PDB-9q65: Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-75

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9q65

タイトル

Human prolyl endopeptidase (PREP) - complex with KT-2-75

要素

Prolyl endopeptidase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor-bound / peptide cleavage / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

prolyl oligopeptidase / oligopeptidase activity / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / membrane / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Fucci, I.J. / Thakur, K. / Pandian, J. / Yoo, E. / Monteiro, D.C.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2026
タイトル: Structure-Guided Optimization of 4-Chloro-Pyrazolopyridine Analogs for Covalent PREP Inhibition.
著者: Thakur, K. / Fucci, I. / Pandian, J. / Suazo, K.F. / Monteiro, D.C.F. / Yoo, E.

履歴

登録	2025年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年2月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9q65.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9q65.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9q65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/9q65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/9q65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9q5gC 9q5xC 9q5yC 9q5zC 9q62C 9q64C 9q66C 9q6jC 9q6kC 9q6lC 9q6xC 9xykC 9xylC 9xzzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1207 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (4) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Prolyl endopeptidase

D: Prolyl endopeptidase

F: Prolyl endopeptidase

ヘテロ分子

245 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Prolyl endopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
82.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Prolyl endopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: Prolyl endopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.522, 65.986, 159.33
Angle α, β, γ (deg.)	90, 100.473, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 3分子 BDF

#1: タンパク質	Prolyl endopeptidase / PE / Post-proline cleaving enzyme 分子量: 80851.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREP, PEP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48147, prolyl oligopeptidase

-
非ポリマー , 6種, 435分子

#2: 化合物	ChemComp-A1CQU / 4-chloro-1,3-dimethyl-N-[3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)propyl]-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide 分子量: 349.815 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀ClN₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION 分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25-30% PEG 3350, 200 mM KSCN and 100 mM bis-tris propane pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979338 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→34.6 Å / Num. obs: 121039 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.37 / R_pim(I) all: 0.149 / R_rim(I) all: 0.399 / Net I/σ(I): 4.6
反射シェル	解像度: 1.89→2.08 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.447 / Num. unique obs: 6052 / CC_1/2: 0.22 / R_pim(I) all: 0.576 / R_rim(I) all: 1.558 / % possible all: 58.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→34.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / SU B: 7.489 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2954	6051	4.999 %
R_work	0.2184	114988	-
all	0.222	-	-
obs	-	121039	69.672 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.884 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.077 Å²	0 Å²	2.485 Å²
2-	-	-2.125 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.048 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→34.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16992	0	161	416	17569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	17630
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	16107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.058	1.818	23888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.671	1.763	37227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.21	5	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.597	6.935	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	6.693	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.878	10	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.841	10	852
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	20694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	16111
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	8544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	9411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.279	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.133	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.145	1.432	8489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.144	1.432	8483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.614	2.572	10603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.614	2.572	10604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.163	1.494	9141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.163	1.494	9142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.653	2.716	13283
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.653	2.716	13284
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.244	14.197	19702
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.244	14.197	19703

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.936	0.259	6	0.301	145	X-RAY DIFFRACTION	1.1838
1.936-1.989	0.407	58	0.264	1128	X-RAY DIFFRACTION	9.5208
1.989-2.046	0.336	130	0.252	2605	X-RAY DIFFRACTION	22.6539
2.046-2.109	0.377	194	0.252	3928	X-RAY DIFFRACTION	34.9144
2.109-2.178	0.366	295	0.255	5244	X-RAY DIFFRACTION	48.6945
2.178-2.255	0.362	363	0.254	6754	X-RAY DIFFRACTION	64.4948
2.255-2.34	0.362	437	0.249	8944	X-RAY DIFFRACTION	87.9112
2.34-2.436	0.339	495	0.247	9241	X-RAY DIFFRACTION	94.5059
2.436-2.544	0.33	469	0.249	9242	X-RAY DIFFRACTION	98.6189
2.544-2.668	0.338	481	0.242	8909	X-RAY DIFFRACTION	99.9468
2.668-2.812	0.334	427	0.24	8544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.812-2.983	0.304	428	0.238	8085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.983-3.189	0.308	407	0.227	7626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.189-3.444	0.276	376	0.208	7069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.444-3.772	0.257	370	0.19	6492	X-RAY DIFFRACTION	99.9854
3.772-4.217	0.258	307	0.172	5919	X-RAY DIFFRACTION	100
4.217-4.869	0.229	284	0.166	5210	X-RAY DIFFRACTION	99.9818
4.869-5.962	0.234	251	0.189	4465	X-RAY DIFFRACTION	100
5.962-8.426	0.289	168	0.214	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
8.426-34.6	0.227	105	0.229	1950	X-RAY DIFFRACTION	98.2783

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2391	0.0586	-0.0141	0.2211	-0.0488	0.1869	0.0081	-0.0237	0.0012	0.024	-0.0106	-0.0181	-0.0138	0.0137	0.0026	0.0033	-0.0007	-0.0023	0.0089	-0.0018	0.0024	-2.2555	0.6535	55.2317
2	0.278	-0.0258	-0.0527	0.2188	-0.0333	0.1798	-0.0011	0.0108	-0.008	0.0131	-0.004	-0.0214	0.027	0.0192	0.0052	0.0174	0.0091	-0.0093	0.0306	-0.0073	0.0085	26.5839	-0.1728	105.8235
3	0.1554	0.0421	-0.0609	0.1795	-0.062	0.2821	0.0136	0.0023	-0.0009	0.0012	-0.0117	-0.0102	0.0045	0.0155	-0.0019	0.033	0.0081	-0.0135	0.0354	-0.0083	0.0075	50.9771	-4.4632	158.6007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Bp	5 - 710
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Dp	5 - 710
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	Fp	5 - 710

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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