PDB-9pv2: Structure of S. aureus GpsB N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pv2

タイトル

Structure of S. aureus GpsB N-terminal domain

要素

Cell cycle protein GpsB

キーワード

CELL CYCLE / Cell division

機能・相同性

Cell cycle protein GpsB / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm / Cell cycle protein GpsB

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Nicely, N.I. / Baker, R.W. / Bartlett, T.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of S. aureus GpsB N-terminal domain
著者: Nicely, N.I. / Baker, R.W. / Bartlett, T.M.

履歴

登録	2025年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pv2.cif.gz	90.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pv2.ent.gz	57.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pv2_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pv2_full_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示
XML形式データ	9pv2_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	9pv2_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/9pv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/9pv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell cycle protein GpsB

B: Cell cycle protein GpsB

17.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.373, 55.531, 77.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Cell cycle protein GpsB / Guiding PBP1-shuttling protein 分子量: 8870.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: gpsB, SAOUHSC_01462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FYI5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16185 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M Succinic acid 0.1 M HEPES pH 7.0 1% w/v PEG 2000 MME PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 16728 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.46 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 721 / CC_1/2: 0.931 / R_rim(I) all: 0.378 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→45.06 Å / SU ML: 0.2168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 23.3313
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	1650	10.01 %
R_work	0.1975	14834	-
obs	0.2013	16484	95.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1207	0	0	144	1351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	1237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5899	1651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0357	181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0269	499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.8	0.3667	120	0.3349	1075	X-RAY DIFFRACTION	85.3
1.8-1.86	0.3468	131	0.2565	1181	X-RAY DIFFRACTION	94.05
1.86-1.93	0.2544	139	0.2164	1246	X-RAY DIFFRACTION	97.06
1.93-2	0.241	137	0.1991	1232	X-RAY DIFFRACTION	98.07
2-2.1	0.2569	137	0.1811	1232	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.1-2.21	0.2352	140	0.2047	1256	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.21-2.34	0.239	141	0.1848	1273	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.34-2.53	0.2024	143	0.1755	1284	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.53-2.78	0.2324	143	0.1986	1285	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.78-3.18	0.2574	139	0.1974	1250	X-RAY DIFFRACTION	96.66
3.18-4.01	0.2269	135	0.1831	1226	X-RAY DIFFRACTION	93.09
4.01-45.06	0.2088	145	0.1979	1294	X-RAY DIFFRACTION	92.6

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.95245785044	0.0719104661742	-1.80321096574	1.78821251037	-1.26690896522	6.68243798845	0.0543019429968	0.120237487571	0.108090971217	-0.133364903597	0.00212805458263	0.0494659336822	0.0352138526851	-0.148587046846	-0.0588587262245	0.0998590881943	-0.022859818038	-0.0299940510209	0.144718021544	0.00392353688401	0.173967466334	-9.82952196752	14.6336173496	-29.3102243244
2	0.365017286529	2.51562325179	2.59008572805	5.77027150329	7.57625218284	6.78225845045	-0.0606524846693	0.0812568192111	0.230173636687	0.0185634795255	-0.103748034876	0.127889117363	-0.121285280879	-0.399924945046	0.165457120443	0.258386041589	0.015697218702	0.00627131998683	0.245714463173	-0.00866854094101	0.253254739357	-8.98148583468	21.2759971168	4.51882682066
3	0.855835265932	-0.388144360066	0.465891134732	2.12150069038	-2.58557623069	8.34724493091	0.0639280993689	0.148673390056	-0.116361467865	0.0323499512832	-0.0235296614668	-0.046890354901	0.289227892283	0.0408277759616	-0.0436921557309	0.167535536421	-0.0108473928115	-0.0211207277058	0.124728225008	-0.033492472272	0.181640915935	-3.6152523681	9.05037858838	-31.3441593075
4	0.575461655607	-0.477346125447	-1.8317798931	0.0944203232753	0.87495835127	8.88382648753	0.00193328808016	-0.14405062861	-0.0245882341996	0.129646059239	0.0789097813757	0.0199953173785	0.163469821858	0.518501912517	-0.105309115522	0.177219855511	-0.0493747053244	-0.00366017545045	0.204641824653	-0.00653100419905	0.213091550856	-5.3780090881	14.5538212196	-5.57399336746

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 45 )	A	A	3 - 45	1 - 43
2	2	chain 'A' and (resid 46 through 75 )	A	A	46 - 75	44 - 73
3	3	chain 'B' and (resid 2 through 27 )	B	B	2 - 27	1 - 26
4	4	chain 'B' and (resid 28 through 74 )	B	B	28 - 74	27 - 73

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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