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- PDB-9qad: Crystal structure of the SMARCA2 bromodomain bound to a tricyclic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qad
タイトルCrystal structure of the SMARCA2 bromodomain bound to a tricyclic pyrimidoindolone inhibitor (compound 17)
要素Probable global transcription activator SNF2L2
キーワードGENE REGULATION / bromodomain / fragment screening / structure-based inhibitor design
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / nucleosome array spacer activity / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / intermediate filament cytoskeleton / SWI/SNF complex ...bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / nucleosome array spacer activity / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / intermediate filament cytoskeleton / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / spermatid development / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of cell growth / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable global transcription activator SNF2L2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Schimpl, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Pyrimidoindolones as Novel Family VIII Bromodomain Binders
著者: Boerth, J.A. / Schimpl, M. / Lucas, S.C.C. / Zhang, J. / Code, E.L. / Embrey, K.J. / Rawlins, P.B. / Wang, H. / Storer, R.I. / Di Fruscia, P. / Nelson, J.E. / Milbradt, A.G. / Borjesson, U. / ...著者: Boerth, J.A. / Schimpl, M. / Lucas, S.C.C. / Zhang, J. / Code, E.L. / Embrey, K.J. / Rawlins, P.B. / Wang, H. / Storer, R.I. / Di Fruscia, P. / Nelson, J.E. / Milbradt, A.G. / Borjesson, U. / Gohlke, A. / Korboukh, V. / Gopalsamy, A.
履歴
登録2025年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年6月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable global transcription activator SNF2L2
B: Probable global transcription activator SNF2L2
C: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2129
ポリマ－43,1423
非ポリマー1,0706
水72140
1
A: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7373
ポリマ－14,3811
非ポリマー3572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7373
ポリマ－14,3811
非ポリマー3572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7373
ポリマ－14,3811
非ポリマー3572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.023, 64.023, 88.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-A1I45 / 5-oxidanyl-2-(phenylmethyl)-1,9-dihydropyrimido[4,5-b]indol-4-one


分子量: 291.304 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.01 M ZnCl2, 12 % EG, 17 % PEG6000, 0.1 M Hepes pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.077→47.058 Å / Num. obs: 12801 / % possible obs: 52 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 66212
反射 シェル解像度: 2.077→2.367 Å / % possible obs: 8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.919 / Num. measured all: 3182 / Num. unique obs: 638 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.028 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→34.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.634 / SU Rfree Blow DPI: 0.29 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.303
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 620 4.88 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 12694 51.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9611 Å20 Å20 Å2
2--4.9611 Å20 Å2
3----9.9221 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→34.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2798 0 69 40 2907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012920HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.043930HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1074SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes480HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2920HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion372SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3288SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.31 Å / Total num. of bins used: 31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 -5.12 %
Rwork0.2117 389 -
all0.2152 410 -
obs--6.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2026-0.38060.23823.8487-0.96935.858-0.09440.0251-0.2181-0.10510.36020.3010.2659-0.1758-0.2659-0.2195-0.0934-0.06050.20730.0538-0.229-3.208131.627912.5806
23.0040.08290.27662.2834-1.32746.4950.1836-0.10740.0343-0.1633-0.2517-0.1394-0.06630.26140.06810.1-0.13550.1158-0.00640.0092-0.2547-1.23394.7294-10.234
33.2636-0.1071-0.31633.04330.10334.957-0.0742-0.1695-0.0139-0.02240.01090.2121-0.12770.24760.06340.0038-0.14690.0560.0117-0.0969-0.2384-28.168919.928-2.3465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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