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- PDB-9ppr: Zn- and Bi-bound structure of the H77C variant of TriCyt2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ppr
タイトルZn- and Bi-bound structure of the H77C variant of TriCyt2
要素Soluble cytochrome b562
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Bi- and Zn-binding protein / assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Bismuth(III) ION / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Eng, V.H. / Tezcan, F.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM138884 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-2038238 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Design of a protein scaffold with a selective, Bi-containing heterodinuclear metal coordination motif.
著者: Eng, V.H. / Gascon, M. / Kakkis, A. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2025年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,17812
ポリマ－35,6383
非ポリマー5409
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.750, 70.860, 75.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 10 or resid 12...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALALEULEUAA1 - 101 - 10
d_12ASPASPALAALAAA12 - 2412 - 24
d_13VALVALLEULEUAA26 - 7626 - 76
d_14LEULEUARGARGAA78 - 10678 - 106
d_21ALAALALEULEUBB1 - 101 - 10
d_22ASPASPALAALABB12 - 2412 - 24
d_23VALVALLEULEUBB26 - 7626 - 76
d_24LEULEUARGARGBB78 - 10678 - 106
d_31ALAALALEULEUCC1 - 101 - 10
d_32ASPASPALAALACC12 - 2412 - 24
d_33VALVALLEULEUCC26 - 7626 - 76
d_34LEULEUARGARGCC78 - 10678 - 106

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0475982227656, 0.0331853654824, -0.998315150996), (0.996293312677, 0.0732712345192, -0.0450661880619), (0.0716522456309, -0.99675977934, -0.0365499382518)-34.1049617275, 33.3357777423, 2.8806963231
2given(0.0536938369477, 0.996949832278, 0.0566392425413), (-0.0672330875473, 0.0602017486062, -0.995919405074), (-0.996291465292, 0.0496667029968, 0.0702604782274)-34.1122230046, 0.786683731328, -32.4442706427

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11879.474 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 5種, 426分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BS3 / Bismuth(III) ION


分子量: 208.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Bi / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18% PEG 1500, 200 mM CaCl2, 100 mM HEPES (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.278 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.278 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→44.84 Å / Num. obs: 79015 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 20.96 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.45
反射 シェル解像度: 1.575→1.631 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 3916 / CC1/2: 0.607 / % possible all: 94.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→44.84 Å / SU ML: 0.1852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 23.2432
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 3792 4.8 %
Rwork0.1851 75223 -
obs0.1871 79015 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 9 417 2925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01252567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10853478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0643387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1458969
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.830283258444
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.14812980984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.590.31291450.29452588X-RAY DIFFRACTION92.27
1.59-1.620.28051000.27162771X-RAY DIFFRACTION96.25
1.62-1.640.30411720.26362732X-RAY DIFFRACTION97.68
1.64-1.660.29581330.25822727X-RAY DIFFRACTION98.35
1.66-1.690.27491330.24082788X-RAY DIFFRACTION97.79
1.69-1.710.28121470.23312769X-RAY DIFFRACTION98.71
1.71-1.740.30561420.23862783X-RAY DIFFRACTION98.55
1.74-1.770.26191400.21792785X-RAY DIFFRACTION98.02
1.77-1.80.26471310.22522807X-RAY DIFFRACTION99.19
1.8-1.840.24661320.21312788X-RAY DIFFRACTION98.92
1.84-1.870.25831390.21562771X-RAY DIFFRACTION98.34
1.87-1.920.28841410.21462795X-RAY DIFFRACTION98.79
1.92-1.960.24831480.20012794X-RAY DIFFRACTION99.59
1.96-2.010.26651620.19932767X-RAY DIFFRACTION99.39
2.01-2.060.18761320.18622844X-RAY DIFFRACTION99.17
2.06-2.120.24151410.18672765X-RAY DIFFRACTION99.45
2.12-2.190.2381490.18532790X-RAY DIFFRACTION99.49
2.19-2.270.23441260.17672814X-RAY DIFFRACTION99.39
2.27-2.360.24181540.18532822X-RAY DIFFRACTION99.23
2.36-2.470.24981340.17932779X-RAY DIFFRACTION99.73
2.47-2.60.27131420.19232833X-RAY DIFFRACTION99.8
2.6-2.760.22081480.19222802X-RAY DIFFRACTION99.7
2.76-2.980.23361350.17552822X-RAY DIFFRACTION99.93
2.98-3.270.21431460.17282841X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.750.1691510.15712810X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.720.17271410.15332822X-RAY DIFFRACTION100
4.72-44.840.22711280.18152814X-RAY DIFFRACTION99.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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