PDB-9ppn: Cu-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ppn

タイトル

Cu-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

要素

Soluble cytochrome b562

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Cu-binding protein / assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Eng, V.H. / Tezcan, F.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Design of a protein scaffold with a selective, Bi-containing heterodinuclear metal coordination motif.
著者: Eng, V.H. / Gascon, M. / Kakkis, A. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2025年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ppn.cif.gz	97.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ppn.ent.gz	60 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ppn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ppn_validation.pdf.gz	877.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ppn_full_validation.pdf.gz	877.6 KB	表示
XML形式データ	9ppn_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	9ppn_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/9ppn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/9ppn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9pngC 9pnhC 9ppmC 9ppoC 9pprC 9ppsC 9pptC 9pq4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (4)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562

B: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

35.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.630, 71.080, 75.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562 分子量: 11879.474 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 21% PEG 1500, 200 mM CaCl2, 100 mM MES (pH 5.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.369 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→44.81 Å / Num. obs: 48138 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08648 / R_pim(I) all: 0.02479 / R_rim(I) all: 0.09003 / Net I/σ(I): 20.83
反射シェル	解像度: 1.87→1.937 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 2473 / CC_1/2: 0.826 / R_pim(I) all: 0.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→44.81 Å / SU ML: 0.2205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 23.438
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2203	3751	7.79 %
R_work	0.1811	44387	-
obs	0.1842	48138	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→44.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2499	0	1	282	2782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	2564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6782	3474
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0421	387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4363	967

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.89	0.3403	132	0.2954	1636	X-RAY DIFFRACTION	98.72
1.89-1.91	0.3478	148	0.2703	1668	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.91-1.94	0.276	134	0.2463	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2524	151	0.2339	1650	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.97-2	0.2805	143	0.2285	1671	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2-2.03	0.276	148	0.211	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.3228	128	0.2133	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2044	134	0.1944	1643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.2326	130	0.2014	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.18	0.2579	143	0.1872	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2429	141	0.1848	1651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2662	147	0.1831	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2868	117	0.1967	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2297	151	0.1835	1651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.45	0.2188	148	0.1954	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.52	0.3065	128	0.1931	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.2245	139	0.198	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2898	142	0.2016	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2678	136	0.202	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.93	0.2505	139	0.199	1652	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.93-3.08	0.2637	151	0.1918	1605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.1859	140	0.1972	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.53	0.2265	126	0.1627	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.88	0.176	136	0.1517	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1738	129	0.1404	1667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.6	0.1806	147	0.1577	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-44.81	0.1651	143	0.1704	1630	X-RAY DIFFRACTION	99.89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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