PDB-9pps: Co- and Bi-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pps

タイトル

Co- and Bi-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

要素

Soluble cytochrome b562

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Bi- and Co-binding protein / assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Eng, V.H. / Tezcan, F.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Design of a protein scaffold with a selective, Bi-containing heterodinuclear metal coordination motif.
著者: Eng, V.H. / Gascon, M. / Kakkis, A. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2025年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pps.cif.gz	98.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pps.ent.gz	60.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pps_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pps_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9pps_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	9pps_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/9pps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/9pps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9pngC 9pnhC 9ppmC 9ppnC 9ppoC 9pprC 9pptC 9pq4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (4)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562

B: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

35.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.540, 71.090, 75.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562 分子量: 11879.474 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物	ChemComp-BS3 / Bismuth(III) ION 分子量: 208.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Bi / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 1500, 200 mM CaCl2, 100 mM HEPES (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.928 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→43.77 Å / Num. obs: 38593 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05231 / R_pim(I) all: 0.02229 / R_rim(I) all: 0.05699 / Net I/σ(I): 23.37
反射シェル	解像度: 2.003→2.075 Å / R_merge(I) obs: 0.4227 / Mean I/σ(I) obs: 4.02 / Num. unique obs: 2010 / CC_1/2: 0.895 / R_pim(I) all: 0.1878 / R_rim(I) all: 0.4637 / % possible all: 99.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→43.77 Å / SU ML: 0.2496 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.7145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2569	3732	9.67 %
R_work	0.2182	34861	-
obs	0.222	38593	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2499	0	3	264	2766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	2562
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3621	3469
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.9776	968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3262	117	0.3045	1335	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.03-2.06	0.3105	130	0.2848	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.06-2.08	0.3133	150	0.2712	1304	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.08-2.11	0.342	124	0.2706	1278	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.11-2.14	0.3193	142	0.2622	1319	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.14-2.18	0.2457	158	0.2549	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.18-2.21	0.2683	127	0.2383	1324	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.21-2.25	0.3019	124	0.2467	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.25-2.29	0.2652	147	0.2571	1284	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.34	0.3033	138	0.2463	1310	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.34-2.38	0.2683	134	0.2504	1296	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.38-2.44	0.2713	148	0.2423	1306	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.44-2.49	0.3099	121	0.2522	1271	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.49-2.56	0.3243	159	0.2544	1284	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.56-2.62	0.2854	137	0.26	1308	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.62-2.7	0.3359	130	0.2488	1261	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.7-2.79	0.2981	155	0.2429	1302	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.79-2.89	0.2531	137	0.2275	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.89-3	0.2633	132	0.2414	1305	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3-3.14	0.2978	139	0.2408	1306	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.14-3.31	0.2746	149	0.2227	1255	X-RAY DIFFRACTION	99.01
3.31-3.51	0.2193	142	0.2022	1283	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.51-3.78	0.2517	131	0.187	1289	X-RAY DIFFRACTION	98.41
3.79-4.17	0.2618	141	0.1743	1280	X-RAY DIFFRACTION	98.89
4.17-4.77	0.1957	136	0.1721	1308	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.77-6	0.236	147	0.2067	1271	X-RAY DIFFRACTION	99.79
6.01-43.77	0.17	137	0.1767	1296	X-RAY DIFFRACTION	99.17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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