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- PDB-9pmn: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9pmn | |||||||||
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Title | Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine | |||||||||
![]() | Capsular polysaccharide biosynthesis protein | |||||||||
![]() | ISOMERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Capsular polysaccharide biosynthesis protein / Bordetella pertussis | |||||||||
Function / homology | : / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / Capsular polysaccharide biosynthesis protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Capsular polysaccharide biosynthesis protein from Bordetella pertussis in complex with NAD and uridine-diphosphate-n-acetylgalactosamine Authors: Enayati, P. / Lovell, S. / Seibold, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 546.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 449.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 77 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 38320.996 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: T2-R348 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: wbpP, tviC, vipB, BP1630, BP3149 / Plasmid: BopeA.00085.a.B2 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 342 molecules 








#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-NAD / #4: Chemical | ChemComp-UD2 / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Morpheus C1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo ...Details: Morpheus C1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4 and 30 mM (NH4)2SO4. BopeA.00085.a.B2.PW39367 at 14.1 mg/mL. Screened as apo protein but NAD and UD2 ligands bound from the expression host. plate 19876 well C1 drop 1, Puck: PSL-1013, Cryo: direct |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 7, 2025 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→44.19 Å / Num. obs: 51167 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 268542 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.47 Å / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.981 / Num. measured all: 22259 / Num. unique obs: 4434 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 1.098 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→44.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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