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- PDB-9qb5: AP2-associated protein kinase 1 (AAK1) bound to CKJB68 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qb5
タイトルAP2-associated protein kinase 1 (AAK1) bound to CKJB68
要素AP2-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase Inhibitor Macrocycle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / membrane organization / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / presynaptic endocytosis / cell leading edge / clathrin-coated pit / terminal bouton ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / membrane organization / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / presynaptic endocytosis / cell leading edge / clathrin-coated pit / terminal bouton / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / regulation of protein localization / Clathrin-mediated endocytosis / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F7I / AP2-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Preuss, F. / Mensing, T.E. / Hanke, T. / Knapp, S. / Mathea, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AP2-associated protein kinase 1 (AAK1) bound to CKJB68
著者: Preuss, F. / Mensing, T.E. / Hanke, T. / Knapp, S. / Mathea, S.
履歴
登録2025年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP2-associated protein kinase 1
B: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0909
ポリマ－71,7512
非ポリマー1,3397
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area26990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.386, 74.386, 260.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 AP2-associated protein kinase 1 / Adaptor-associated kinase 1


分子量: 35875.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAK1, KIAA1048 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2M2I8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-F7I / ~{N}-(phenylmethyl)-7,10-dioxa-13,17,18,21-tetrazatetracyclo[12.5.2.1^{2,6}.0^{17,20}]docosa-1(20),2(22),3,5,14(21),15,18-heptaene-5-carboxamide


分子量: 429.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→49 Å / Num. obs: 66978 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 36.47 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3859 / CC1/2: 0.626 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.99 Å / SU ML: 0.2725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.63 / 位相誤差: 21.4214
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 2528 4.99 %
Rwork0.1979 48092 -
obs0.1994 50620 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4776 0 89 149 5014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82826751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2339739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.40841480.36022582X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.080.33961480.30442624X-RAY DIFFRACTION99.96
2.08-2.130.31171490.25042618X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.25331300.21322610X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.230.24741350.20312601X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.290.22751590.1952644X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.360.23051080.20912638X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.430.26641210.20992661X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.520.24051530.22042639X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.620.26821550.2242618X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.740.25911310.21442667X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.880.32971590.21832642X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.070.26051260.22182682X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.30.24491430.22562696X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.630.20951520.20192687X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.160.19891340.16672740X-RAY DIFFRACTION100
4.16-5.240.14511530.15312761X-RAY DIFFRACTION100
5.24-44.990.20761240.17812982X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.890850981811.009386535011.383155817920.7819161430560.556396442581.222936193930.0211796638591-0.00543375873249-0.1645842533270.06386560888640.007977815527380.08834682618240.1722915332950.0425448251108-0.01532677017030.327054046071-0.0135922357988-0.04378404963350.1875164674970.01135805858390.24094900508622.520009808830.662597968218.6302107312
22.088553079570.3091676321170.1896194122081.916694760450.3887198664083.8727647879-0.0290872979472-0.0508304906555-0.001041288187120.01618250231920.0716569848659-0.02349433067960.280810365845-0.00140938149002-0.02745784067780.2659185284710.0127256835022-0.02967585708490.198352219082-0.03138706013660.22019633953139.986810581734.45990826335.5723341041
32.472360802650.4930599846470.03555120889883.28543418616-0.1826592990814.269482480760.1168337638770.479408452610.313472049889-0.1246236068320.07085069782660.634163613452-0.0616008123553-0.957741044502-0.1617321994810.277265127771-0.03058461309320.006841776815910.5295664469690.04028619571670.41450069662515.12383441975.27613920656-9.20737224714
43.2183757124-0.03939556737362.122712062851.142193182840.07719197314492.585542269430.2124627076970.0641274164195-0.06591923682650.05143488808070.03630007479780.0134784654431-0.04419709400160.0838122061121-0.2672682203790.206693595058-0.03269546141930.0271027906250.3071778579250.04015570082340.25669337067326.03705861520.390106092747-5.94639374455
52.338241797770.04765005287840.3449238213311.471260168490.2943871129723.448008911830.00388684352944-0.006386051949590.08315610008780.0784233985053-0.078633545482-0.109752826337-0.3024215635930.1595389447290.05510475834720.23567403686-0.0599881236346-0.04269856073760.2480104669990.03996124632070.25217893595445.63089314842.55639738022.49241030861
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 34 through 147 )BB34 - 1471 - 114
22chain 'B' and (resid 148 through 342 )BB148 - 342115 - 309
33chain 'A' and (resid 28 through 69 )AA28 - 691 - 42
44chain 'A' and (resid 70 through 147 )AA70 - 14743 - 120
55chain 'A' and (resid 148 through 343 )AA148 - 343121 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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