PDB-9q2g: Phosphodiesterase from Burkholderia phage BCSR5 in the closed lid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9q2g

タイトル

Phosphodiesterase from Burkholderia phage BCSR5 in the closed lid conformation

要素

Anti-CBASS protein Acb1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Phosphodiesterase

機能・相同性

CITRATE ANION / :

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia phage BCSR5 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Doherty, E.E. / Doudna, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphodiesterase from Burkholderia phage BCSR5 in the closed lid conformation
著者: Doherty, E.E. / Doudna, J.A.

履歴

登録	2025年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9q2g.cif.gz	106.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9q2g.ent.gz	66.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9q2g_validation.pdf.gz	741.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9q2g_full_validation.pdf.gz	742.4 KB	表示
XML形式データ	9q2g_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	9q2g_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/9q2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/9q2g	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Anti-CBASS protein Acb1

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.968, 64.968, 50.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Anti-CBASS protein Acb1 分子量: 18975.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia phage BCSR5 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A889IRF5
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→64.97 Å / Num. obs: 13622 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.39 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 770 / CC_1/2: 0.97 / % possible all: 73.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→39.83 Å / SU ML: 0.1651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.1906
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	1364	10.03 %
R_work	0.1477	12239	-
obs	0.1525	13603	94.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1323	0	13	345	1681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1369
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7703	1861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0443	207
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	242
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1491	515

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.07	0.2186	104	0.1541	949	X-RAY DIFFRACTION	74.31
2.07-2.15	0.1885	114	0.1483	1046	X-RAY DIFFRACTION	82.09
2.15-2.25	0.231	133	0.1563	1190	X-RAY DIFFRACTION	92.84
2.25-2.37	0.2027	146	0.1562	1263	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.37-2.52	0.2173	145	0.1697	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.71	0.2395	144	0.1651	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.99	0.1949	147	0.161	1286	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.99-3.42	0.1848	146	0.1409	1303	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.42-4.31	0.1744	143	0.1298	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-39.83	0.1747	142	0.1372	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.76776833158	-2.05176781506	-4.14975109796	1.46548766321	1.06518617543	2.88721703734	-0.0516066773371	-0.745455328624	0.232802935594	0.0471282154684	0.067779920097	-0.300309241655	-0.0460088265127	0.385272884627	-0.0366765482294	0.167909652241	-0.00775447346856	0.0100613477177	0.110052933682	0.00674208945523	0.158139116204	7.05933767143	-13.0264763015	-2.07061278149
2	1.0378759836	-0.166312749015	0.863776155374	1.76802527774	-0.724220396406	0.972511040517	0.0047598549939	-0.0288690605765	-0.202176996688	0.198955702286	-0.00189600790063	0.10881533052	0.0143036164974	-0.00827822254321	-0.0154053055626	0.0685729767212	-0.0058322336962	0.0061087049088	0.059599151797	0.0141489577316	0.0474009813939	-1.4550194518	-29.8086690126	3.88655037691
3	1.89942247732	-0.84535828435	0.340591197674	1.68260083119	-0.40176553801	1.10178354537	-0.121106035672	-0.178401347778	-0.0240293227743	0.185143208574	0.107711114908	0.0119210232896	-0.248096797565	0.0243859037751	-0.0076322912122	0.0844007034796	0.0049373866137	-0.00666882578115	0.0615374028394	0.00238271886507	0.0708926290995	3.69995287918	-24.5657054847	6.61228505979
4	2.05370272264	0.120565304618	-0.229729608405	5.71171831665	1.84456503114	1.84302307612	0.131847659094	-0.0236176544697	-0.00847052512545	-0.275539158834	-0.346820656224	0.702729441977	-0.233554886973	-0.491524470067	0.250978145689	0.235540118052	0.0508080408452	-0.00801183899165	0.265786173598	0.00224264410049	0.213124717389	-14.3070894201	-18.2510004292	-5.63748076626
5	2.37418738384	0.256670655593	-0.0425572331522	1.78765650107	0.0106466373884	0.760171723954	-0.115247760724	0.106691704649	0.215982496074	-0.0899158909013	0.0632153683285	-0.146003410437	-0.383897508573	0.182491514554	-0.0329142314485	0.147469156452	-0.0199151591351	-0.0243502284778	0.060097741661	0.012545125256	0.10485138372	8.64102675654	-22.4201846331	-1.46547665365
6	1.38477032571	-1.07487447047	0.580629533641	3.55074977856	0.0190729270943	2.84308835562	-0.0941819711251	0.022552734434	-0.091594383534	-0.108654391772	-0.032110874077	0.379284521259	-0.220999803427	-0.27140033713	0.145503262427	0.119189270392	-0.0102525157522	-0.0366327200798	0.0815753941488	-0.0321607516768	0.0869927241659	-7.33421263535	-22.807802442	-11.7827752245
7	1.9637190285	-0.89971605265	0.394913513817	0.887299650624	-0.52678497591	0.913387292991	-0.00834231844431	-0.0586719069073	0.0372900740113	0.00816545883697	0.0849519147531	-0.0431756870332	-0.15225755648	-0.015137064025	-0.031633986347	0.114025058086	-0.0213711683452	0.00436539508991	0.0561364405958	-0.0282347373704	0.0838860020627	5.29293622385	-18.276242921	-0.686112891465
8	1.84046304627	2.23183922254	1.61237452094	4.83749269891	2.67811802689	2.55722175267	-0.0329512212844	0.162641071952	-0.205135129438	-0.190112654904	0.148503002372	-0.221220304306	0.0836092767786	0.373648152661	-0.089130624584	0.0642528546476	0.0269630811233	0.0148520712857	0.107558542024	-0.0101077695908	0.130582186862	18.1675136459	-31.7324970358	1.28583099217
9	2.13010870032	-1.3356127626	-0.48623475322	3.27633200992	0.643206941722	1.18373065377	-0.108475449026	-0.122554216576	0.0142651450001	0.171287349407	0.209731687831	0.0994117979946	-0.0419947401808	-0.174919153839	-0.0386208963733	0.0871722284676	0.00324813794563	-0.0234053030809	0.0921795071847	-0.00659315575009	0.0511921351512	-4.13742409358	-27.163719561	0.0659365806763

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 16 )	3 - 16	2 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 17 through 35 )	17 - 35	16 - 34
3	3	chain 'A' and (resid 36 through 56 )	36 - 56	35 - 55
4	4	chain 'A' and (resid 57 through 72 )	57 - 72	56 - 71
5	5	chain 'A' and (resid 73 through 98 )	73 - 98	72 - 97
6	6	chain 'A' and (resid 99 through 111 )	99 - 111	98 - 110
7	7	chain 'A' and (resid 112 through 133 )	112 - 133	111 - 132
8	8	chain 'A' and (resid 134 through 149 )	134 - 149	133 - 148
9	9	chain 'A' and (resid 150 through 165 )	150 - 165	149 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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