PDB-9pzi: Crystal Structure of synthetic antibody COP-2 in complex with the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pzi

タイトル

Crystal Structure of synthetic antibody COP-2 in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens enterotoxin

要素

COP-2 Heavy chain
COP-2 Light chain
Heat-labile enterotoxin B chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM/TOXIN / ENTEROTOXIN / SYNTHETIC ANTIBODY / TOXIN / IMMUNE SYSTEM-TOXIN complex

機能・相同性

Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin B chain

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Vecchio, A.J. / Ogbu, C.P. / Kapoor, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM138368	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM117372	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of synthetic antibody, COP-2, in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin
著者: Ogbu, C.P. / Kapoor, S. / Vecchio, A.J.

履歴

登録	2025年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2025年8月20日	ID: 9MXI
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pzi.cif.gz	930.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pzi.ent.gz	791.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9pzi_validation.pdf.gz	489.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pzi_full_validation.pdf.gz	515.1 KB	表示
XML形式データ	9pzi_validation.xml.gz	71.9 KB	表示
CIF形式データ	9pzi_validation.cif.gz	93.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/9pzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/9pzi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	52864 9ihc
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: COP-2 Light chain

D: COP-2 Heavy chain

A: COP-2 Light chain

B: COP-2 Heavy chain

E: COP-2 Light chain

F: COP-2 Heavy chain

G: Heat-labile enterotoxin B chain

I: Heat-labile enterotoxin B chain

H: Heat-labile enterotoxin B chain

207 kDa, 9 ポリマー
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1

C: COP-2 Light chain

D: COP-2 Heavy chain

H: Heat-labile enterotoxin B chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The orientation in the crystal in crystal induced and not present in solution, only a single COP-2/cCpE is in solution as verified by SEC and cryo-EM
69 kDa, 3 ポリマー
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2

A: COP-2 Light chain

B: COP-2 Heavy chain

I: Heat-labile enterotoxin B chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 3 ポリマー
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3

E: COP-2 Light chain

F: COP-2 Heavy chain

G: Heat-labile enterotoxin B chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.475, 198.520, 115.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-308- HOH

#1: 抗体	COP-2 Light chain 分子量: 26053.135 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	COP-2 Heavy chain 分子量: 27799.080 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Heat-labile enterotoxin B chain 分子量: 15114.945 Da / 分子数: 3 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 192-319) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: cpe / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01558
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 200 mM sodium chloride, 1.75 M ammonium sulfate, and 100 mM sodium cacodylate pH 6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.74 Å / Num. obs: 81028 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 45.06 Å² / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 6.96
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 8034 / CC_1/2: 0.506 / CC star: 0.82 / R_pim(I) all: 0.535 / R_rim(I) all: 0.757 / % possible all: 98.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→29.74 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS, NCS and secondary structure restraints

