[日本語] English
万見
- PDB-9pgy: Crystal structure of STEAP2 N-domain in complex with NADPH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pgy
タイトルCrystal structure of STEAP2 N-domain in complex with NADPH
要素Metalloreductase STEAP2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion import across plasma membrane / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / iron ion import across plasma membrane / cupric reductase (NADH) activity / copper ion import / regulated exocytosis / trans-Golgi network transport vesicle / Golgi to plasma membrane transport / response to hormone ...copper ion import across plasma membrane / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / iron ion import across plasma membrane / cupric reductase (NADH) activity / copper ion import / regulated exocytosis / trans-Golgi network transport vesicle / Golgi to plasma membrane transport / response to hormone / endocytosis / early endosome / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Metalloreductase STEAP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Shin, I. / Liu, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA247379 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of STEAP2 N-Domain with Its Bound NADPH Redox State Validated by Single-Crystal Spectroscopy
著者: Shin, I. / Liu, A.
履歴
登録2025年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metalloreductase STEAP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4587
ポリマ－20,2661
非ポリマー1,1926
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.218, 68.218, 95.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

HOH

21A-538-

HOH

31A-570-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Metalloreductase STEAP2 / Prostate cancer-associated protein 1 / Protein up-regulated in metastatic prostate cancer / PUMPCn ...Prostate cancer-associated protein 1 / Protein up-regulated in metastatic prostate cancer / PUMPCn / Six-transmembrane epithelial antigen of prostate 2 / SixTransMembrane protein of prostate 1


分子量: 20266.256 Da / 分子数: 1 / 変異: F65S, F69S, W102S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STEAP2, PCANAP1, STAMP1, UNQ6507/PRO23203 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NFT2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 37869 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 20.41 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 364703
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.58101.80818320.4710.80.591.9030.679100
1.58-1.61101.7318820.510.8220.5631.820.71100
1.61-1.64101.34718630.6120.8710.441.4180.693100
1.64-1.679.91.1518880.7160.9130.3771.2110.704100
1.67-1.719.70.94718620.7580.9280.3150.9990.715100
1.71-1.759.30.75618830.8220.950.2590.80.897100
1.75-1.798.60.55218600.8770.9670.1980.5870.76100
1.79-1.849.90.46318780.9320.9820.1530.4880.79100
1.84-1.89100.4118800.9390.9840.1340.4321.092100
1.89-1.958.80.37318640.9530.9880.1320.3961.35999.9
1.95-2.0210.20.2418850.980.9950.0780.2530.967100
2.02-2.18.70.22918690.9730.9930.0820.2441.35599.9
2.1-2.2100.14919170.9910.9980.0490.1571.08599.9
2.2-2.329.10.14118760.9920.9980.050.1491.39199.9
2.32-2.469.30.10118870.9950.9990.0350.1071.17199.9
2.46-2.659.20.08118920.9970.9990.0280.0861.223100
2.65-2.9210.40.07219300.9980.9990.0230.0751.369100
2.92-3.3410.40.0519210.99910.0160.0531.198100
3.34-4.219.70.0419530.99910.0130.0421.315100
4.21-509.20.0262047110.0090.0270.73399.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データスケーリング
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→29.54 Å / SU ML: 0.2292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1996 1997 5.28 %
Rwork0.1929 35801 -
obs0.1933 37798 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1401 0 72 204 1677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17012093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0644243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5031216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.42021400.42122519X-RAY DIFFRACTION99.81
1.59-1.630.3461400.31142517X-RAY DIFFRACTION99.92
1.63-1.680.27241410.262515X-RAY DIFFRACTION99.89
1.68-1.730.25751480.23062534X-RAY DIFFRACTION99.93
1.73-1.80.25191430.22232532X-RAY DIFFRACTION99.96
1.8-1.870.23991430.19922520X-RAY DIFFRACTION99.85
1.87-1.950.24281430.23922518X-RAY DIFFRACTION99.51
1.95-2.060.18931400.18182561X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.180.19841410.18482526X-RAY DIFFRACTION99.85
2.19-2.350.18511400.16972568X-RAY DIFFRACTION99.96
2.35-2.590.1871420.18712553X-RAY DIFFRACTION99.96
2.59-2.960.1831410.18742616X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.730.18081430.17762590X-RAY DIFFRACTION99.96
3.74-29.540.17451520.1722732X-RAY DIFFRACTION99.83

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る