PDB-9pia: Human glutaminase C mutant S482C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pia

タイトル

Human glutaminase C mutant S482C

要素

Isoform 3 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / Glutaminase C / S482C mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutaminase / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / : / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Milano, S.K. / Ulrich, S.M. / Cerione, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human glutaminase C mutant S482C
著者: Milano, S.K. / Ulrich, S.M. / Cerione, R.A.

履歴

登録	2025年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pia.cif.gz	623.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pia.ent.gz	517.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/9pia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/9pia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 3 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

B: Isoform 3 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

C: Isoform 3 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

D: Isoform 3 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

262 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.851, 138.209, 177.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isoform 3 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / GLS / K-glutaminase / L-glutamine amidohydrolase 分子量: 65556.977 Da / 分子数: 4 / 変異: S482C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLS, GLS1, KIAA0838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94925, glutaminase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: LiCl, PEG 6000, Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: 7B2 / 波長: 0.8857 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 49294 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.24 / Χ²: 0.361 / Net I/σ(I): 2.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	Χ²	R_rim(I) all
3-3.05	7.1	1.614	2404	0.523	0.829	0.65	0.292
3.05-3.11	7.1	1.466	2420	0.6	0.866	0.591	0.303
3.11-3.17	7	1.214	2529	0.676	0.898	0.495	0.311
3.17-3.23	6.9	0.988	2447	0.79	0.939	0.404	0.312
3.23-3.3	6.8	0.815	2418	0.839	0.955	0.337	0.323
3.3-3.38	6.5	0.738	2493	0.834	0.954	0.315	0.324
3.38-3.46	6.6	0.588	2426	0.894	0.972	0.247	0.325
3.46-3.56	7.1	0.502	2455	0.926	0.981	0.201	0.339
3.56-3.66	7.2	0.398	2506	0.957	0.989	0.159	0.342
3.66-3.78	7.2	0.304	2406	0.974	0.993	0.121	0.339
3.78-3.91	7.1	0.271	2506	0.978	0.994	0.109	0.347
3.91-4.07	7	0.219	2402	0.982	0.995	0.089	0.352
4.07-4.26	6.8	0.192	2514	0.984	0.996	0.079	0.351
4.26-4.48	6.4	0.142	2445	0.989	0.997	0.061	0.386
4.48-4.76	7.1	0.13	2479	0.993	0.998	0.052	0.387
4.76-5.13	7.2	0.124	2478	0.994	0.999	0.05	0.376
5.13-5.64	6.9	0.133	2465	0.993	0.998	0.054	0.379
5.64-6.46	6.7	0.128	2486	0.99	0.997	0.053	0.389
6.46-8.13	7.2	0.08	2463	0.997	0.999	0.032	0.461
8.13-50	6.6	0.042	2552	0.998	0.999	0.018	0.588	0.046

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.99→49.61 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2095	2011	4.22 %
R_work	0.1875	-	-
obs	0.1884	47635	95.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→49.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12396	0	0	96	12492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	12664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	17080
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.375	4664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1884
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2200

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.99-3.06	0.3467	128	0.3342	2743	X-RAY DIFFRACTION	83
3.06-3.14	0.3179	131	0.3186	3220	X-RAY DIFFRACTION	94
3.14-3.24	0.3029	144	0.3018	3161	X-RAY DIFFRACTION	94
3.24-3.34	0.2773	147	0.2855	3215	X-RAY DIFFRACTION	95
3.34-3.46	0.2709	141	0.2371	3214	X-RAY DIFFRACTION	96
3.46-3.6	0.2841	137	0.2152	3292	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6-3.76	0.2059	151	0.1902	3260	X-RAY DIFFRACTION	97
3.76-3.96	0.203	146	0.1866	3362	X-RAY DIFFRACTION	98
3.96-4.21	0.1653	155	0.1638	3321	X-RAY DIFFRACTION	98
4.21-4.53	0.172	139	0.1368	3312	X-RAY DIFFRACTION	98
4.53-4.99	0.1445	147	0.132	3364	X-RAY DIFFRACTION	99
4.99-5.71	0.196	150	0.1541	3372	X-RAY DIFFRACTION	98
5.71-7.19	0.1961	143	0.182	3359	X-RAY DIFFRACTION	98
7.19-49.61	0.1845	152	0.1534	3429	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.8253 Å / Origin y: 34.1413 Å / Origin z: -43.9548 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3658 Å²	0.0131 Å²	-0.0048 Å²	-	0.4234 Å²	-0.0031 Å²	-	-	0.4647 Å²
L	0.0863 °²	0.0193 °²	0.0154 °²	-	0.4989 °²	0.1698 °²	-	-	1.1018 °²
S	-0.0298 Å °	-0.0017 Å °	-0.0117 Å °	-0.0001 Å °	0.1015 Å °	-0.0266 Å °	-0.1094 Å °	0.0368 Å °	-0.0734 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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