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Yorodumi- PDB-9pmn: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9pmn | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine | |||||||||
Components | Capsular polysaccharide biosynthesis protein | |||||||||
Keywords | ISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Capsular polysaccharide biosynthesis protein / Bordetella pertussis | |||||||||
| Function / homology | : / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / Capsular polysaccharide biosynthesis protein Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Bordetella pertussis Tohama I (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine Authors: Enayati, P. / Lovell, S. / Seibold, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9pmn.cif.gz | 546.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9pmn.ent.gz | 449.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9pmn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9pmn_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9pmn_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
| Data in XML | 9pmn_validation.xml.gz | 60.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 9pmn_validation.cif.gz | 77 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/9pmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/9pmn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 38320.996 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: T2-R348 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bordetella pertussis Tohama I (bacteria)Gene: wbpP, tviC, vipB, BP1630, BP3149 / Plasmid: BopeA.00085.a.B2 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 342 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-NAD / #4: Chemical | ChemComp-UD2 / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Morpheus C1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo ...Details: Morpheus C1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo protein but NAD and UD2 ligands bound from the expression host. plate 19876 well C1 drop 1, Puck: PSL-1013, Cryo: direct |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 7, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.4→44.19 Å / Num. obs: 51167 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 268542 |
| Reflection shell | Resolution: 2.4→2.47 Å / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.981 / Num. measured all: 22259 / Num. unique obs: 4434 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 1.098 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→44.19 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.75 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→44.19 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bordetella pertussis Tohama I (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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PDBj

