PDB-9pnh: Ni-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pnh

タイトル

Ni-bound structure of the H77C variant of TriCyt2

要素

Soluble cytochrome b562

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Nickel-binding protein / assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Eng, V.H. / Tezcan, F.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Design of a protein scaffold with a selective, Bi-containing heterodinuclear metal coordination motif.
著者: Eng, V.H. / Gascon, M. / Kakkis, A. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2025年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pnh.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pnh.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pnh_validation.pdf.gz	861.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pnh_full_validation.pdf.gz	862.5 KB	表示
XML形式データ	9pnh_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	9pnh_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/9pnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/9pnh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9pngC 9ppmC 9ppnC 9ppoC 9pprC 9ppsC 9pptC 9pq4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (4)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562

B: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

35.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.960, 71.320, 75.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562 分子量: 11879.474 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 1500, 200 mM CaCl2, 100 mM HEPES (pH 8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.477 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.477 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→44.99 Å / Num. obs: 50440 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0595 / R_pim(I) all: 0.01771 / R_rim(I) all: 0.06217 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.842→1.908 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.0595 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique obs: 2583 / CC_1/2: 0.926 / R_pim(I) all: 0.01771 / R_rim(I) all: 0.06217 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→44.99 Å / SU ML: 0.2484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 24.0759
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	3784	7.5 %
R_work	0.1888	46656	-
obs	0.1918	50440	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→44.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2499	0	4	217	2720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0085	2560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8686	3467
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0462	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	455
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7133	964

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.87	0.4437	132	0.3469	1643	X-RAY DIFFRACTION	95.33
1.87-1.89	0.3187	133	0.3056	1738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.287	140	0.2627	1737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.94	0.3334	139	0.2356	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2705	123	0.2272	1747	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.97-2	0.2429	183	0.2144	1699	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2953	118	0.2045	1778	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.04-2.07	0.2144	136	0.202	1732	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.07-2.11	0.2664	155	0.1965	1715	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.11-2.15	0.2479	139	0.1981	1721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2472	130	0.1958	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.24	0.2421	155	0.1889	1745	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.24-2.29	0.2731	143	0.2039	1705	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.29-2.35	0.2656	124	0.2029	1756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.41	0.2154	131	0.1963	1749	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.41-2.48	0.3147	145	0.2016	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.49-2.56	0.271	145	0.2041	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.57-2.66	0.2923	143	0.2014	1738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.76	0.2508	149	0.2149	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.76-2.89	0.2784	127	0.2022	1748	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.89-3.04	0.2732	142	0.1977	1731	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.04-3.23	0.2	136	0.2095	1733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.48	0.2304	151	0.1769	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.83	0.2073	137	0.164	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.83-4.39	0.1644	148	0.1462	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.39-5.52	0.2046	140	0.163	1734	X-RAY DIFFRACTION	100
5.53-44.99	0.1826	140	0.1904	1728	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.65379873731	0.243066846816	0.249026646067	6.87220624217	1.59473736934	4.14462561568	-0.143044918759	0.519750862205	-0.586037733762	-0.346749624611	0.0324602150479	-0.0322606920043	0.315027099233	-0.11804446686	0.156919074681	0.255965030621	-0.0934981412912	0.026846011444	0.258301009087	-0.0614347337312	0.281948484693	5.29378421753	7.30731556469	13.9938420457
2	4.18887669182	-0.550808327255	-0.571856934135	7.55462326073	2.66998673537	7.73719437977	-0.125164873602	-0.102186210696	-0.282119805029	0.180880882736	-0.0365732108357	0.0808696493544	-0.0368770234025	-0.0335682993265	0.126790124032	0.163301312149	-0.0372137064193	-0.0453568397406	0.183865758332	0.06293003003	0.217861082473	11.0790687932	15.2627740295	21.3803762885
3	8.72674525983	-1.31843956645	-5.14682112131	3.91121453569	1.93624608095	7.52394744473	-0.0469805396575	0.0946699196123	-0.82174943052	-0.0145890990915	-0.230152264734	-0.501540942402	0.348659192871	0.577900287951	0.227529356862	0.377341651243	0.00835347926872	-0.0130382814438	0.313236184925	0.0387304082645	0.456411778436	11.4900416316	3.04899510833	20.4811249096

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 48 )	1 - 48	1 - 48
2	2	chain 'A' and (resid 49 through 80 )	49 - 80	49 - 80
3	3	chain 'A' and (resid 81 through 106 )	81 - 106	81 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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