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2248	3974	4.91 %	Random
R_work	0.1783	-	-	-
obs	-	80904	99.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12804	0	0	323	13127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	13116
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.45	17865
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.494	1805
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	2267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3403	172	0.2723	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.56	0.333	150	0.2649	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
2.56-2.6	0.3167	154	0.2683	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6-2.63	0.307	159	0.2516	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
2.63-2.67	0.2897	159	0.24	2662	X-RAY DIFFRACTION	97
2.67-2.71	0.2844	174	0.2248	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-2.75	0.2609	155	0.2118	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.8	0.2472	141	0.2121	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.84	0.2482	163	0.2001	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.262	122	0.2076	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.95	0.2352	140	0.2147	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.01	0.2981	118	0.2216	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.08	0.2684	136	0.2177	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.15	0.2839	139	0.1971	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.23	0.2429	138	0.198	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.32	0.2541	135	0.1885	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
3.32-3.41	0.2389	134	0.1854	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
3.41-3.52	0.2187	131	0.1805	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
3.52-3.65	0.1996	181	0.1778	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
3.65-3.79	0.2022	155	0.1679	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.79-3.97	0.1931	146	0.1622	2719	X-RAY DIFFRACTION	98
3.97-4.17	0.2223	113	0.149	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.44	0.1475	122	0.1336	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-4.78	0.1598	126	0.1238	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.26	0.1657	128	0.1291	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
5.26-6.01	0.1954	144	0.1619	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
6.01-7.55	0.213	134	0.186	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
7.55-29.74	0.2218	105	0.1627	2858	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7267	0.2134	0.4804	6.7982	-0.1613	1.4329	-0.1267	0.216	0.1395	-0.3833	0.3558	0.0916	-0.1654	0.0895	-0.1617	0.3731	-0.0302	0.0228	0.541	-0.0193	0.3171	5.48	59.244	-40.137
2	2.1523	0.3858	0.0532	3.028	-0.7011	2.9263	-0.0438	0.1715	0.2714	0.2391	0.148	0.0591	-0.4594	-0.1987	-0.0576	0.3269	-0.0068	0.0261	0.4207	0.005	0.3006	6.657	66.138	-31.628
3	4.0913	-0.5558	1.1147	2.9321	1.8771	3.551	0.2414	-0.2641	-0.6676	0.4522	-0.2019	-0.4583	0.7382	0.0462	-0.0739	0.4339	-0.0091	0.0176	0.3877	0.0041	0.3949	9.616	55.892	-26.14
4	2.254	0.0001	0.6598	1.7922	1.239	1.9646	0.0783	0.4475	-0.0161	-0.1268	-0.1327	-0.105	-0.183	0.0405	0.0323	0.3366	-0.0281	0.0298	0.4471	0.0106	0.3103	7.11	61.593	-33.231
5	0.8968	1.5081	1.2168	7.886	4.0094	2.2962	0.1174	-0.2345	-0.5242	-0.3587	-0.242	0.0531	-0.4385	-0.1908	0.1089	0.4122	-0.034	0.0411	0.3898	-0.0499	0.3911	0.955	41.649	-41.385
6	4.7121	-1.5739	-1.0921	0.6649	0.8154	1.5998	-1.2068	-0.6539	-0.7763	0.3705	0.4288	-0.1062	1.227	-0.8579	0.6205	0.6756	-0.2346	0.2662	0.8938	-0.1386	1.0051	-23.971	28.044	-29.399
7	7.7309	1.3918	-1.5046	1.1582	-0.6507	1.3849	0.4188	0.1276	-0.1263	0.134	-0.3858	0.6512	0.0441	-0.1177	0.0318	0.5346	-0.0644	0.0725	0.5308	-0.2056	0.7154	-15.247	33.941	-40.264
8	6.8597	0.9093	0.5305	3.298	0.5658	4.9441	0.4071	1.1648	0.3932	-0.7985	-0.5226	1.1843	0.6954	-0.6758	-0.0323	0.7548	0.0442	-0.0141	0.8467	-0.1758	0.8605	-24.294	35.375	-42.209
9	1.4756	1.5527	-0.9022	1.7463	-0.8778	1.0334	0.1109	-0.9567	-0.248	0.1603	-0.2638	0.3575	0.0306	-0.1755	0.1317	0.5121	-0.0477	0.0723	0.5689	-0.1973	0.6794	-14.903	35.998	-34.979
10	5.3942	1.7509	0.1493	1.5186	0.0097	0.099	-0.553	0.0895	-1.1804	-0.2432	0.2046	0.6016	0.5579	-0.7489	0.2713	0.6518	-0.138	0.0344	0.7565	-0.2955	1.3136	-26.27	26.381	-41.396
11	8.5007	2.9016	-3.3047	3.6289	-1.8169	4.3717	-0.4772	0.9764	-0.9892	0.2107	0.2482	0.2381	0.661	-0.834	0.3971	0.5492	-0.0474	0.0609	0.5374	-0.263	0.8499	-15.223	25.554	-44.026
12	1.7169	1.4456	2.3333	3.1221	0.009	4.982	0.1148	-0.3727	-0.3732	0.3568	-0.0682	0.1766	0.5337	-0.3184	-0.0442	0.394	-0.0269	0.0939	0.4458	-0.0767	0.2782	-12.652	58.674	-15.328
13	2.3178	0.2481	-0.2762	2.3183	0.1991	1.5892	-0.0329	0.2302	0.0664	-0.0385	0.0194	0.1103	-0.339	-0.1649	0.0085	0.3032	0.0168	0.0302	0.3692	-0.0137	0.2386	-5.89	67.871	-17.845
14	3.2704	-0.1354	-1.3592	4.2163	1.376	0.9944	-0.1172	0.3119	0.2615	-0.1283	-0.2761	0.2413	-0.2593	-0.4233	0.3283	0.3829	-0.0218	0.0462	0.3712	-0.01	0.3051	-13.086	67.107	-15.152
15	2.5587	0.954	0.1693	2.2774	0.0956	1.2976	-0.0183	-0.2425	-0.304	0.0298	-0.1253	-0.0287	0.078	-0.1837	0.0524	0.3679	0.0252	0.057	0.3483	-0.0612	0.3033	-1.619	62.639	-20.869
16	8.3874	-4.8617	0.4833	8.9289	2.2847	6.6316	0.7799	-0.8664	-0.8207	0.0173	-0.2389	0.3172	0.7979	-0.6384	-0.4318	0.6118	-0.1274	0.1714	0.6592	0.1106	0.9705	-19.203	26.923	-25.897
17	3.2019	0.0076	-0.5092	4.0487	1.4225	3.5696	-0.1726	-1.0112	-0.5016	0.799	0.0742	0.1602	0.5992	0.3527	0.1008	0.5779	-0.037	0.081	0.7209	0.0225	0.5694	-14.729	35.749	-23.214
