PDB-9pyv: Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase from Burkholderia tha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pyv

タイトル

Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase from Burkholderia thailandensis

要素

Uracil-DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Uracil-DNA glycosylase / Burkholderia thailandensis / ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase from Burkholderia thailandensis
著者: Enayati, P. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pyv.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pyv.ent.gz	86.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pyv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pyv_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pyv_full_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示
XML形式データ	9pyv_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	9pyv_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/9pyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/9pyv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.629, 63.006, 126.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG 分子量: 27492.281 Da / 分子数: 1 / 断片: T33-L270 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア) 遺伝子: ung, BTH_I2914 / プラスミド: ButhA.00103.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SUH8, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Grid Salt HT B3: 2.4 M ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.0, ButhA.00103.a.B2.PW39422 at 11.7 mg/mL. Plate 20233 well B3 Drop 3 , Puck: PSL-0813, Cryo: 2.5 M ammonium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年7月26日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→44.59 Å / Num. obs: 29590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.219 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.233 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 253179
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 1.491 / Num. measured all: 13936 / Num. unique obs: 1557 / CC_1/2: 0.599 / R_pim(I) all: 0.517 / R_rim(I) all: 1.579 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	2.0_5778	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→34.99 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1965	1464	4.96 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1648	29518	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1845	0	43	238	2126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1977
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	2707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.724	720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.76	0.3567	126	0.2628	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.83	0.2486	142	0.219	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.91	0.2347	149	0.19	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-2.02	0.2078	149	0.1659	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.14	0.1945	133	0.1582	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.31	0.1902	157	0.1467	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.54	0.1796	146	0.1449	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.91	0.2016	153	0.1608	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.66	0.2116	147	0.1515	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-34.99	0.1549	162	0.1585	2993	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4887	-0.1985	-0.3874	3.748	0.4136	3.01	0.0449	0.0842	-0.1389	-0.3879	-0.0572	0.2747	0.0819	-0.4643	0.0302	0.1419	-0.0126	-0.0407	0.1767	-0.0251	0.0876	-11.4296	3.9199	-31.7217
2	1.8932	-2.2234	-1.2409	3.9584	1.686	2.2016	-0.1068	0.0094	-0.1761	0.0269	0.0252	0.2911	0.2452	-0.1277	0.0987	0.0959	-0.032	0.0006	0.1126	-0.0093	0.1122	-7.6657	-2.6623	-26.9817
3	3.1102	-0.127	0.2559	4.3683	-0.7889	2.4945	-0.0131	-0.1554	-0.4175	0.1488	-0.049	-0.2727	0.4415	0.1318	0.0619	0.1631	0.0204	0.0063	0.1455	0.0114	0.0916	-2.7355	-1.0759	-13.9528
4	3.0814	0.4181	0.0102	1.3354	0.1098	2.698	0.1287	-0.1322	-0.1224	0.115	-0.1161	0.0555	0.3758	-0.1213	0.0003	0.1284	-0.0254	0.0146	0.1036	0.0199	0.0841	-4.1042	-0.9651	-5.8566
5	1.754	-1.0993	0.6054	1.4412	-0.2792	3.0682	0.022	-0.3089	-0.2045	0.2722	-0.0608	0.2866	0.2055	-0.1674	-0.0165	0.1489	-0.0579	0.0347	0.1531	-0.0061	0.1099	-10.505	3.5084	-6.8975
6	2.6749	-0.3906	-0.1454	4.6807	-0.5678	2.7503	-0.0104	0.0562	-0.141	-0.139	-0.0184	-0.4259	0.2042	0.1666	-0.0001	0.0947	0.0028	0.0142	0.1074	-0.014	0.0697	-0.2954	3.3082	-25.5921
7	2.0962	-0.2529	0.1219	1.8123	-0.0311	2.5161	-0.0409	-0.0087	0.0271	-0.0048	-0.011	0.0078	-0.0921	0.0343	0.0232	0.0653	-0.0073	-0.0045	0.0626	-0.0119	0.045	-2.4673	14.1188	-10.069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 142 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 143 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 165 through 196 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 197 through 267 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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