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- PDB-9q03: Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BCL6-760... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9q03
タイトルCryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BCL6-760 (LDD, local refined)
要素
  • B-cell lymphoma 6 protein
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE / Cereblon / BCL6 / LDD / degrader / E3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of cell motility / negative regulation of B cell apoptotic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of Rho protein signal transduction / erythrocyte development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / locomotory exploration behavior / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / regulation of T cell proliferation / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of immune response / negative regulation of protein-containing complex assembly / Rho protein signal transduction / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cytokine production / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / cell motility / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / heterochromatin formation / regulation of cell population proliferation / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / transcription by RNA polymerase II / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / B-cell lymphoma 6 protein / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Zhu, J. / Fang, W. / Pagarigan, B.
資金援助1件
組織認可番号
Other private
引用ジャーナル: J Med Chem / : 2025
タイトル: Discovery of Potent and Selective BCL6 Ligand-Directed Degrader (LDD), BCL6-760.
著者: Hunter P Shunatona / Natalie Holmberg Douglas / Jayce Rhodes / William Thomas / Diogo Da Silva / Jim Gamez / Matt Groza / Andy Christoforou / Jinyi Zhu / Scott Johnson / Dharmpal Dodd / Dehua ...著者: Hunter P Shunatona / Natalie Holmberg Douglas / Jayce Rhodes / William Thomas / Diogo Da Silva / Jim Gamez / Matt Groza / Andy Christoforou / Jinyi Zhu / Scott Johnson / Dharmpal Dodd / Dehua Huang / Jennifer Griffin / Giulianna Miseo / Brandon Whitefield / Dahlia Weiss / James Rader / Elif Kuzu / Jim Leisten / Joselyn Del Rosario / Lihong Shi / Mary Matyskiela / Philip P Chamberlain / Peter Belmont / Matt Alexander / Christoph W Zapf / Lynda Groocock / Deborah S Mortensen /
要旨: The discovery of a potent and selective BCL6 ligand-directed degrader (LDD), BCL6-760 () is described. Through structure-activity relationships, the most potent heterobifunctional degraders of BCL6 ...The discovery of a potent and selective BCL6 ligand-directed degrader (LDD), BCL6-760 () is described. Through structure-activity relationships, the most potent heterobifunctional degraders of BCL6 were found to be those containing short aminopiperidine linkers in combination with an indazole-based cereblon (CRBN)-binding moiety (CBM). In vitro ADME profiling of potent molecules identified BCL6-760 as an ideal molecule for use in in vivo experiments due to its good passive permeability, solubility, and microsomal stability. Mechanistic studies confirmed that BCL6 degradation is CRBN mediated, and proteomic assessment indicates a clean and selective degradation profile. BCL6-760 exhibited good oral mouse PK and was capable of penetrant and sustained PD effects. At 60 mg/kg BID dosing, BCL6-760 achieves >90% BCL6 reduction and leads to an overall 64% tumor volume reduction in an OCI-LY-1 mouse xenograft efficacy model.
