PDB-9qav: Human angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with en...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qav

タイトル

Human angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with enalaprilat

要素

Angiotensin-converting enzyme, soluble form

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / complex / enalaprilat / hypertension

機能・相同性

機能・相同性情報

mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of gap junction assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Gregory, K.S. / Acharya, K.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of domain-specific angiotensin I-converting enzyme inhibition by the antihypertensive drugs enalaprilat, ramiprilat, trandolaprilat, quinaprilat and perindoprilat.
著者: Gregory, K.S. / Ramasamy, V. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qav.cif.gz	616.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qav.ent.gz	418 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qav_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qav_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	9qav_validation.xml.gz	55 KB	表示
CIF形式データ	9qav_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/9qav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qanC 9qaoC 9qapC 9qaqC 9qarC 9qasC 9qatC 9qauC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (3) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (3) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

B: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Angiotensin-converting enzyme, soluble form

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.281, 77.586, 80.996
Angle α, β, γ (deg.)	88.714, 64.857, 75.072
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 1 - 607 / Label seq-ID: 1 - 607

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Angiotensin-converting enzyme, soluble form 分子量: 70366.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P12821

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#11: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 9種, 196分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-EAL / 1-((2S)-2-{[(1S)-1-CARBOXY-3-PHENYLPROPYL]AMINO}PROPANOYL)-L-PROLINE / ENALAPRILAT INHIBITOR 分子量: 348.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.06 M Divalent cations, 30% PEG550MME/PEG20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→74.6 Å / Num. obs: 67085 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.987 / R_pim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.35 Å / Num. unique obs: 4510 / CC_1/2: 0.412 / R_pim(I) all: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→74.595 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.163 / SU B: 18.326 / SU ML: 0.197 / Average fsc free: 0.9586 / Average fsc work: 0.9706 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	3309	4.935 %
R_work	0.1772	63739	-
all	0.179	-	-
obs	-	67048	98.529 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.357 Å²	0.634 Å²	0.451 Å²
2-	-	-0.649 Å²	-0.668 Å²
3-	-	-	1.479 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→74.595 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9869	0	326	174	10369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	10524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.057	1.82	14301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.682	1.749	21867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.959	5	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.031	5	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.79	10	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.093	10	529
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	9180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	5500
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.251	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.396	2.416	4831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.359	2.414	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.534	4.33	6031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.534	4.331	6032
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.634	2.845	5693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.634	2.846	5694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.431	5.057	8270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.431	5.058	8271
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.442	24.356	12193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.442	24.354	12179
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.097	0.05	21282

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09682	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09682	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.294	240	0.289	4696	0.289	5059	0.935	0.937	97.5687	0.293
2.36-2.424	0.294	253	0.286	4535	0.287	4894	0.938	0.941	97.8341	0.289
2.424-2.494	0.319	251	0.28	4398	0.282	4751	0.932	0.945	97.8531	0.281
2.494-2.571	0.286	203	0.252	4315	0.254	4611	0.943	0.956	97.9831	0.251
2.571-2.655	0.276	198	0.241	4221	0.242	4502	0.951	0.963	98.1564	0.239
2.655-2.748	0.295	225	0.236	4062	0.239	4365	0.944	0.967	98.2131	0.232
2.748-2.852	0.243	220	0.203	3882	0.205	4172	0.964	0.976	98.3221	0.196
2.852-2.968	0.235	206	0.188	3778	0.19	4042	0.965	0.979	98.5651	0.179
2.968-3.1	0.234	180	0.185	3623	0.188	3857	0.962	0.979	98.5999	0.174
3.1-3.251	0.235	174	0.18	3481	0.182	3703	0.966	0.981	98.7038	0.169
3.251-3.427	0.228	147	0.165	3327	0.167	3514	0.965	0.985	98.8617	0.154
3.427-3.634	0.202	162	0.154	3129	0.156	3324	0.978	0.987	99.0072	0.145
3.634-3.884	0.17	163	0.133	2942	0.135	3135	0.984	0.991	99.0431	0.126
3.884-4.195	0.182	148	0.131	2730	0.134	2901	0.979	0.99	99.2072	0.124
4.195-4.593	0.176	118	0.125	2549	0.128	2686	0.98	0.991	99.2926	0.118
4.593-5.133	0.173	116	0.116	2287	0.119	2417	0.985	0.993	99.4208	0.11
5.133-5.923	0.206	101	0.161	2027	0.163	2139	0.975	0.988	99.4857	0.153
5.923-7.242	0.257	96	0.173	1698	0.178	1804	0.964	0.984	99.4457	0.166
7.242-10.194	0.161	74	0.132	1322	0.134	1400	0.985	0.99	99.7143	0.13
10.194-74.595	0.255	34	0.207	737	0.209	773	0.975	0.974	99.7413	0.207

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2163	0.1581	0.0604	1.2181	0.2091	0.6359	0.0434	0.0238	-0.0466	-0.0447	0.0163	-0.0393	-0.0006	0.0135	-0.0597	0.0763	0.0368	0.0213	0.021	0.0065	0.0167	1.2135	-14.5376	-19.1309
2	0.8285	-0.2769	-0.1668	1.0222	-0.1102	1.5235	-0.0399	-0.0783	-0.0441	0.1164	0.0459	0.1108	0.0064	-0.0806	-0.006	0.0883	0.0122	0.049	0.0348	-0.0272	0.0962	-2.7552	15.59	17.7879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 711
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 711

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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