PDB-9qdj: CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qdj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tuberculosis COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD018870911

要素

Lysine--tRNA ligase 1

キーワード

LIGASE / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.597 Å

データ登録者

Dawson, A. / Cleghorn, L.A.T. / Davis, S.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and Development of Lysyl tRNA Synthetase Inhibitors, for the Treatment of Tuberculosis.
著者: Davis, S.H. / Mathieson, M. / Buchanan, K.I. / Dawson, A. / Smith, A. / Cocco, M. / Tamaki, F.K. / Post, J.M. / Baragana, B. / Jansen, C. / Kiczun, M. / Zuccotto, F. / Wood, G. / Scullion, P. ...

履歴

登録	2025年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qdj.cif.gz	112.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qdj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qdj_validation.pdf.gz	775.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qdj_full_validation.pdf.gz	783.4 KB	表示
XML形式データ	9qdj_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	9qdj_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/9qdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qbrC 9qc3C 9qc4C 9qeaC 9qeiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.701, 83.701, 147.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase 1 / Lysyl-tRNA synthetase 1 / LysRS 1 分子量: 58189.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lysS1, lysS, Rv3598c, MTCY07H7B.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU9, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1I60 / 2-azanyl-6-[(1~{S})-2,2-bis(fluoranyl)cyclohexyl]-4-methoxy-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one 分子量: 298.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆F₂N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.78 % / 解説: block
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: reservoir: 0.25 M NaOAc, 14% W/V PEG 3350 Protein buffer: 25 mM HEPES, 0.5 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, pH 7 Temp details: room tempearature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月3日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→46.225 Å / Num. obs: 16852 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 51.64 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.36 / R_pim(I) all: 0.161 / Χ²: 0.85 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.71 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 2.404 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1977 / CC_1/2: 0.589 / R_pim(I) all: 0.808 / Χ²: 0.56 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.597→46.225 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 20.153 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.169 / ESU R Free: 0.404 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3181	843	5.019 %
R_work	0.2601	15953	-
all	0.263	-	-
obs	-	16796	99.555 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.121 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.824 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.824 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.648 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.597→46.225 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3627	0	31	12	3670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.834	5056
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.46	1.761	8248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.254	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.653	5.341	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.043	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.966	10	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.125	10	167
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.066	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.189	6.432	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.18	6.431	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.697	11.535	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.696	11.534	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.042	6.58	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.041	6.579	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.492	12.021	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.491	12.019	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.884	62.351	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.884	62.351	4009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.597-2.664	0.41	59	0.381	1104	0.383	1201	0.868	0.87	96.836	0.371
2.664-2.737	0.428	60	0.352	1137	0.356	1198	0.887	0.887	99.9165	0.345
2.737-2.816	0.394	56	0.364	1089	0.366	1145	0.894	0.894	100	0.344
2.816-2.903	0.385	72	0.342	1051	0.345	1124	0.904	0.911	99.911	0.318
2.903-2.997	0.339	56	0.305	1028	0.307	1088	0.888	0.929	99.6324	0.282
2.997-3.102	0.298	52	0.275	1016	0.276	1070	0.945	0.945	99.8131	0.251
3.102-3.219	0.362	60	0.279	951	0.284	1011	0.912	0.945	100	0.254
3.219-3.349	0.287	45	0.263	950	0.265	996	0.946	0.954	99.8996	0.247
3.349-3.497	0.272	41	0.275	903	0.275	945	0.961	0.958	99.8942	0.257
3.497-3.667	0.306	41	0.261	856	0.263	897	0.936	0.959	100	0.249
3.667-3.864	0.292	33	0.255	831	0.256	865	0.929	0.958	99.8844	0.237
3.864-4.097	0.381	34	0.265	793	0.269	831	0.923	0.953	99.5187	0.241
4.097-4.377	0.334	46	0.233	733	0.239	783	0.926	0.966	99.4891	0.226
4.377-4.724	0.245	41	0.216	689	0.218	735	0.963	0.969	99.3197	0.214
4.724-5.17	0.337	32	0.227	638	0.232	671	0.939	0.968	99.851	0.224
5.17-5.771	0.329	21	0.241	591	0.244	613	0.943	0.968	99.8369	0.239
5.771-6.647	0.289	34	0.242	528	0.245	564	0.953	0.968	99.6454	0.24
6.647-8.099	0.339	28	0.202	454	0.208	483	0.94	0.974	99.793	0.205
8.099-11.281	0.151	16	0.181	373	0.18	392	0.982	0.981	99.2347	0.204
11.281-46.225	0.362	16	0.306	238	0.308	255	0.914	0.923	99.6078	0.325

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