[日本語] English
万見
- PDB-9qdr: Structure of Staphylococcus aureus MarR-type repressor MhqR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qdr
タイトルStructure of Staphylococcus aureus MarR-type repressor MhqR
要素MarR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MarR-type Repressor / Winged Helix-Turn-Helix / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / MarR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Weiland, P. / Kiontke, S. / Bange, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2026
タイトル: Structural basis of quinone sensing by the MarR-type repressor MhqR in Staphylococcus aureus.
著者: Nguyen, T.T.P. / Weiland, P. / Loi, V.V. / Kiontke, S. / Burchert, F. / Zegarra, V. / Kern, A. / Fritsch, V.N. / Baranov, D. / Bronowska, A.K. / Bange, G. / Antelmann, H.
履歴
登録2025年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MarR family transcriptional regulator
B: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6154
ポリマ－35,3142
非ポリマー3002
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, As provided in the publication text we performed size exclusion chromatography coupled multi-angle light scattering experiments to support the formation of a MhqR dimer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.920, 69.430, 71.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 MarR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator / MarR family


分子量: 17657.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ACR74_11585, CNH36_14130, CV021_15190, DQU50_12220, DQV00_06695, E1948_07105, E1948_13375, EIH03_11480, EP54_00620, EQ90_03220, ERS1058648_02219, ERS329596_00428, G0Z31_03645, G6Y24_16615, ...遺伝子: ACR74_11585, CNH36_14130, CV021_15190, DQU50_12220, DQV00_06695, E1948_07105, E1948_13375, EIH03_11480, EP54_00620, EQ90_03220, ERS1058648_02219, ERS329596_00428, G0Z31_03645, G6Y24_16615, GO814_08825, GO942_11125, GQX37_12890, GQX52_00115, GZ164_11830, LB359_10620, M1K003_1959, NCTC10702_03913, NCTC13131_00022, NCTC5664_01261, NCTC6133_03383, NCTC7878_03598, NCTC7972_02126, QU38_16550, SAMEA1029528_00885, SAMEA1029536_01144, SAMEA1466929_02220, SAMEA1531725_00431, SAMEA2078260_01128, SAMEA2078588_01170, SAMEA2080344_00642, SAMEA2081063_00938, SAMEA4008575_00765, SAMEA4552975_01915, SAMEA70146418_00214, SAMEA70153168_01173, SAMEA70245418_00263
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8U802
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.73 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M phosphate-citrate pH 4.0 30% PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→49.86 Å / Num. obs: 38191 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 18.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1332 / Rpim(I) all: 0.03828 / Rrim(I) all: 0.1387 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 2589 / CC1/2: 0.612 / % possible all: 96.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→49.86 Å / SU ML: 0.1887 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.8301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 1909 5 %
Rwork0.1847 36278 -
obs0.1866 38187 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 20 196 2544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01472387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32613204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0796370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0106405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2296919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.28231300.25612459X-RAY DIFFRACTION96.68
1.59-1.630.27511350.22452575X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.680.28251350.22662550X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.730.27171360.21742582X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.80.27341340.2232539X-RAY DIFFRACTION99.96
1.8-1.870.26061350.20182580X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.950.28571350.18722565X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.060.20641370.18152585X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.180.21341360.17922587X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.350.20981360.17182590X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.590.21191370.18482602X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.970.23871380.18382624X-RAY DIFFRACTION99.93