履歴
登録2025年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: MOE
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: MOE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
C: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2265
ポリマ-86,4463
非ポリマー7812
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 16431.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / プラスミド: pMAL-c5x / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 53581.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / Cell (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物 ChemComp-A1CM7 / (3R)-3-(6-{4-[(5-chloro-4-{[3-(3-hydroxy-3-methylbutyl)-1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-5-yl]amino}pyrimidin-2-yl)(methyl)amino]piperidin-1-yl}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione


分子量: 715.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C36H43ClN10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
非ポリマーの詳細LIG DICTIONARY 94 100 Other LIG C1 C1 C 0 YNN 1 LIG C10 C10 C 0 YNN 2 LIG C11 C11 C 0 YNN 3 LIG C12 ...LIG DICTIONARY 94 100 Other LIG C1 C1 C 0 YNN 1 LIG C10 C10 C 0 YNN 2 LIG C11 C11 C 0 YNN 3 LIG C12 C12 C 0 YNN 4 LIG C13 C13 C 0 YNN 5 LIG C14 C14 C 0 YNN 6 LIG C15 C15 C 0 YNN 7 LIG C16 C16 C 0 YNN 8 LIG C17 C17 C 0 YNN 9 LIG C18 C18 C 0 NNN 10 LIG C19 C19 C 0 NNN 11 LIG C2 C2 C 0 YNN 12 LIG C20 C20 C 0 NNN 13 LIG C21 C21 C 0 NNN 14 LIG C22 C22 C 0 NNN 15 LIG C23 C23 C 0 NNN 16 LIG C24 C24 C 0 NNN 17 LIG C25 C25 C 0 NNN 18 LIG C26 C26 C 0 NNN 19 LIG C27 C27 C 0 NNR 20 LIG C28 C28 C 0 NNN 21 LIG C29 C29 C 0 NNN 22 LIG C3 C3 C 0 YNN 23 LIG C30 C30 C 0 NNN 24 LIG C31 C31 C 0 NNN 25 LIG C32 C32 C 0 NNN 26 LIG C33 C33 C 0 NNN 27 LIG C34 C34 C 0 NNN 28 LIG C35 C35 C 0 NNN 29 LIG C36 C36 C 0 NNN 30 LIG C4 C4 C 0 YNN 31 LIG C5 C5 C 0 YNN 32 LIG C6 C6 C 0 YNN 33 LIG C7 C7 C 0 YNN 34 LIG C8 C8 C 0 YNN 35 LIG C9 C9 C 0 YNN 36 LIG N1 N1 N 0 YNN 37 LIG N10 N10 N 0 NNN 38 LIG N2 N2 N 0 YNN 39 LIG N3 N3 N 0 YNN 40 LIG N4 N4 N 0 YNN 41 LIG N5 N5 N 0 NNN 42 LIG N6 N6 N 0 NNN 43 LIG N7 N7 N 0 NNN 44 LIG N8 N8 N 0 NNN 45 LIG N9 N9 N 0 NNN 46 LIG O1 O1 O 0 NNN 47 LIG O2 O2 O 0 NNN 48 LIG O3 O3 O 0 NNN 49 LIG O4 O4 O 0 NNN 50 LIG CL1 CL1 Cl 0 NNN 51 LIG H1 H1 H 0 NNN 52 LIG H2 H2 H 0 NNN 53 LIG H3 H3 H 0 NNN 54 LIG H10 H10 H 0 NNN 55 LIG H11 H11 H 0 NNN 56 LIG H12 H12 H 0 NNN 57 LIG H13 H13 H 0 NNN 58 LIG H14 H14 H 0 NNN 59 LIG H15 H15 H 0 NNN 60 LIG H16 H16 H 0 NNN 61 LIG H17 H17 H 0 NNN 62 LIG H18 H18 H 0 NNN 63 LIG H19 H19 H 0 NNN 64 LIG H20 H20 H 0 NNN 65 LIG H21 H21 H 0 NNN 66 LIG H22 H22 H 0 NNN 67 LIG H23 H23 H 0 NNN 68 LIG H24 H24 H 0 NNN 69 LIG H25 H25 H 0 NNN 70 LIG H26 H26 H 0 NNN 71 LIG H27 H27 H 0 NNN 72 LIG H28 H28 H 0 NNN 73 LIG H29 H29 H 0 NNN 74 LIG H30 H30 H 0 NNN 75 LIG H31 H31 H 0 NNN 76 LIG H32 H32 H 0 NNN 77 LIG H33 H33 H 0 NNN 78 LIG H34 H34 H 0 NNN 79 LIG H35 H35 H 0 NNN 80 LIG H36 H36 H 0 NNN 81 LIG H37 H37 H 0 NNN 82 LIG H38 H38 H 0 NNN 83 LIG H39 H39 H 0 NNN 84 LIG H4 H4 H 0 NNN 85 LIG H40 H40 H 0 NNN 86 LIG H41 H41 H 0 NNN 87 LIG H42 H42 H 0 NNN 88 LIG H43 H43 H 0 NNN 89 LIG H5 H5 H 0 NNN 90 LIG H6 H6 H 0 NNN 91 LIG H7 H7 H 0 NNN 92 LIG H8 H8 H 0 NNN 93 LIG H9 H9 H 0 NNN 94 LIG C1 C2 DOUB YN 1 LIG C1 C8 SING YN 2 LIG C1 H1 SING NN 3 LIG C10 C2 SING YN 4 LIG C10 C5 DOUB YN 5 LIG