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- PDB-9qcm: Botulinum neurotoxin type B1, 14-subunit, Large Progenitor Toxin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qcm
タイトルBotulinum neurotoxin type B1, 14-subunit, Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
  • Hemagglutinin component HA17
  • Hemagglutinin component HA33
  • Hemagglutinin component HA70
キーワードTOXIN / progenitor-toxin complex / botulinum neurotoxin / hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin component HA-17 / Clostridium botulinum HA-17 domain / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like ...Hemagglutinin component HA-17 / Clostridium botulinum HA-17 domain / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Nontoxic nonhaemagglutinin C-terminal / Botulinum neurotoxin, helical domain / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Ricin-type beta-trefoil / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B / Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH / Hemagglutinin component HA33 / Hemagglutinin component HA17 / Hemagglutinin component HA70
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Krc, A. / Persson Kosenina, S. / Masuyer, G. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2022-03681 スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0064789 デンマーク
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structure of the complete 14-subunit botulinum neurotoxin B complex reveals a unique anchoring through the narrow central pore of HA70.
著者: Ajda Krč / Sara Persson Košenina / Maria B Nowakowska / Geoffrey Masuyer / Pål Stenmark /
要旨: Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and ...Botulinum neurotoxin serotype B1 (BoNT/B) is a highly potent neurotoxin and therapeutic agent. Here, we present the structure of the complete 14-subunit (780 kDa) progenitor toxin complex (L-PTC) and of five subcomplexes. The structures show how the toxin interacts with its associated components in their role to protect and deliver BoNT/B across epithelial barriers. Each subcomplex, including the M-PTC, M-PTC-HA70, NTNH-HA70, and HA70 trimer, provides detailed understanding of the assembly mechanism, in which the NTNH-nLoop adopts a unique fold that locks the M-PTC into a central pore formed by HA70. The HA subcomplex presents a tripod architecture with flexible legs that may adapt to the rugged cell surface. Mass photometry reveals the pH dependence of BoNT/B release from the complex which is unexpectedly influenced by the presence of HA70. This study provides the complete L-PTC structure, offering insights into its assemblage and supporting the development of countermeasures and therapeutic applications.
履歴
登録2025年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
B: Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH
C: Hemagglutinin component HA70
D: Hemagglutinin component HA70
E: Hemagglutinin component HA70
F: Hemagglutinin component HA17
G: Hemagglutinin component HA17
H: Hemagglutinin component HA17
I: Hemagglutinin component HA33
J: Hemagglutinin component HA33
K: Hemagglutinin component HA33
L: Hemagglutinin component HA33
M: Hemagglutinin component HA33
N: Hemagglutinin component HA33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)757,93414
ポリマ－757,93414
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B


分子量: 152427.062 Da / 分子数: 1 / 変異: E232Q, H235Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 10x His tag on C-terminus, mutations E230Q, H233Y
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botB, CLD_A0068 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1INP5
#2: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B1, nontoxic-nonhemagglutinin component, NTNH


分子量: 138876.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ntnH, CLD_A0069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1INP6, bontoxilysin
#3: タンパク質 Hemagglutinin component HA70


分子量: 71249.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha70, CLD_A0073 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1INQ0
#4: タンパク質 Hemagglutinin component HA17


分子量: 16919.018 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha17, CLD_A0072 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1INP9
#5: タンパク質
Hemagglutinin component HA33


分子量: 33687.562 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha33, CLD_A0071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1INP8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Botulinum neurotoxin type B1 14-subunit Large Progenitor Toxin Complex (L-PTC)COMPLEXall0RECOMBINANT
2BoNT-NTNH complex or Minimal Progenitor Toxin Complex B1 (M-PTC)COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3HA70 trimerCOMPLEX#31RECOMBINANT
4HA17-HA33 subcomplex (legs)COMPLEX#4-#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.78 MDaNO
210.21 MDaYES
310.3 MDaNO
410.21 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)1491
22Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)1491
33Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)1491
44Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)1491
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli (大腸菌)562
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 5.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139594 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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