2.97-3.730.21551390.17092664X-RAY DIFFRACTION100
3.74-49.860.19091460.17522776X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.001143168723130.160603005979-0.04046807016520.2953177712280.2000265972370.2988034770220.03730316364720.0690481665370.006221758709040.0900460534001-0.0858401569595-0.0581498562393-0.0178732981166-0.0544037949490.0001145600406280.1243042233190.00752327528696-0.008259500286820.135298611033-0.0009583502243770.12279601961615.1293087342-1.481313304755.01098967764
21.030650800010.04576606658140.6043778960150.75073314511-0.006090276997531.149427358520.01078787089530.1198472358620.258003822389-0.139329136602-0.0491058604343-0.0500957844035-0.1256459857320.289840845956-0.00527361741410.150089281260.001318787685050.02148058351550.1752569507730.03007288697960.16620961726127.2223722793-11.704629345-17.3641851063
30.4995558085970.2894536422340.0805253348016-0.839120246828-0.1981153072641.08293883319-0.0506634529314-0.03369802318850.0671344068642-0.111309524994-0.07411439720210.137518479333-0.351568324293-0.0632665026745-0.08468363743380.2303859625710.0182518548192-0.04382547537270.0825688667524-0.04277045355550.137137707569.03228806744-6.75750252559-9.98163514985
40.1002351734590.0776010209403-0.05760138118740.42151182932-0.1574691559520.6034458477170.03785173941290.1221483997480.0017393890679-0.005597229704430.02798994588680.0294960933776-0.1315578557340.03724713695240.04154420258660.15684129106-0.02769292543930.01168839193390.1215117560830.02524257342130.12329987750916.6708213220.217403931274-3.76997984264
50.1974097435770.07608263192630.1152298937530.1494974616260.04629960405810.319197760071-0.04736824324930.2462197468170.0818655091459-0.07425316856840.0871182801360.0323778441879-0.141551582365-0.1533393609290.005555174772110.133884087965-0.0254410795687-0.002564586542510.1475498115850.008994715997240.14473910029327.29860587757.4936399101512.0603180397
60.05786446819970.06571276832380.07561355751580.06428777316840.0734750355440.209523299393-0.0648352964586-0.103078590993-0.3053793683690.439752462485-0.1617898231320.2612037936820.68790538165-0.230132764358-0.007260335389750.296208699246-0.03857235783630.007947193790260.1494538071770.004946591784430.25274088462425.7884446236-1.60466113319.2207780238
70.05816177389710.198676134437-0.134224698440.471424155578-0.4020857563610.512019007747-0.01861914986660.609523978192-0.490958857979-0.05811185842460.301875613104-0.192882841190.08232974615270.1916199684840.06432795018590.1597790986920.001710104009840.001048773466580.228221683934-0.08363887703040.27308906764834.11842049261.303195005811.4767673068
80.123059622842-0.0792850461528-0.05860104532750.268052771292-0.028996504990.0777654506868-0.02091718142420.172228224359-0.2812397149050.2140765875510.000700098945148-0.1692612498470.2419561870570.4579240703720.00284386722710.193799159990.0246712574559-0.03508300529930.2036672942620.02526219548770.23909264264836.38679638115.215155750820.6124467217
91.1643296068-0.404608115839-0.08559653265850.4636109620110.5612755626430.9355136075340.1773730716860.1218022894130.198899568023-0.157851725803-0.0895328247075-0.122196061877-0.0727987584550.09611983945950.3897088578240.1678196391490.01791491656240.03333128477720.1390615316970.04233913564840.16058965607224.957569593914.361211914111.6044033563
100.5604555196750.5687237325920.1949151061840.7370927953280.7003095613510.8391192981340.141843651826-0.1074349719460.0180362279895-0.111412626286-0.3150545213170.313105927045-0.0148894336221-0.169651921168-0.0693770489660.1529736360130.0334839378232-0.01577354938050.155462394425-0.03304996991150.1476962288057.71851263152-0.8229773441344.85934906393
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 31 )AA-1 - 311 - 33
22chain 'A' and (resid 32 through 97 )AA32 - 9734 - 98
33chain 'A' and (resid 98 through 150 )AA98 - 15099 - 151
44chain 'B' and (resid -1 through 32 )BC-1 - 321 - 34
55chain 'B' and (resid 33 through 48 )BC33 - 4835 - 50
66chain 'B' and (resid 49 through 59 )BC49 - 5951 - 61
77chain 'B' and (resid 60 through 76 )BC60 - 7662 - 78
88chain 'B' and (resid 77 through 92 )BC77 - 9279 - 87
99chain 'B' and (resid 93 through 119 )BC93 - 11988 - 114
1010chain 'B' and (resid 120 through 145 )BC120 - 145115 - 140

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る