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万見
- PDB-9q5b: Crystal Structure of Human P38 alpha MAPK in Complex with MW01-21... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q5b
タイトルCrystal Structure of Human P38 alpha MAPK in Complex with MW01-21-114SRM
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / P38 alpha MAPK / MW01-25-195SRM
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Platelet sensitization by LDL / Myogenesis / NFAT protein binding / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / signal transduction in response to DNA damage / regulation of ossification / MAP kinase activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitogen-activated protein kinase / negative regulation of hippo signaling / chondrocyte differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / positive regulation of brown fat cell differentiation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / angiogenesis / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-[3-(4-FLUOROPHENYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]PYRIDINE / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Roy, S.M. / Watterson, D.M. / Shuvalova, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG066722 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Human P38 alpha MAPK in Complex with MW01-21-114SRM
著者: Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Roy, S.M. / Watterson, D.M. / Shuvalova, L.
履歴
登録2025年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1834
ポリマ－41,5601
非ポリマー6223
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.074, 74.800, 78.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID- ...MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 41560.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GG5 / 4-[3-(4-FLUOROPHENYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]PYRIDINE


分子量: 239.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10FN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1CRZ / (3P)-6-chloro-3-(naphthalen-2-yl)-4-(pyridin-4-yl)pyridazine


分子量: 317.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12ClN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 9.2 mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.02M Tris-HCl (pH 8.3), 1mM TCEP; Screen: 0.1M Ammomium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 17% (w/v) PEG10000, 2mM 4FPP (4-[3-(4-fluorophenyl)-1H- ...詳細: Protein: 9.2 mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.02M Tris-HCl (pH 8.3), 1mM TCEP; Screen: 0.1M Ammomium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 17% (w/v) PEG10000, 2mM 4FPP (4-[3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-4-yl]pyridine); Soak: 24 hrs, 5mM ligand (MW01-25-195SRM) in screen solution; Cryo: 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 20% (w/v) PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2025年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 25632 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Rsym value: 0.067 / Χ2: 1.182 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1272 / CC1/2: 0.723 / CC star: 0.916 / Rpim(I) all: 0.473 / Χ2: 1.005 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→28.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 11.41 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23604 1274 5.1 %RANDOM
Rwork0.19099 ---
obs0.1934 23700 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.98 Å20 Å2-0 Å2
2---1.25 Å2-0 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→28.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2693 0 42 155 2890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.8363862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5521.7726200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7945338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.885521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.10310487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.023323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5142.7741346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5122.7741346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0334.9461683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0324.9511684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0953.2851496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.0933.2891497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.4215.7852179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.98229.463396
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.96629.33360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 89 -
Rwork0.253 1709 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8804-0.312-1.07253.4228-2.26824.34570.15010.1-0.11060.29320.30620.6257-0.3157-0.6942-0.45630.0480.01540.05210.18110.05230.3563-11.5012.93515.882
27.4275-1.0013-0.40990.2436-0.07251.4754-0.0132-0.4474-0.09850.09590.04310.2007-0.1398-0.0375-0.02990.1819-0.07050.07410.19160.01980.4225-1.949-0.54621.771
33.53050.74690.40932.8620.42091.47210.0349-0.14270.23190.1832-0.1730.08550.08080.0270.13810.01720.00590.0120.0860.04460.207514.4254.01318.862
42.52570.58870.56862.73060.14831.64970.01070.0581-0.00810.1468-0.1715-0.4490.02990.46430.16080.01580.0160.01050.22270.11250.324526.5084.07915.868
53.0601-1.2897-0.35968.1515-6.19386.77810.10360.58660.1367-0.63080.30250.69870.3646-0.5797-0.40610.08340.0265-0.06490.25050.03860.2476-7.4327.2382.338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2A98 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A124 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4A237 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5A322 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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