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- PDB-9qd0: Structure of Beilong paramyxovirus receptor binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qd0
タイトルStructure of Beilong paramyxovirus receptor binding protein
要素Attachment glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Receptor binding protein / glycoprotein / attachment protein
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / Attachment glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Jeilongvirus beilongi (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Stelfox, A.J. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 7件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/K503113/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L505031/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M50659X/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M508111/1 英国
Wellcome Trust203141/Z/16Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Jeilongvirus Receptor Binding Receptor Protein Provides a Molecular Basis for Elongation of the Paramyxoviral C-terminus
著者: Stelfox, A.J. / Javorsky, A. / Stass, R. / Sutton, G. / El Omari, K. / Bowden, T.A.
履歴
登録2025年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Attachment glycoprotein
A: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0078
ポリマ－121,0722
非ポリマー1,9356
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11030 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area42340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.980, 162.380, 226.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Attachment glycoprotein


分子量: 60535.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Jeilongvirus beilongi (ウイルス) / 発現宿主: Homo (哺乳類) / 参照: UniProt: Q287X2
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals grew in 0.2 M potassium thiocynate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 8% w/v poly-gamma-glutamic acid polymer (PGA), 6% 1,5-diaminopentance di-HCl.
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→73.18 Å / Num. obs: 20626 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 108.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2888 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.29 / Rrim(I) all: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→55.23 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 1009 4.89 %
Rwork0.2461 --
obs0.2474 20626 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→55.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8531 0 61 0 8592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56511995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2043287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.680.4071550.36342733X-RAY DIFFRACTION98
3.68-3.920.34571380.29842725X-RAY DIFFRACTION98
3.92-4.220.33141440.27542758X-RAY DIFFRACTION98
4.22-4.640.2571460.22052786X-RAY DIFFRACTION99
4.64-5.310.25631550.20932791X-RAY DIFFRACTION100
5.31-6.690.29741120.25282882X-RAY DIFFRACTION100
6.69-55.230.21851590.22682942X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 64.2573 Å / Origin y: 81.4212 Å / Origin z: 87.4874 Å
111213212223313233
T0.8317 Å2-0.0067 Å20.0164 Å2-0.8424 Å2-0.128 Å2--0.8217 Å2
L0.1806 °20.037 °20.1293 °2-0.6756 °20.0598 °2--0.3535 °2
S-0.0112 Å °0.0297 Å °0.0419 Å °-0.1247 Å °0.2278 Å °0 Å °0.0361 Å °-0.1735 Å °0.1227 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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