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万見
- PDB-9pgt: HIV Capsid Hexamer bound to Compound 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pgt
タイトルHIV Capsid Hexamer bound to Compound 12
要素HIV-1 capsid
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid / p24 / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal ...: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Somoza, J.R. / Anderson, R.L. / Villasenor, A.G. / Ferrao, R.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Lenacapavir: First-in-Class Twice-Yearly Capsid Inhibitor for HIV-1 Treatment and Pre-exposure Prophylaxis.
著者: Canales, E. / Tse, W. / Schroeder, S.D. / Chou, C.H. / Liu, Q. / Zhang, J. / Lazerwith, S.E. / Morganelli, P. / Saito, R.D. / Brizgys, G. / Li, J. / Wu, Q. / Graupe, M. / Halcomb, R.L. / ...著者: Canales, E. / Tse, W. / Schroeder, S.D. / Chou, C.H. / Liu, Q. / Zhang, J. / Lazerwith, S.E. / Morganelli, P. / Saito, R.D. / Brizgys, G. / Li, J. / Wu, Q. / Graupe, M. / Halcomb, R.L. / Desai, M. / Cannizzaro, C. / Hu, E. / Perry, J.K. / Villasenor, A.G. / Somoza, J.R. / Ferrao, R.D. / Swaminathan, S. / Zheng, J. / Lu, B. / Mwangi, J. / Wang, K. / Subramanian, R. / Smith, B.J. / Rhodes, G. / Rowe, W. / Sauer, D. / Lad, L. / Papalia, G.A. / Clancy, S. / Stepan, G.J. / Yu, H. / Sakowicz, R. / Shi, B. / Carr, G. / Bam, R.A. / Tsai, L.K. / Singer, E. / Hansen, D. / Mulato, A. / Yant, S.R. / Cihlar, T. / Link, J.O.
履歴
登録2025年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年10月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 capsid
B: HIV-1 capsid
C: HIV-1 capsid
D: HIV-1 capsid
E: HIV-1 capsid
F: HIV-1 capsid
G: HIV-1 capsid
H: HIV-1 capsid
I: HIV-1 capsid
J: HIV-1 capsid
K: HIV-1 capsid
L: HIV-1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,32524
ポリマ－307,11012
非ポリマー6,21512
水9,764542
1
A: HIV-1 capsid
B: HIV-1 capsid
C: HIV-1 capsid
D: HIV-1 capsid
E: HIV-1 capsid
F: HIV-1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,66312
ポリマ－153,5556
非ポリマー3,1086
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20870 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area59460 Å2
手法PISA
2
G: HIV-1 capsid
H: HIV-1 capsid
I: HIV-1 capsid
J: HIV-1 capsid
K: HIV-1 capsid
L: HIV-1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,66312
ポリマ－153,5556
非ポリマー3,1086
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20590 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area59900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.800, 156.660, 118.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.751, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
HIV-1 capsid


分子量: 25592.469 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物
ChemComp-A1CH5 / N-[(1S)-1-[3-(4-chlorophenyl)pyridin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetamide


分子量: 517.954 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H22ClF2N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12% PEG 8K, 0.1M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.74 Å / Num. obs: 335647 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 47.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06718 / Rpim(I) all: 0.06294 / Rrim(I) all: 0.09226 / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 1.369 / Num. unique obs: 22514 / CC1/2: 0.232

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.74 Å / SU ML: 0.3281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6546
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1996 1.17 %
Rwork0.2258 168084 -
obs0.2261 170080 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19743 0 444 542 20729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002520662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.499728115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03833113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00453646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.10747661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.33661340.356111379X-RAY DIFFRACTION94.79
2.26-2.320.35181430.321612008X-RAY DIFFRACTION99.77
2.32-2.390.37061440.30612026X-RAY DIFFRACTION99.91
2.39-2.470.34251420.294612039X-RAY DIFFRACTION99.95
2.47-2.550.34331430.294212012X-RAY DIFFRACTION99.93
2.55-2.660.32341430.281712043X-RAY DIFFRACTION99.95
2.66-2.780.31741420.257412059X-RAY DIFFRACTION99.89
2.78-2.920.25951420.249712033X-RAY DIFFRACTION99.93
2.92-3.110.31081440.258612032X-RAY DIFFRACTION99.93
3.11-3.350.28221430.249712066X-RAY DIFFRACTION99.89
3.35-3.680.2851430.22612028X-RAY DIFFRACTION99.85
3.68-4.220.21991430.201512071X-RAY DIFFRACTION99.75
4.22-5.310.18391440.184712085X-RAY DIFFRACTION99.77
5.31-47.740.17651460.182612203X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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