

要素

Lysine--tRNA ligase 1

キーワード

LIGASE / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dawson, A. / Cleghorn, L.A.T. / Davis, S.H.

資金援助

米国,

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and Development of Lysyl tRNA Synthetase Inhibitors, for the Treatment of Tuberculosis.
著者: Davis, S.H. / Mathieson, M. / Buchanan, K.I. / Dawson, A. / Smith, A. / Cocco, M. / Tamaki, F.K. / Post, J.M. / Baragana, B. / Jansen, C. / Kiczun, M. / Zuccotto, F. / Wood, G. / Scullion, P. ...

履歴

登録	2025年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qea.cif.gz	113.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qea.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qea_validation.pdf.gz	771.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qea_full_validation.pdf.gz	785.7 KB	表示
XML形式データ	9qea_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	9qea_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/9qea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qbrC 9qc3C 9qc4C 9qdjC 9qeiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.999, 84.999, 148.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase 1 / Lysyl-tRNA synthetase 1 / LysRS 1 分子量: 58189.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lysS1, lysS, Rv3598c, MTCY07H7B.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU9, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1I61 / 2-azanyl-6-cyclohexyl-4-ethoxy-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one 分子量: 276.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.58 % / 解説: block
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: reservoir: 0.25 M NaOAc, 14% W/V PEG 3350 Protein buffer: 25 mM HEPES, 0.5 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, pH 7 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→85 Å / Num. obs: 22947 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 42.38 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 1.218 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2376 / CC_1/2: 0.96 / R_pim(I) all: 0.546 / Χ²: 0.75 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→60.176 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 18.74 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.307 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3106	1144	5 %
R_work	0.2548	21736	-
all	0.258	-	-
obs	-	22880	92.124 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.847 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→60.176 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3627	0	30	11	3668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.653	1.838	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.562	1.763	8275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.136	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.547	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.48	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.129	10	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.713	10	167
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.38	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.694	7.22	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.687	7.22	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.014	12.946	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.012	12.944	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.272	7.51	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.271	7.508	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.652	13.652	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.65	13.65	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.53	71.209	4177
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.529	71.204	4178

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.377	78	0.408	1710	0.406	1790	0.871	0.833	99.8883	0.387
2.36-2.424	0.44	85	0.405	1657	0.407	1744	0.83	0.844	99.8853	0.378
2.424-2.494	0.361	91	0.389	1601	0.388	1696	0.871	0.855	99.7642	0.359
2.494-2.571	0.403	101	0.379	1565	0.381	1666	0.851	0.863	100	0.352
2.571-2.655	0.429	56	0.34	972	0.345	1614	0.863	0.898	63.6927	0.318
2.655-2.748	0.372	39	0.366	481	0.366	1562	0.785	0.871	33.2907	0.332
2.748-2.852	0.413	65	0.336	1443	0.34	1509	0.882	0.911	99.9337	0.313
2.852-2.968	0.433	77	0.319	1367	0.325	1445	0.846	0.918	99.9308	0.288
2.968-3.1	0.37	81	0.274	1318	0.279	1399	0.894	0.942	100	0.252
3.1-3.25	0.366	48	0.257	1293	0.261	1343	0.899	0.951	99.8511	0.239
3.25-3.426	0.367	63	0.256	1216	0.261	1281	0.909	0.953	99.8439	0.244
3.426-3.633	0.39	57	0.294	1156	0.299	1218	0.896	0.942	99.5895	0.284
3.633-3.883	0.349	45	0.271	943	0.275	1161	0.908	0.946	85.0991	0.263
3.883-4.192	0.299	38	0.26	880	0.262	1052	0.941	0.95	87.2624	0.259
4.192-4.59	0.278	57	0.211	948	0.215	1005	0.951	0.968	100	0.219
4.59-5.128	0.291	44	0.21	868	0.214	913	0.952	0.972	99.8905	0.217
5.128-5.914	0.292	42	0.212	769	0.216	811	0.961	0.975	100	0.217
5.914-7.226	0.213	35	0.178	664	0.18	699	0.979	0.978	100	0.185
7.226-10.146	0.144	24	0.147	546	0.147	570	0.989	0.986	100	0.161
10.146-60.176	0.178	18	0.206	339	0.205	357	0.984	0.972	100	0.222

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