PDB-9qbr: CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qbr

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Mycobacterium tuberculosis COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD01991231

要素

Lysine--tRNA ligase 1

キーワード

LIGASE / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dawson, A. / Cleghorn, L.A.T. / Davis, S.H.

資金援助

米国,

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design and Development of Lysyl tRNA Synthetase Inhibitors, for the Treatment of Tuberculosis.
著者: Davis, S.H. / Mathieson, M. / Buchanan, K.I. / Dawson, A. / Smith, A. / Cocco, M. / Tamaki, F.K. / Post, J.M. / Baragana, B. / Jansen, C. / Kiczun, M. / Zuccotto, F. / Wood, G. / Scullion, P. ...

履歴

登録	2025年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qbr.cif.gz	112.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qbr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qbr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qbr_validation.pdf.gz	754 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qbr_full_validation.pdf.gz	759.7 KB	表示
XML形式データ	9qbr_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	9qbr_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/9qbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/9qbr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qc3C 9qc4C 9qdjC 9qeaC 9qeiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

A: Lysine--tRNA ligase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.589, 83.589, 147.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase 1 / Lysyl-tRNA synthetase 1 / LysRS 1 分子量: 58189.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lysS1, lysS, Rv3598c, MTCY07H7B.24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU9, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1I5H / 2-azanyl-4-methoxy-6-(4-oxidanylcyclohexyl)-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one 分子量: 278.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₃H₁₈N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.53 % / 解説: block
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Reservoir: 0.25 M NaOAc, 14% W/V PEG 3350 Protein buffer: 25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 5% GLYCEROL, 2 mM DTT, PH 7.0, Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→147.41 Å / Num. obs: 21202 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 57.9 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.254 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.272 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 5.109 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2151 / CC_1/2: 0.597 / R_pim(I) all: 2.014 / Χ²: 1.05 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→72.712 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.291 / WR_factor R_work: 0.219 / SU B: 19.235 / SU ML: 0.394 / Average fsc free: 0.8886 / Average fsc work: 0.9133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.321 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3081	1067	5.05 %
R_work	0.2331	20063	-
all	0.237	-	-
obs	-	21130	99.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→72.712 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3556	0	30	65	3651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.836	4949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.487	1.764	8107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.342	5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.02	5.341	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.385	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.381	10	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.426	10	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	851
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	820
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	3481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.056	7.915	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.045	7.915	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.894	14.199	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.892	14.197	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.595	8.145	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.594	8.144	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.33	14.878	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.328	14.877	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.728	79.054	4053
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.73	79.058	4046

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.476	65	0.434	1464	0.436	1532	0.834	0.834	99.8042	0.407
2.462-2.53	0.491	78	0.419	1404	0.423	1482	0.778	0.783	100	0.389
2.53-2.603	0.449	82	0.397	1357	0.4	1439	0.758	0.819	100	0.366
2.603-2.683	0.423	74	0.387	1334	0.389	1410	0.843	0.851	99.8582	0.356
2.683-2.771	0.478	73	0.374	1289	0.379	1366	0.836	0.86	99.7072	0.355
2.771-2.868	0.391	70	0.324	1268	0.328	1338	0.851	0.885	100	0.296
2.868-2.976	0.354	60	0.272	1229	0.276	1289	0.915	0.924	100	0.243
2.976-3.097	0.309	70	0.245	1167	0.249	1237	0.924	0.947	100	0.221
3.097-3.235	0.261	52	0.224	1119	0.226	1171	0.956	0.956	100	0.202
3.235-3.392	0.239	65	0.194	1086	0.197	1151	0.946	0.97	100	0.175
3.392-3.575	0.273	55	0.191	1027	0.195	1082	0.942	0.976	100	0.176
3.575-3.792	0.311	51	0.184	1001	0.191	1052	0.94	0.975	100	0.171
3.792-4.053	0.317	47	0.181	918	0.187	965	0.936	0.976	100	0.173
4.053-4.376	0.239	45	0.187	878	0.189	923	0.965	0.976	100	0.182
4.376-4.792	0.276	38	0.189	806	0.194	844	0.953	0.976	100	0.195
4.792-5.355	0.263	39	0.235	738	0.236	777	0.952	0.969	100	0.238
5.355-6.178	0.311	33	0.22	660	0.225	693	0.935	0.973	100	0.224
6.178-7.552	0.282	33	0.188	566	0.193	599	0.95	0.977	100	0.195
7.552-10.624	0.176	18	0.16	469	0.16	487	0.977	0.988	100	0.178
10.624-72.712	0.37	19	0.283	283	0.288	302	0.891	0.951	100	0.304

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