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- PDB-9pw6: Myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) complexed with compound 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pw6
タイトルMyeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) complexed with compound 8
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / Mcl-1 / cancer / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.068 Å
データ登録者Zhao, B. / Fesik, S.W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Macrocyclic Myeloid Cell Leukemia 1 (Mcl-1) Inhibitors that Demonstrate Potent Cellular Efficacy and In Vivo Activity in a Mouse Solid Tumor Xenograft Model.
著者: Tarr, J.C. / Jeon, K. / Veerasamy, N. / Aichinger, M. / Salovich, J.M. / Zhao, B. / Sensintaffar, J.L. / Arnhof, H. / Wunberg, T. / Sgubin, D. / Arnold, A. / Vekariya, R.H. / Christov, P.P. / ...著者: Tarr, J.C. / Jeon, K. / Veerasamy, N. / Aichinger, M. / Salovich, J.M. / Zhao, B. / Sensintaffar, J.L. / Arnhof, H. / Wunberg, T. / Sgubin, D. / Arnold, A. / Vekariya, R.H. / Christov, P.P. / Kim, K. / Fuchs, J.E. / Karier, P. / Betzemeier, B. / Van Meveren, M. / Miriyala, N. / Olejniczak, E.T. / Engelhardt, H. / Lee, T. / McConnell, D. / Fesik, S.W.
履歴
登録2025年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4434
ポリマ－34,9022
非ポリマー1,5412
水2,666148
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2222
ポリマ－17,4511
非ポリマー7711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2222
ポリマ－17,4511
非ポリマー7711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.613, 87.678, 50.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.422, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 172 - 319 / Label seq-ID: 3 - 150

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17450.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物 ChemComp-A1CL3 / 7-[(4R,5S,6P)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-(2-methoxyethyl)-5-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 770.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H45Cl2N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25-30% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→28.386 Å / Num. obs: 18204 / % possible obs: 97.79 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.526 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 774 / CC1/2: 0.214 / CC star: 0.593 / Rpim(I) all: 0.327 / Χ2: 0.885 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.068→28.386 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.794 / SU B: 6.045 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.226
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 839 4.75 %
Rwork0.1894 16824 -
all0.193 --
obs-17663 87.976 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.414 Å20 Å20.586 Å2
2---1.409 Å2-0 Å2
3---0.672 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.068→28.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 108 148 2673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8321.93486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6715299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.333527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45710460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.36310120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21816
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2660.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1770.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.772.9651202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5675.3151499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4973.2571375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4395.7821987
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.48138.54211570
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.150.054576
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.149710.05007
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.149710.05007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.068-2.1210.353520.2851065X-RAY DIFFRACTION74.866
2.121-2.180.257550.2511096X-RAY DIFFRACTION80.4895
2.18-2.2430.288510.2141120X-RAY DIFFRACTION83.2859
2.243-2.3110.279530.2081087X-RAY DIFFRACTION84.3819
2.311-2.3870.312620.21102X-RAY DIFFRACTION87.453
2.387-2.4710.331520.1941037X-RAY DIFFRACTION86.4972
2.471-2.5640.285470.2161053X-RAY DIFFRACTION88.4244
2.564-2.6680.221530.187999X-RAY DIFFRACTION89.3798
2.668-2.7860.235600.182976X-RAY DIFFRACTION91.117
2.786-2.9220.275480.184940X-RAY DIFFRACTION91.3124
2.922-3.0790.233520.182892X-RAY DIFFRACTION91.2959
3.079-3.2650.325380.177862X-RAY DIFFRACTION92.1187
3.265-3.490.189420.168835X-RAY DIFFRACTION93.3972
3.49-3.7680.202440.163762X-RAY DIFFRACTION94.49
3.768-4.1250.185290.152710X-RAY DIFFRACTION93.073
4.125-4.6080.231340.137634X-RAY DIFFRACTION92.1379
4.608-5.3130.166210.168562X-RAY DIFFRACTION92.8344
5.313-6.4880.266230.205500X-RAY DIFFRACTION95.438
6.488-9.0960.165120.215378X-RAY DIFFRACTION92.6366
9.096-28.3860.524110.271214X-RAY DIFFRACTION90.3614

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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