PDB-9pmn: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pmn

タイトル

Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine

要素

Capsular polysaccharide biosynthesis protein

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Capsular polysaccharide biosynthesis protein / Bordetella pertussis

機能・相同性

: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / Capsular polysaccharide biosynthesis protein

機能・相同性情報

生物種

Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine
著者: Enayati, P. / Lovell, S. / Seibold, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pmn.cif.gz	546.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pmn.ent.gz	449.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9pmn_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pmn_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9pmn_validation.xml.gz	60.3 KB	表示
CIF形式データ	9pmn_validation.cif.gz	77 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/9pmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/9pmn	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

B: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

C: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

D: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

C: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

D: Capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.726, 155.942, 79.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Capsular polysaccharide biosynthesis protein / UDP-N-acetylglucosamine C4 epimerase 分子量: 38320.996 Da / 分子数: 4 / 断片: T2-R348 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌) 遺伝子: wbpP, tviC, vipB, BP1630, BP3149 / プラスミド: BopeA.00085.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TTK0

#1: タンパク質

Capsular polysaccharide biosynthesis protein / UDP-N-acetylglucosamine C4 epimerase

分子量: 38320.996 Da / 分子数: 4 / 断片: T2-R348 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
遺伝子: wbpP, tviC, vipB, BP1630, BP3149 / プラスミド: BopeA.00085.a.B2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TTK0

-
非ポリマー , 5種, 342分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus C1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo ...詳細: Morpheus C1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo protein but NAD and UD2 ligands bound from the expression host. plate 19876 well C1 drop 1, Puck: PSL-1013, Cryo: direct

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus C1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月7日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→44.19 Å / Num. obs: 51167 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.153 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.17 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 268542
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.981 / Num. measured all: 22259 / Num. unique obs: 4434 / CC_1/2: 0.733 / R_pim(I) all: 0.484 / R_rim(I) all: 1.098 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	2.0_5750	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→44.19 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	2592	5.08 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1956	51005	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10432	0	363	321	11116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.604	15084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.198	4224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1958

