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- PDB-9pzj: Benzylsuccinate synthase alpha-beta-gamma complex with bound tolu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pzj
タイトルBenzylsuccinate synthase alpha-beta-gamma complex with bound toluene and fumarate
要素(benzylsuccinate synthase ...) x 3
キーワードLYASE / Benzylsuccinate Synthase / Glycyl Radical Enzyme / FeS cluster / toluene / fumarate
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Benzylsuccinate synthase beta subunit / : / Benzylsuccinate synthase beta subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain ...Benzylsuccinate synthase beta subunit / : / Benzylsuccinate synthase beta subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit / Benzylsuccinate synthase gamma subunit superfamily / BssC/TutF protein / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / TOLUENE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / TutF / TutD / TutG
類似検索 - 構成要素
生物種Thauera aromatica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, J. / Andorfer, M.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM145910 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Accessory Subunit Regulates Thiyl Radical Formation in Benzylsuccinate Synthase.
著者: Anas, S. / Liu, J. / Vats, A. / Gainadi, R. / Sharif, S. / Piriyatamwong, A. / Andorfer, M.C.
履歴
登録2025年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: benzylsuccinate synthase alpha chain
B: benzylsuccinate synthase beta chain
C: benzylsuccinate synthase gamma chain
D: benzylsuccinate synthase alpha chain
E: benzylsuccinate synthase beta chain
F: benzylsuccinate synthase gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,46216
ポリマ－235,4276
非ポリマー2,03510
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16900 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area61690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.396, 118.535, 124.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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Benzylsuccinate synthase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 benzylsuccinate synthase alpha chain / TutD


分子量: 99117.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: has a SGTGSGSS linker and Histag at the C-terminus of protein
由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 遺伝子: tutD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68395, benzylsuccinate synthase
#2: タンパク質 benzylsuccinate synthase beta chain / TutG


分子量: 11730.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Has a Histag and TEV site at the N-terminus / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 遺伝子: tutG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68396
#3: タンパク質 benzylsuccinate synthase gamma chain / TutF


分子量: 6865.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 遺伝子: tutF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O68394

-
非ポリマー , 5種, 23分子

#4: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MBN / TOLUENE


分子量: 92.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 29% (w/v) PEG3350, 100 mM Tris pH 8.5, 60 mM KCl, 5 mM fumarate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→33.68 Å / Num. obs: 48786 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4793 / CC1/2: 0.735 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→33.68 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1464 3 %
Rwork0.2118 --
obs0.2128 48770 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15611 0 76 13 15700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56921716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6642179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-30.37741470.31864644X-RAY DIFFRACTION100
3-3.120.35031400.30094687X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.270.30531540.27284664X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.440.27341490.25574676X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.650.24451370.22784700X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.930.27231470.20314705X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.330.21581460.18084722X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.950.20351480.16664738X-RAY DIFFRACTION100
4.95-6.240.22591470.18144797X-RAY DIFFRACTION100
6.24-33.680.17241490.16794973X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.4093 Å / Origin y: 35.3578 Å / Origin z: -30.461 Å
111213212223313233
T0.3324 Å20.0429 Å20.0231 Å2-0.1938 Å2-0.0046 Å2--0.2875 Å2
L0.7077 °2-0.1677 °20.2271 °2-0.2945 °2-0.0218 °2--0.6222 °2
S0.0221 Å °-0.0798 Å °-0.0149 Å °-0.0071 Å °0.0302 Å °0.0109 Å °0.1838 Å °0.0201 Å °-0.0507 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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