PDB-9ppm: Mn-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ppm

タイトル

Mn-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

要素

Soluble cytochrome b562

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Manganese-binding protein / assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Eng, V.H. / Tezcan, F.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Design of a protein scaffold with a selective, Bi-containing heterodinuclear metal coordination motif.
著者: Eng, V.H. / Gascon, M. / Kakkis, A. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2025年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ppm.cif.gz	310.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ppm.ent.gz	205.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ppm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ppm_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ppm_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9ppm_validation.xml.gz	50.2 KB	表示
CIF形式データ	9ppm_validation.cif.gz	64.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/9ppm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/9ppm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9pngC 9pnhC 9ppnC 9ppoC 9pprC 9ppsC 9pptC 9pq4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (4)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562

B: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

D: Soluble cytochrome b562

E: Soluble cytochrome b562

F: Soluble cytochrome b562

G: Soluble cytochrome b562

H: Soluble cytochrome b562

I: Soluble cytochrome b562

J: Soluble cytochrome b562

K: Soluble cytochrome b562

L: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

143 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

H: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
35.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Soluble cytochrome b562

E: Soluble cytochrome b562

G: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: Soluble cytochrome b562

K: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

D: Soluble cytochrome b562

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

J: Soluble cytochrome b562

L: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

I: Soluble cytochrome b562

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.190, 47.360, 166.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562 分子量: 11879.474 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 1500, 200 mM NH4OAc, 100 mM HEPES (pH 8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.878 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.878 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→46.31 Å / Num. obs: 71610 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 57.79 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06042 / R_pim(I) all: 0.02597 / R_rim(I) all: 0.06591 / Net I/σ(I): 17.43
反射シェル	解像度: 2.53→2.62 Å / R_merge(I) obs: 0.4934 / Num. unique obs: 3671 / CC_1/2: 0.876 / R_pim(I) all: 0.2167 / R_rim(I) all: 0.5406

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.53→46.31 Å / SU ML: 0.4187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 33.3419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2915	3825	5.34 %
R_work	0.2335	67785	-
obs	0.2366	71610	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→46.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9996	0	5	34	10035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	10178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5662	13774
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0322	1538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	1804
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.4255	1324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.53-2.56	0.3847	130	0.333	2279	X-RAY DIFFRACTION	91.39
2.56-2.59	0.3878	146	0.3233	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.59-2.63	0.3553	139	0.3207	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.63-2.67	0.4138	138	0.3168	2473	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.67-2.71	0.413	139	0.34	2453	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.71-2.75	0.4163	152	0.3339	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.75-2.79	0.3571	144	0.3118	2509	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.79-2.84	0.3609	139	0.2978	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.84-2.89	0.365	141	0.2973	2468	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.89-2.95	0.3712	146	0.2864	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.01	0.3881	138	0.2763	2427	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.01-3.07	0.2773	146	0.2902	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.07-3.15	0.3831	147	0.291	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.15-3.22	0.3695	144	0.2965	2461	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.22-3.31	0.3355	144	0.2875	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.31-3.41	0.3299	143	0.2701	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.41-3.52	0.3306	137	0.2491	2462	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.52-3.64	0.33	139	0.2323	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.64-3.79	0.3234	136	0.2176	2434	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.79-3.96	0.3225	144	0.2117	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.96-4.17	0.2568	143	0.2043	2458	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.17-4.43	0.2389	141	0.1969	2534	X-RAY DIFFRACTION	99.55
4.43-4.77	0.2698	146	0.1844	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.77-5.25	0.2668	140	0.2015	2485	X-RAY DIFFRACTION	98.68
5.25-6.01	0.2575	143	0.243	2507	X-RAY DIFFRACTION	99.55
6.02-7.57	0.2075	137	0.2121	2504	X-RAY DIFFRACTION	99.36
7.57-46.31	0.1752	143	0.1569	2487	X-RAY DIFFRACTION	97.95

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)