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.44	0.3382	147	0.2971	2551	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.49	0.322	128	0.2698	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.3277	167	0.256	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.6	0.2924	146	0.2609	2524	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-2.66	0.3581	132	0.2568	2540	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.72	0.321	131	0.2473	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.8	0.2916	150	0.2347	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.88	0.3316	156	0.2299	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.97	0.3199	140	0.235	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.08	0.2544	140	0.2188	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.2	0.2765	135	0.205	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.35	0.2574	135	0.1977	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.52	0.2734	129	0.2008	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.74	0.2057	112	0.1728	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.03	0.1961	125	0.1562	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.44	0.1808	127	0.1398	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
4.44-5.08	0.1891	148	0.1478	2517	X-RAY DIFFRACTION	99
5.08-6.4	0.2136	119	0.1721	2570	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4-44.19	0.2246	125	0.1795	2600	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2858	0.9329	-1.7004	4.0066	-0.1371	3.7249	-0.0327	0.084	0.0077	0.1575	0.087	0.1769	0.2518	-0.184	-0.012	0.3368	-0.025	-0.0619	0.268	-0.0015	0.2688	-30.2736	-5.1659	-2.6655
2	2.5084	0.3298	0.2721	2.7392	0.4366	1.2553	-0.0251	0.0119	0.0156	-0.084	0.0396	-0.2671	0.032	0.0348	0	0.3531	0.0025	-0.0515	0.2681	-0.0112	0.3014	-21.2906	3.5511	-11.8306
3	2.0209	0.1043	0.9349	2.5653	-0.5985	0.8641	-0.1172	-0.1324	0.1876	-0.0195	-0.0096	-0.157	-0.1229	-0.0018	0.1454	0.3727	-0.0034	-0.0062	0.3464	-0.0107	0.3746	-16.473	8.667	3.0633
4	6.5204	-0.3759	-0.4297	3.3412	-0.0652	1.3934	0.0586	-0.5449	0.315	0.2265	-0.1218	-0.6325	0.0964	0.2109	0.0209	0.3761	-0.0003	-0.0943	0.4468	0.0855	0.5215	-1.4569	-8.4431	3.253
5	3.0833	0.595	3.6197	3.1598	-0.4774	5.5058	-0.1622	-0.5495	-0.175	0.1153	-0.0198	0.2322	-0.2583	-0.3543	0.1192	0.4448	-0.0011	0.0281	0.4006	-0.0256	0.327	-23.2076	0.4717	7.7729
6	7.9575	3.3954	2.0983	4.3114	5.665	8.5973	-0.0139	-0.9186	-0.8495	1.3283	-0.0983	-0.5331	0.839	0.3558	0.0655	0.482	0.0741	-0.0501	0.4345	0.1004	0.5212	-3.0378	-16.4243	7.2065
7	5.7611	1.0914	-1.9734	0.6651	-0.4834	1.031	0.4752	-0.5879	0.3468	0.1506	-0.1538	-0.6566	-0.2899	0.2015	-0.3356	0.5711	-0.0083	-0.1248	0.4904	0.0458	0.4296	0.1561	-5.5092	7.7664
8	7.6928	-6.4727	-5.4364	6.9761	4.6046	7.1946	-0.4132	-0.6115	-0.5783	0.1778	0.2921	0.2522	0.156	0.6452	0.1442	0.3395	-0.0812	-0.0997	0.354	0.0242	0.4273	-16.8755	-10.7757	4.3257
9	1.2129	0.9304	-0.1826	3.1932	-0.6827	1.2379	0.0277	0.1064	0.0055	-0.4057	0.1216	0.3832	0.2333	-0.2313	-0.1378	0.359	-0.0192	-0.078	0.3636	0.0159	0.3538	0.8944	9.0456	30.3878
10	2.9913	0.5611	0.256	1.8616	-0.8318	1.9352	0.0115	-0.2534	0.1925	0.3176	-0.0392	0.1382	-0.0766	-0.0067	0.0478	0.366	-0.0194	0.0061	0.2634	-0.0263	0.396	7.3276	20.7916	44.7389
11	3.4672	-1.5884	-0.733	4.6101	-0.2728	1.3922	0.0012	0.1261	0.2292	-0.1934	-0.0866	-0.3612	-0.0919	0.1527	0.1147	0.2824	-0.023	-0.0421	0.3108	0.0235	0.3472	17.2416	3.5615	40.8304
12	2.5924	-2.3816	2.5734	6.5363	-1.0378	3.4939	0.1416	0.0929	-0.2559	0.0136	0.0126	0.7907	-0.1769	-0.1032	-0.1621	0.3256	-0.0407	0.0174	0.3316	0.0224	0.2994	1.6845	8.2801	47.1432
13	3.5844	1.9718	-0.2863	8.1658	7.2881	8.3708	-0.3288	-0.4488	-0.5603	0.6725	0.2558	-0.0381	1.0208	0.445	0.0271	0.3967	0.1264	-0.0174	0.5674	0.1398	0.6264	21.8338	-8.2203	46.868
14	4.5869	-1.5674	-1.7339	2.4222	0.0678	1.7836	0.0571	-0.0431	-0.1127	0.0598	-0.2663	-0.0838	-0.0107	0.066	0.1933	0.3072	-0.0371	-0.0217	0.2503	0.0563	0.289	15.3943	-0.1765	45.4616
15	3.9809	2.2608	1.9129	3.0469	2.2993	4.9888	-0.1409	-0.1212	-0.4636	-0.1783	0.403	-1.369	-0.4259	0.6243	-0.1271	0.4179	-0.0258	0.0356	0.4522	-0.1243	0.8953	6.0208	43.0225	-4.3272
16	2.2971	-0.2993	-0.3726	2.9571	-0.2442	2.622	0.0289	0.1276	0.4235	-0.9351	0.0416	-0.948	-0.4806	0.3155	-0.0388	0.6917	-0.0681	0.1731	0.4109	-0.0265	0.7239	-2.9521	44.6872	-14.9867
