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万見
- PDB-9qbj: Legobody dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qbj
タイトルLegobody dimer
要素
  • (Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin ...) x 2
  • Fa antibody 8D3_2_L
  • Fab antibody 8D3_2_H-H6
  • Nanobody ALFA-H6
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / legobody / dimer / anti-alfa
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway via antagonism of host cell surface receptor / IgG binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Immunoglobulin G-binding protein G / Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pacesa, M. / Van Hall-Beauvais, A. / Marchand, A. / Georgeon, S. / Correia, B.E.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a cryoEM scaffold
著者: Pacesa, M. / Van Hall-Beauvais, A. / Marchand, A. / Georgeon, S. / Correia, B.E.
履歴
登録2025年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Nanobody ALFA-H6
D: Nanobody ALFA-H6
E: Fab antibody 8D3_2_H-H6
F: Fa antibody 8D3_2_L
G: Fab antibody 8D3_2_H-H6
H: Fa antibody 8D3_2_L
I: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
J: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,80610
ポリマ－247,1218
非ポリマー6852
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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抗体 , 5種, 8分子 CDEGFHIJ

#1: 抗体 Nanobody ALFA-H6


分子量: 14813.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab antibody 8D3_2_H-H6


分子量: 25539.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fa antibody 8D3_2_L


分子量: 24095.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA / IgG-binding protein G


分子量: 59047.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, spa, SAOUHSC_00069, spa, SA0107, spg
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P02976, UniProt: P99134, UniProt: P19909
#5: 抗体 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA / IgG-binding protein G


分子量: 59176.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, spa, SAOUHSC_00069, spa, SA0107, spg
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P02976, UniProt: P99134, UniProt: P19909

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糖 , 1種, 2分子

#6: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Legobody dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114803 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315969
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74221672
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.3622182
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452407
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052779

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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