PDB-9qc4: CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qc4

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tuberculosis COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD01869767

要素

Lysine--tRNA ligase 1

キーワード

LIGASE / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

Dawson, A. / Cleghorn, L.A.T. / Davis, S.H.

資金援助

米国,

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and Development of Lysyl tRNA Synthetase Inhibitors, for the Treatment of Tuberculosis.
著者: Davis, S.H. / Mathieson, M. / Buchanan, K.I. / Dawson, A. / Smith, A. / Cocco, M. / Tamaki, F.K. / Post, J.M. / Baragana, B. / Jansen, C. / Kiczun, M. / Zuccotto, F. / Wood, G. / Scullion, P. ...

履歴

登録	2025年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qc4.cif.gz	111.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qc4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qc4_validation.pdf.gz	779.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qc4_full_validation.pdf.gz	784.3 KB	表示
XML形式データ	9qc4_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	9qc4_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qbrC 9qc3C 9qdjC 9qeaC 9qeiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

58.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.983, 83.983, 147.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase 1 / Lysyl-tRNA synthetase 1 / LysRS 1 分子量: 58189.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lysS1, lysS, Rv3598c, MTCY07H7B.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU9, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1I5Z / 6-azanyl-1-[2-(azetidin-3-yl)ethyl]-2-cycloheptyl-4-ethoxy-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one 分子量: 374.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₀N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 % / 解説: block
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: reservoir: 0.25 M NaOAc, 14% W/V PEG 3350 Protein buffer: 25 mM HEPES, 0.5 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, pH 7 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月25日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→46.275 Å / Num. obs: 16862 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.02 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.72 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1964 / CC_1/2: 0.972 / R_pim(I) all: 0.222 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.601→46.275 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 15.286 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.957 / ESU R Free: 0.368 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2921	841	5.004 %
R_work	0.2318	15966	-
all	0.235	-	-
obs	-	16807	99.638 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.976 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.976 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.952 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→46.275 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3551	0	37	31	3619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.016	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.102	1.836	4960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.413	1.761	8116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.181	5.122	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.506	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.54	10	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.665	10	163
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.027	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.061	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.882	5.563	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.87	5.562	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.656	9.984	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.656	9.982	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.611	5.708	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.611	5.709	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.387	10.436	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.386	10.434	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.016	51.833	3933
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.011	51.849	3931

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.601-2.669	0.366	54	0.323	1092	0.325	1202	0.922	0.926	95.3411	0.297
2.669-2.741	0.309	60	0.293	1133	0.294	1193	0.923	0.938	100	0.266
2.741-2.821	0.404	59	0.311	1098	0.317	1157	0.923	0.93	100	0.284
2.821-2.907	0.332	71	0.298	1042	0.301	1113	0.924	0.938	100	0.269
2.907-3.002	0.365	56	0.273	1047	0.278	1103	0.913	0.947	100	0.242
3.002-3.107	0.35	51	0.254	1001	0.258	1052	0.924	0.956	100	0.227
3.107-3.224	0.293	59	0.241	966	0.244	1025	0.937	0.955	100	0.219
3.224-3.355	0.304	46	0.237	931	0.24	977	0.932	0.96	100	0.223
3.355-3.503	0.254	44	0.244	919	0.244	963	0.963	0.963	100	0.233
3.503-3.673	0.246	39	0.238	858	0.239	897	0.969	0.97	100	0.235
3.673-3.87	0.282	33	0.239	828	0.241	861	0.936	0.965	100	0.237
3.87-4.103	0.303	32	0.23	792	0.233	824	0.949	0.966	100	0.225
4.103-4.384	0.307	48	0.191	734	0.197	782	0.933	0.977	100	0.199
4.384-4.732	0.23	42	0.183	692	0.186	735	0.968	0.978	99.8639	0.194
4.732-5.178	0.316	33	0.204	640	0.21	673	0.942	0.973	100	0.217
5.178-5.78	0.248	21	0.242	598	0.242	619	0.958	0.969	100	0.251
5.78-6.657	0.238	33	0.235	527	0.236	560	0.969	0.973	100	0.24
6.657-8.111	0.32	28	0.187	453	0.193	481	0.943	0.978	100	0.203
8.111-11.299	0.171	16	0.153	376	0.154	392	0.972	0.984	100	0.187
11.299-46.275	0.374	16	0.277	239	0.282	255	0.907	0.947	100	0.325

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