PDB-9pub: Biotin-streptavidin binding

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pub

タイトル

Biotin-streptavidin binding

要素

Streptavidin

キーワード

PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.953 Å

データ登録者

Whitby, F.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptavidin Structures
著者: Giesler, R. / Kay, M.S.

履歴

登録	2025年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pub.cif.gz	201.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pub.ent.gz	158.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pub_validation.pdf.gz	894.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pub_full_validation.pdf.gz	899.2 KB	表示
XML形式データ	9pub_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	9pub_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/9pub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/9pub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9puaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

J: Streptavidin

K: Streptavidin

ヘテロ分子

27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

J: Streptavidin

K: Streptavidin

ヘテロ分子

J: Streptavidin

K: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.688, 94.415, 105.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	J-22- TYR
2	1	J-22- TYR

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 13281.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-BTN / BIOTIN 分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1 micro-liter protein containing 3 mM Biotin in 10 mM Tris-HCl pH 7.0 mixed with 1 micro-liter 38% Ammonium Sulfate, 100 mM Na-Acetate pH 4.5, 200 mM NaCl at 21C (294 K)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.95→41.94 Å / Num. obs: 140605 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 35 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I): 31.7 / Num. measured all: 4926376
反射シェル	解像度: 0.95→0.97 Å / % possible obs: 79.3 % / 冗長度: 18.1 % / R_merge(I) obs: 3.066 / Num. measured all: 102593 / Num. unique obs: 5670 / CC_1/2: 0.354 / R_pim(I) all: 0.718 / R_rim(I) all: 3.156 / Χ²: 0.45 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT		データ抽出
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.953→41.886 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / WR_factor R_free: 0.14 / WR_factor R_work: 0.123 / SU B: 0.438 / SU ML: 0.011 / Average fsc free: 0.9685 / Average fsc work: 0.9719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.019 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1454	2793	2 %
R_work	0.131	136887	-
all	0.131	-	-
obs	-	139680	96.626 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.285 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.515 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.953→41.886 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1815	0	38	306	2159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.011	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.018	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.98	1.662	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	1.607	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.74	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.795	22.447	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.696	15	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.883	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.975	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.431	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.544	0.536	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.528	0.533	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.93	0.802	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.933	0.803	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.446	0.679	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.445	0.682	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.774	0.966	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.775	0.968	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.3	7.808	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.987	6.97	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.315	3	4187

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.953-0.977	0.758	181	0.708	8351	X-RAY DIFFRACTION	80.658
0.977-1.004	0.428	181	0.429	9072	X-RAY DIFFRACTION	89.3837
1.004-1.033	0.297	193	0.29	9056	X-RAY DIFFRACTION	91.9841
1.033-1.065	0.169	193	0.172	8992	X-RAY DIFFRACTION	94.0604
1.065-1.1	0.121	182	0.11	9014	X-RAY DIFFRACTION	97.3019
1.1-1.139	0.111	179	0.092	8952	X-RAY DIFFRACTION	99.6182
1.139-1.182	0.097	170	0.084	8697	X-RAY DIFFRACTION	99.9549
1.182-1.23	0.091	186	0.084	8321	X-RAY DIFFRACTION	99.9882
1.23-1.284	0.102	149	0.088	8046	X-RAY DIFFRACTION	100
1.284-1.347	0.095	157	0.088	7680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.347-1.42	0.114	138	0.091	7332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.506	0.11	131	0.092	6942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.506-1.61	0.114	139	0.092	6505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.739	0.113	114	0.097	6080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.739-1.905	0.125	117	0.103	5621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.905-2.129	0.125	100	0.108	5117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.458	0.131	106	0.121	4486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-3.01	0.158	84	0.141	3850	X-RAY DIFFRACTION	99.9746
3.01-4.253	0.134	53	0.141	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.9676
4.253-41.886	0.243	40	0.225	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.6641

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7719	-0.0362	0.0534	0.7122	0.0211	0.7849	-0.0123	-0.0395	0.136	0.0296	-0.0025	-0.0176	-0.0719	-0.0036	0.0149	0.0117	0.0042	-0.0029	0.0188	-0.0059	0.0242	2.5327	33.3926	13.8026
2	0.8043	-0.073	0.0631	0.7264	-0.0485	0.8095	-0.0132	-0.0101	-0.0704	0.0026	0.0059	-0.0021	0.0762	0.0263	0.0072	0.0077	0.0023	0.0023	0.0177	0.0001	0.0065	7.9484	18.0059	11.1034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	J	14 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	K	15 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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