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- PDB-9q87: Principles of ion binding to RNA inferred from the analysis of a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q87
タイトルPrinciples of ion binding to RNA inferred from the analysis of a 1.55 Angstrom resolution bacterial ribosome structure - Part I: Mg2+
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 29
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 20
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • A-site tRNA
  • P-site tRNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS14 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli B (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Leonarski, f. / Henning-Knechtel, A. / Kirmizialtin, S. / Ennifar, E. / Auffinger, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Principles of ion binding to RNA inferred from the analysis of a 1.55 Angs. resolution bacterial ribosome structure - Part I: Mg2+.
著者: Leonarski, F. / Henning-Knechtel, A. / Kirmizialtin, S. / Ennifar, E. / Auffinger, P.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The translating bacterial ribosome at 1.55 Angstrom resolution generated by cryo-EM imaging services.
著者: Fromm, S.A. / O'Connor, K.M. / Purdy, M. / Bhatt, P.R. / Loughran, G. / Atkins, J.F. / Jomaa, A. / Mattei, S.
履歴
登録2025年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
B: Small ribosomal subunit protein uS2
C: Small ribosomal subunit protein uS3
D: Small ribosomal subunit protein uS4
E: Small ribosomal subunit protein uS5
F: Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform
G: Small ribosomal subunit protein uS7
H: Small ribosomal subunit protein uS8
I: Small ribosomal subunit protein uS9
J: Small ribosomal subunit protein uS10
K: Small ribosomal subunit protein uS11
L: Small ribosomal subunit protein uS12
M: Small ribosomal subunit protein uS13
N: Small ribosomal subunit protein uS14
O: Small ribosomal subunit protein uS15
P: Small ribosomal subunit protein bS16
Q: Small ribosomal subunit protein uS17
R: Small ribosomal subunit protein bS18
S: Small ribosomal subunit protein uS19
T: Small ribosomal subunit protein bS20
U: Small ribosomal subunit protein bS21
X: mRNA
Z: P-site tRNA
0: Large ribosomal subunit protein bL33
1: Large ribosomal subunit protein bL34
2: Large ribosomal subunit protein bL35
3: Large ribosomal subunit protein bL36
5: Large ribosomal subunit protein uL11
6: A-site tRNA
a: 23S rRNA
b: 5S rRNA
c: Large ribosomal subunit protein uL2
d: Large ribosomal subunit protein uL3
e: Large ribosomal subunit protein uL4
f: Large ribosomal subunit protein uL5
g: Large ribosomal subunit protein uL6
h: Large ribosomal subunit protein bL9
i: Large ribosomal subunit protein uL13
j: Large ribosomal subunit protein uL14
k: Large ribosomal subunit protein uL15
l: Large ribosomal subunit protein uL16
m: Large ribosomal subunit protein bL17
n: Large ribosomal subunit protein uL18
o: Large ribosomal subunit protein bL19
p: Large ribosomal subunit protein bL20
q: Large ribosomal subunit protein bL21
r: Large ribosomal subunit protein uL22
s: Large ribosomal subunit protein uL23
t: Large ribosomal subunit protein uL24
u: Large ribosomal subunit protein bL25
v: Large ribosomal subunit protein bL27
w: Large ribosomal subunit protein bL28
x: Large ribosomal subunit protein uL29
y: Large ribosomal subunit protein uL30
z: Large ribosomal subunit protein bL32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,198,116692
ポリマ－2,179,09455
非ポリマー19,023637
水385,41321394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 AXZ6ab

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 503775.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Two new modified nucleotides were added. UUC (position:677, 1086) correspond to a negatively charged uridine without an H3 atom; GGR (position: 741) correspond to a negatively charged guanine without an H1 atom;
由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: GenBank: 991965528
#22: RNA鎖 mRNA


分子量: 1923.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli B (大腸菌)
#23: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24848.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: GenBank: 1173003849
#29: RNA鎖 A-site tRNA


分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The residues 75(C)-76(A) from an unknown tRNA in the A-site
由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌)
#30: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 943155.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌)
#31: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: GenBank: 1815787944

-
Small ribosomal subunit protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 25872.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TPN2
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQX2
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR62
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR27
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR12
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SRY2
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQT7
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR57
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQR7
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR52
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X1PQW4
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSQ7
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SYP2
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQY7
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQW2
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TRH7
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21 / 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

+
Large ribosomal subunit protein ... , 29種, 29分子 01235cdefghijklmnopqrstuvwxyz

#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SME7
#25: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SLL2
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T7Q2
#27: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X1PTA3
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SIC7
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQV7
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQU2
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQU7
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR02
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR17
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SFP2
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SRX7
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQZ2
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15329.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQX7
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR72
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR22
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SYQ7
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T7Q7
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSG2
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQW7
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQV2
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQZ7
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T3H7
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSG7
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SME2
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQY2
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR32
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TE02

-
非ポリマー , 4種, 22031分子

#56: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Escherichia coli strain B ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_5505 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 506020 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8B0X

8b0x


Accession code: 8B0X / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 25.17 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056157407
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8413235559
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044830071
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007212592
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.692979058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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