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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pgq
タイトルCrystal structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (Apo, trigonal form)
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Bordetella pertussis / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (Apo, trigonal form)
著者: Ung, A.R. / Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2025年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,54510
ポリマ-74,7212
非ポリマー8248
8,539474
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,09020
ポリマ-149,4424
非ポリマー1,64816
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area19740 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area42480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.461, 83.461, 166.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-552-

HOH

21A-734-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 37360.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
遺伝子: gap, hexC, BP1000 / プラスミド: BopeA.00052.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7VZB9, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

-
非ポリマー , 5種, 482分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Index H1: 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM MgCl2, 25% (w/v) PEG 3350. BopeA.00052.a.B2.PW39379 at 12.4 mg/mL. 5mM NAD and D-glyceraldehyde-3-phosphate added to the protein prior to crystallization ...詳細: Index H1: 100 mM Tris, pH 8.5, 200 mM MgCl2, 25% (w/v) PEG 3350. BopeA.00052.a.B2.PW39379 at 12.4 mg/mL. 5mM NAD and D-glyceraldehyde-3-phosphate added to the protein prior to crystallization but no electron density for the ligands was observed. plate 19840 well H1 drop 3 , Puck: PSL-2105, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月25日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.97 Å / Num. obs: 107896 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 2177860
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / Rmerge(I) obs: 2.386 / Num. measured all: 109904 / Num. unique obs: 5248 / CC1/2: 0.376 / Rpim(I) all: 0.533 / Rrim(I) all: 2.445 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(2.0_5750: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→43.97 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1856 5393 5 %
Rwork0.1625 --
obs0.1636 107818 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5044 0 52 474 5570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0577157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1051895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.2991740.31683378X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.530.31281730.29563376X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.550.31362070.28263317X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.570.24871680.26563429X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.590.28691870.25693312X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.620.28562100.24393356X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.640.26111770.23713381X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.660.24881630.22333413X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.26872150.20713320X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.2191600.20073408X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.23591570.19613411X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.21492060.19063368X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.20211640.18493418X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.850.20261750.17723367X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.20331850.17543384X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.930.19881910.16673406X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.980.20041970.15543377X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.040.19441720.15153411X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.10.16571530.14843434X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.160.17011990.14683370X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.240.17421770.14043418X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.330.14931610.14293437X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.440.17861830.14273412X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.560.1761910.1463424X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.730.17411680.15133440X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.940.18721830.15563461X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.230.18261820.15733453X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.70.171810.15243493X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.660.14631840.12953528X-RAY DIFFRACTION100
4.66-43.970.17181500.16513723X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.31-0.0125-0.12411.77120.3381.53170.02340.2864-0.2849-0.1431-0.0772-0.04640.1523-0.01840.04650.12180.00690.02740.1924-0.01830.14754.100723.992911.3925
20.6815-0.1338-0.16210.609-0.02140.49560.05370.02450.06240.0708-0.0267-0.1272-0.08340.0927-0.03440.1288-0.0176-0.0120.1380.00540.14062.591541.85327.3191
30.2247-0.3616-0.32530.66810.59670.53350.2992-0.01360.62830.3636-0.02530.8194-0.2596-0.24230.03670.5533-0.01080.34430.3097-0.00980.7286-38.533449.126748.7778
40.2468-0.3960.07670.8786-0.15550.03330.0678-0.17670.46330.3378-0.05180.4984-0.3125-0.15320.10410.7889-0.0210.50780.0246-0.22070.8046-26.234662.638752.3364
51.75980.30020.17430.8920.09181.51320.0763-0.16670.14510.4668-0.07830.0148-0.04610.09010.00720.363-0.06870.02120.1467-0.01930.1706-6.159350.897848.6635
60.6280.2535-0.59263.3849-1.08191.9650.1544-0.01940.74650.2680.0390.3056-0.556-0.1216-0.17490.25090.01530.05880.17990.02650.4114-21.068351.777126.0441
70.92010.8061.19552.08022.28883.63410.0714-0.16440.22140.3515-0.1630.3146-0.2072-0.13230.10930.3627-0.05420.09170.1512-0.01540.2297-10.02655.083441.0044
81.49070.33040.13061.4650.0030.8518-0.0327-0.07120.17690.21660.0083-0.0607-0.14630.08080.03970.2372-0.04270.01210.1191-0.01640.1595-5.586847.509842.3799
90.87020.12340.96891.05690.94391.71920.1642-0.3024-0.08940.6889-0.0721-0.01460.0133-0.06-0.04480.5254-0.0925-0.02790.23420.01490.1568-7.049539.294655.7582
100.9611-0.30030.5490.89470.32950.74590.2452-0.1070.32170.5237-0.17950.1759-0.0942-0.0806-0.01830.3959-0.08350.10410.1496-0.0180.2322-14.972945.001949.8653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 142 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 336 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 89 through 154 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 155 through 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 184 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 204 through 229 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 230 through 256 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 257 through 284 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 285 through 336 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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