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- PDB-9qdt: Cytochrome c peroxidase YhjA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qdt
タイトルCytochrome c peroxidase YhjA
要素Probable cytochrome c peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome c / peroxidase / multiheme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide metabolic process / anaerobic electron transport chain / cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to hydrogen peroxide / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem-binding domain / Haem-binding domain / Haem-binding domain / Di-haem cytochrome c peroxidase / Di-haem cytochrome c peroxidase / : / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c peroxidase Ccp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.572 Å
データ登録者Einsle, O. / Wuest, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)403222702 ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Escherichia coli Triheme Enzyme YhjA: Structure and Reactivity.
著者: Hewitt, P. / Seidel, J. / Wust, A. / Smith, M. / Maiocco, S.J. / Shternberg, S. / Hoffmann, M. / Spatzal, T. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Elliott, S.J.
履歴
登録2025年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cytochrome c peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7169
ポリマ－46,4121
非ポリマー2,3038
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.42, 101.42, 134.68
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-619-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable cytochrome c peroxidase


分子量: 46412.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: yhjA, b3518, JW3486 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37197, cytochrome-c peroxidase

-
非ポリマー , 7種, 55分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 % / 解説: octagon
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8 M Na/K tartrate 100 mM HEPES/NaOH 2.5 mM Na2S2O4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→82 Å / Num. obs: 23032 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.57→2.69 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 1.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2759 / CC1/2: 0.785 / Rpim(I) all: 0.359 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.572→81.149 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 17.741 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 1185 5.158 %
Rwork0.1724 21791 -
all0.175 --
obs-22976 99.952 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 40.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.266 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.266 Å2-0 Å2
3---0.533 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.572→81.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3268 0 152 47 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0123517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9541.8924816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6441.7987474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1755416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.899517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.42810557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.61110158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2980.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2140.23121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21731
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0910.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.295
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0710.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1410.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1960.28
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0160.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9193.8151667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9193.8151667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3716.862082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3716.8622083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7524.1551850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6484.1411844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7757.4632734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6387.4422729
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.12536.3274144
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.08136.3164141
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.572-2.6390.292800.27815830.27916630.9360.9491000.25
2.639-2.7110.29900.25415250.25616150.9510.9581000.215
2.711-2.790.317910.23614790.2415700.9360.9641000.202
2.79-2.8750.271730.22714760.22915490.9440.9681000.193
2.875-2.9690.26740.20914170.21214910.9560.9731000.173
2.969-3.0740.21790.20313780.20414570.9680.9731000.17
3.074-3.1890.281810.19213020.19813830.950.9751000.163
3.189-3.3190.214610.18412830.18513440.9730.9781000.16
3.319-3.4670.257750.18112180.18512930.9570.9791000.154
3.467-3.6360.204580.17811920.1812500.9740.9791000.16
3.636-3.8320.247640.16511140.16911780.9610.9821000.15
3.832-4.0640.216550.1510790.15411340.9730.9861000.139
4.064-4.3430.167520.1310050.13110570.9840.991000.123
4.343-4.690.161570.1259410.1289980.9840.9911000.122
4.69-5.1360.173490.1378660.1399150.9810.9881000.135
5.136-5.740.186410.1498020.1518430.9790.9871000.148
5.74-6.6220.242420.1717080.1747500.9650.9831000.173
6.622-8.0970.178280.1466230.1486510.9840.9861000.153
8.097-11.3940.177200.1335000.1345200.9860.9881000.149
11.394-81.1490.384150.2533000.2583260.9290.95896.62580.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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