18	0.8923	-0.5918	0.3353	1.6572	0.6587	0.6992	-0.0939	-0.7053	-0.4368	0.4763	-0.3184	0.0086	0.1525	0.4094	0.2179	1.0923	0.0273	0.3504	1.096	0.2995	1.1575	-19.155	31.797	-15.789
19	2.1558	-1.0148	-0.8313	3.0729	-1.9448	4.9402	0.0488	-0.1275	0.4222	0.4989	0.191	0.1562	-0.4726	-0.3303	-0.0796	0.3713	-0.0302	-0.0645	0.3261	-0.0521	0.4969	5.595	31.375	-53.107
20	3.055	-0.2179	-0.7746	4.5548	-0.3383	1.3189	-0.0248	-0.1357	0.2881	0.1779	-0.1136	-0.0876	0.0625	0.1214	0.1408	0.2707	-0.0049	-0.0402	0.2632	-0.0051	0.3697	10.078	22.539	-56.823
21	0.4625	0.0296	0.2681	3.1569	-1.104	2.8927	0.0146	-0.066	-0.0552	-0.0851	-0.2656	0.0247	0.2695	0.2339	0.1359	0.307	0.0256	-0.0136	0.2617	0.0103	0.4406	4.704	22.994	-55.917
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46	2.2166	1.7094	0.2741	7.5644	-0.3742	1.4517	-0.1205	-0.1012	0.1467	0.0126	-0.0634	-0.5858	0.1217	0.319	0.0832	0.4597	-0.0747	-0.0605	0.5646	0.0587	0.4444	-18.086	94.865	-96.473
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53	2.5344	-0.7181	-1.5529	1.7459	0.0378	7.4006	0.115	-0.6021	0.1588	0.2316	-0.2989	0.1795	-0.9884	0.3475	0.2054	0.5232	-0.0474	0.1342	0.2945	-0.0627	0.5706	29.943	94.957	-90.855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN C AND RESID 2:50 )	C	2 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 51:63 )	C	51 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 64:86 )	C	64 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 87:127 )	C	87 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 128:139 )	C	128 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 140:154 )	C	140 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 155:176 )	C	155 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 177:189 )	C	177 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 190:212 )	C	190 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 213:223 )	C	213 - 223
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 224:237 )	C	224 - 237
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 4:43 )	D	4 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 44:93 )	D	44 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 94:117 )	D	94 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 118:158 )	D	118 - 158
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 159:173 )	D	159 - 173
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 174:242 )	D	174 - 242
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 243:252 )	D	243 - 252
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN A AND RESID 2:50 )	A	2 - 50
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN A AND RESID 51:100 )	A	51 - 100
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN A AND RESID 101:127 )	A	101 - 127
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN A AND RESID 128:139 )	A	128 - 139
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN A AND RESID 140:176 )	A	140 - 176
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN A AND RESID 177:189 )	A	177 - 189
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN A AND RESID 190:212 )	A	190 - 212
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN A AND RESID 213:237 )	A	213 - 237
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN B AND RESID 4:158 )	B	4 - 158
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN B AND RESID 159:173 )	B	159 - 173
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN B AND RESID 174:252 )	B	174 - 252
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 2:50 )	E	2 - 50
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 51:63 )	E	51 - 63
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 64:127 )	E	64 - 127
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 128:139 )	E	128 - 139
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN E AND RESID 140:154 )	E	140 - 154
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN E AND RESID 155:176 )	E	155 - 176
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN E AND RESID 177:189 )	E	177 - 189
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN E AND RESID 190:212 )	E	190 - 212
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN E AND RESID 213:237 )	E	213 - 237
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN F AND RESID 4:163 )	F	4 - 163
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN F AND RESID 164:184 )	F	164 - 184
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN F AND RESID 185:252 )	F	185 - 252
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN G AND RESID 201:210 )	G	201 - 210
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN G AND RESID 211:227 )	G	211 - 227
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN G AND RESID 228:284 )	G	228 - 284
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN G AND RESID 285:322 )	G	285 - 322
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN I AND RESID 200:217 )	I	200 - 217
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN I AND RESID 218:227 )	I	218 - 227
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN I AND RESID 228:284 )	I	228 - 284
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN I AND RESID 285:321 )	I	285 - 321
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN H AND RESID 197:204 )	H	197 - 204
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN H AND RESID 205:227 )	H	205 - 227
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN H AND RESID 228:302 )	H	228 - 302
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN H AND RESID 303:322 )	H	303 - 322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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