PDB-9qc3: CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qc3

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tuberculosis COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD01993593

要素

Lysine--tRNA ligase 1

キーワード

LIGASE / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Dawson, A. / Cleghorn, L.A.T. / Davis, S.H.

資金援助

米国,

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and Development of Lysyl tRNA Synthetase Inhibitors, for the Treatment of Tuberculosis.
著者: Davis, S.H. / Mathieson, M. / Buchanan, K.I. / Dawson, A. / Smith, A. / Cocco, M. / Tamaki, F.K. / Post, J.M. / Baragana, B. / Jansen, C. / Kiczun, M. / Zuccotto, F. / Wood, G. / Scullion, P. ...

履歴

登録	2025年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qc3.cif.gz	113.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qc3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qc3_validation.pdf.gz	775.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qc3_full_validation.pdf.gz	782.4 KB	表示
XML形式データ	9qc3_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	9qc3_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qbrC 9qc4C 9qdjC 9qeaC 9qeiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.669, 83.669, 147.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase 1 / Lysyl-tRNA synthetase 1 / LysRS 1 分子量: 58189.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lysS1, lysS, Rv3598c, MTCY07H7B.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU9, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1I50 / 2-azanyl-4-methoxy-6-[(1~{R},2~{S})-2-oxidanylcycloheptyl]-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one 分子量: 292.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₂₀N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: reservoir: 0.25 M NaOAc, 14% W/V PEG 3350 Protein buffer: 25 mM HEPES, 0.5 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, pH 7 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→147.26 Å / Num. obs: 24663 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 1.702 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1193 / CC_1/2: 0.894 / R_pim(I) all: 0.495 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→72.853 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 11.223 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.256 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2769	1232	5.011 %
R_work	0.214	23355	-
all	0.217	-	-
obs	-	24587	99.951 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.897 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.656 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.656 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.311 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→72.853 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3591	0	31	82	3704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.835	5005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.501	1.761	8196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.746	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.244	5.341	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.854	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.473	10	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.122	10	165
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.299	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.975	6.724	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.974	6.723	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.447	12.058	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.445	12.056	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.968	7.049	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.97	7.05	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.692	12.816	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.69	12.814	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.224	66.921	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.223	66.905	4055

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.28-2.339	0.306	106	0.344	1672	0.341	1779	0.855	0.879	99.9438	0.327
2.339-2.403	0.304	83	0.317	1651	0.317	1735	0.9	0.907	99.9424	0.295
2.403-2.473	0.337	103	0.278	1582	0.282	1685	0.916	0.931	100	0.254
2.473-2.549	0.355	70	0.275	1567	0.279	1637	0.931	0.938	100	0.243
2.549-2.632	0.326	72	0.263	1530	0.266	1602	0.926	0.946	100	0.223
2.632-2.725	0.29	78	0.254	1462	0.256	1541	0.95	0.953	99.9351	0.218
2.725-2.827	0.323	62	0.25	1432	0.253	1494	0.936	0.952	100	0.214
2.827-2.943	0.337	86	0.239	1357	0.245	1443	0.936	0.959	100	0.2
2.943-3.073	0.351	64	0.233	1314	0.239	1379	0.918	0.962	99.9275	0.203
3.073-3.223	0.379	74	0.224	1267	0.231	1341	0.912	0.966	100	0.197
3.223-3.397	0.276	66	0.208	1191	0.211	1257	0.955	0.973	100	0.189
3.397-3.602	0.275	53	0.213	1165	0.215	1218	0.952	0.975	100	0.198
3.602-3.85	0.3	55	0.211	1072	0.215	1127	0.939	0.973	100	0.196
3.85-4.158	0.216	51	0.181	1013	0.182	1064	0.973	0.979	100	0.17
4.158-4.553	0.218	56	0.158	930	0.161	986	0.974	0.984	100	0.161
4.553-5.088	0.263	45	0.185	857	0.188	902	0.958	0.98	100	0.185
5.088-5.871	0.253	30	0.198	774	0.2	804	0.974	0.979	100	0.199
5.871-7.178	0.26	31	0.175	667	0.178	699	0.954	0.98	99.8569	0.181
7.178-10.103	0.228	30	0.175	525	0.178	555	0.967	0.981	100	0.204
10.103-72.853	0.26	17	0.281	327	0.28	351	0.974	0.938	98.0057	0.349

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