17	3.3871	0.9858	0.3848	3.9065	0.9374	2.3641	0.0958	-0.0734	-0.0327	-0.1291	0.0572	-0.3454	0.0357	0.1028	-0.1388	0.4234	0.0293	-0.0188	0.289	-0.028	0.5115	-9.0271	28.5944	-4.2615
18	0.9003	-0.4953	-0.3974	5.2298	0.2792	0.1482	0.0218	-0.0495	-0.035	-0.0042	-0.0108	-0.1197	-0.0812	-0.0319	-0.0084	0.4168	0.0218	-0.0501	0.4385	-0.0939	0.5373	-12.7629	34.83	-1.8846
19	7.3568	-3.9237	1.5115	4.5964	-0.428	1.8369	0.1094	-0.3075	-0.4011	0.2356	0.0043	0.4713	-0.0244	-0.2413	-0.048	0.4744	-0.0562	0.0034	0.3841	-0.0941	0.5716	-16.9675	45.0954	2.2048
20	4.6021	-2.5276	-0.2287	6.9539	0.6326	2.4035	-0.3531	-0.4023	0.1205	0.4782	0.3018	-0.2399	0.1705	-0.164	0.1133	0.4773	-0.0788	-0.0198	0.4318	-0.1113	0.4503	-13.3907	45.8071	6.421
21	5.7415	-1.4846	1.9734	3.8139	-1.7238	1.6719	0.1243	-0.374	-0.5886	0.6751	0.1313	1.0352	0.1563	-0.3513	-0.2694	0.7008	-0.0201	-0.0074	0.542	-0.2067	0.7317	-26.8846	45.45	4.9544
22	6.4521	-3.0587	4.3598	4.5956	-2.0842	6.0354	-0.333	-0.1115	0.9078	0.2988	0.0419	-0.5467	-0.5444	0.0769	0.2426	0.4276	0.0089	-0.0389	0.4283	-0.1461	0.6857	-10.3326	50.4769	1.12
23	9.0165	3.5577	3.4105	6.3963	3.7154	3.0671	-0.1666	0.4976	0.4646	0.1238	0.3556	-0.0948	0.1118	0.4125	-0.1845	0.274	-0.0223	0.0017	0.2749	0.0614	0.3557	30.5406	51.1733	35.7684
24	2.0663	0.8245	-0.884	3.7313	-0.5842	0.7071	-0.0446	0.1641	0.0724	-0.3478	0.0916	0.1358	0.0332	-0.1015	-0.0592	0.3087	-0.0004	-0.0123	0.2946	0.0205	0.2784	19.1061	44.0243	26.9485
25	2.0252	-0.2786	-0.0615	2.9798	-0.0072	1.8707	0.0107	-0.0139	0.0079	0.1355	-0.0368	-0.0469	0.0211	0.0378	0.0303	0.2896	-0.0111	-0.0063	0.2306	-0.0204	0.3337	14.9443	34.8878	43.9759
26	3.7479	-2.8929	0.8812	4.1902	-0.7249	1.5312	-0.0654	-0.2617	-0.0586	0.0456	0.0604	0.4383	0.0138	-0.2158	0.0387	0.2649	-0.033	-0.0314	0.2725	-0.033	0.4122	8.2015	51.4567	39.2287
27	4.0714	-1.5008	0.0682	4.9401	-0.8165	3.7687	-0.5218	-0.6117	0.3036	0.7617	0.3278	-0.0065	-0.0202	-0.2814	0.1892	0.2733	-0.0479	-0.0039	0.263	-0.1144	0.2294	11.1491	53.7221	46.3108
28	4.6943	-1.5507	2.5664	4.4795	-2.8267	2.8034	0.0323	-0.6345	-0.4855	0.1608	0.5138	1.0871	0.2869	-0.7361	-0.5273	0.5192	-0.0346	0.0348	0.5136	-0.0972	0.6149	-2.5273	52.9658	45.1046
29	5.6405	-1.8614	3.9611	6.7691	-3.0294	7.013	-0.3359	0.0321	0.8984	0.0327	0.057	-0.1381	-0.5489	-0.1082	0.3755	0.2024	-0.0214	0.1004	0.2763	-0.0025	0.4186	13.8531	58.6379	40.8735

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 238 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 239 through 270 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 271 through 285 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 286 through 310 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 311 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 133 through 184 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 185 through 238 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 239 through 270 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 271 through 285 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 286 through 341 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 3 through 26 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 27 through 76 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 77 through 164 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 165 through 219 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 220 through 250 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 251 through 285 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 286 through 310 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 311 through 341 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 3 through 26 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 27 through 132 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 133 through 184 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 185 through 250 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 251 through 285 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 286 through 310 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 311 through 341 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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