C10 N8 SING NN 6 LIG C11 C12 SING YN 7 LIG C11 C3 DOUB YN 8 LIG C11 N6 SING NN 9 LIG C12 C6 DOUB YN 10 LIG C12 N7 SING NN 11 LIG C13 C4 DOUB YN 12 LIG C13 C6 SING YN 13 LIG C13 N9 SING NN 14 LIG C14 C16 SING YN 15 LIG C14 C7 DOUB YN 16 LIG C14 CL1 SING NN 17 LIG C15 C27 SING NN 18 LIG C15 C8 SING YN 19 LIG C15 N2 DOUB YN 20 LIG C16 N3 DOUB YN 21 LIG C16 N9 SING NN 22 LIG C17 N1 DOUB YN 23 LIG C17 N10 SING NN 24 LIG C17 N3 SING YN 25 LIG C18 C21 SING NN 26 LIG C18 N5 SING NN 27 LIG C18 O1 DOUB NN 28 LIG C19 C27 SING NN 29 LIG C19 N5 SING NN 30 LIG C19 O2 DOUB NN 31 LIG C2 H2 SING NN 32 LIG C20 N6 SING NN 33 LIG C20 N7 SING NN 34 LIG C20 O3 DOUB NN 35 LIG C21 C22 SING NN 36 LIG C21 H8 SING NN 37 LIG C21 H9 SING NN 38 LIG C22 C27 SING NN 39 LIG C22 H10 SING NN 40 LIG C22 H11 SING NN 41 LIG C23 C25 SING NN 42 LIG C23 C28 SING NN 43 LIG C23 H12 SING NN 44 LIG C23 H13 SING NN 45 LIG C24 C26 SING NN 46 LIG C24 C28 SING NN 47 LIG C24 H14 SING NN 48 LIG C24 H15 SING NN 49 LIG C25 N8 SING NN 50 LIG C25 H16 SING NN 51 LIG C25 H17 SING NN 52 LIG C26 N8 SING NN 53 LIG C26 H18 SING NN 54 LIG C26 H19 SING NN 55 LIG C27 H20 SING NN 56 LIG C28 N10 SING NN 57 LIG C28 H21 SING NN 58 LIG C29 C36 SING NN 59 LIG C29 H22 SING NN 60 LIG C29 H23 SING NN 61 LIG C29 H24 SING NN 62 LIG C3 C4 SING YN 63 LIG C3 H3 SING NN 64 LIG C30 C36 SING NN 65 LIG C30 H25 SING NN 66 LIG C30 H26 SING NN 67 LIG C30 H27 SING NN 68 LIG C31 N4 SING NN 69 LIG C31 H28 SING NN 70 LIG C31 H29 SING NN 71 LIG C31 H30 SING NN 72 LIG C32 N6 SING NN 73 LIG C32 H31 SING NN 74 LIG C32 H32 SING NN 75 LIG C32 H33 SING NN 76 LIG C33 N10 SING NN 77 LIG C33 H34 SING NN 78 LIG C33 H35 SING NN 79 LIG C33 H36 SING NN 80 LIG C34 C35 SING NN 81 LIG C34 C36 SING NN 82 LIG C34 H37 SING NN 83 LIG C34 H38 SING NN 84 LIG C35 N7 SING NN 85 LIG C35 H39 SING NN 86 LIG C35 H40 SING NN 87 LIG C36 O4 SING NN 88 LIG C4 H4 SING NN 89 LIG C5 C9 SING YN 90 LIG C5 H5 SING NN 91 LIG C6 H6 SING NN 92 LIG C7 N1 SING YN 93 LIG C7 H7 SING NN 94 LIG C8 C9 DOUB YN 95 LIG C9 N4 SING YN 96 LIG N2 N4 SING YN 97 LIG N5 H41 SING NN 98 LIG N9 H42 SING NN 99 LIG O4 H43 SING NN 100 ZN DICTIONARY 1 0 Other ZN ZN ZN Zn 2 NNN 1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ternary complex of BCL6-CRBN-DDB1 with an LDD BCL6-760
タイプ: COMPLEX
詳細: BCL6 BTB domain and CRBN/DDB1 was mixed with BCL6-760 in 1:1:1 ratio
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量: 0.162 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mM(2-(4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl)ethanesulfonic acid)1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine1
40.25 %Dimethyl sulfoxide1
50.001 %Lauryl Maltose Neopentyl Glycol1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.16 sec. / 電子線照射量: 35.18 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10236

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3EPU画像取得
5cryoSPARCCTF補正
8Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC3次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 15859703
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112568 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
1pdb_00009dqd
1pdb_00009dqd1PDBexperimental model
2pdb_00005x9o
1pdb_00005x9o2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 3.15 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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