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- PDB-9pzh: One of a series of engineered variants of I-OnuI meganuclease tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pzh
タイトルOne of a series of engineered variants of I-OnuI meganuclease targeting altered DNA target sequence
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • eI-OnuI_P456_GGC_2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / meganuclease / structure prediction / protein engineering / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.356 Å
データ登録者Werther, R. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM139752 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM105691 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM148166 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Prediction, modeling and design of protein-DNA recognition via computational and machine learning approaches: accomplishments and remaining challenges
著者: Esler, M.A. / Werther, R. / Bradley, P. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2025年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eI-OnuI_P456_GGC_2
B: DNA (26-MER)
C: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9098
ポリマ－50,4883
非ポリマー4215
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.312, 76.317, 168.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 eI-OnuI_P456_GGC_2


分子量: 34514.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7975.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7998.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 191分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES, pH 6.5, 200 mM ammonium sulfate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.356→50 Å / Num. obs: 21544 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 34.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.333 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.37-2.454.70.30620190.9280.1540.3441.03993.9
2.45-2.556.30.26921110.9580.1160.2941.13799.9
2.55-2.676.30.22821180.9730.0990.2491.2499.8
2.67-2.816.20.19621440.9780.0850.2131.37599.9
2.81-2.996.10.15821260.9880.0690.1731.32799.9
2.99-3.225.90.12721490.990.0570.141.43799.8
3.22-3.545.80.08621610.9960.040.0951.39899.9
3.54-4.055.70.08221820.9940.0380.0911.55299.8
4.05-5.15.50.07422020.9930.0350.0821.40399.7
5.1-505.20.07123320.9920.0340.0791.36598.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.69 Å29.66 Å
Translation5.69 Å29.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.356→29.664 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 1998 9.3 %
Rwork0.1785 19483 -
obs0.1836 21481 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.58 Å2 / Biso mean: 30.6182 Å2 / Biso min: 17.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.356→29.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 1059 39 186 3625
Biso mean--41.55 29.66 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2665068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2521952
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.356-2.41480.34411180.2184115684
2.4148-2.48010.29631450.21981408100
2.4801-2.5530.29911400.22281357100
2.553-2.63540.3091440.20871400100
2.6354-2.72950.29151390.20671366100
2.7295-2.83870.29391430.2231390100
2.8387-2.96780.29841430.21891397100
2.9678-3.12410.3181420.23311380100
3.1241-3.31960.25131450.1946142099
3.3196-3.57550.23451440.1791406100
3.5755-3.93460.19031450.16961412100
3.9346-4.50230.19341460.14071413100
4.5023-5.66590.181490.14321451100
5.6659-29.6640.17711550.1416152799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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