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- PDB-9pga: The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pga
タイトルThe cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
  • DNA (51-MER)-template
  • DNA (64-MER)-non template
  • RNA polymerase sigma factor RpoD
  • WYL domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / didA promoter transcription activation complex / DriD / Caulobacter / TRANSCRIPTION / Non-canonical DNA Repair / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / WCX domain / : / WYL domain profile. / WYL domain / WYL domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily ...: / WCX domain / : / WYL domain profile. / WYL domain / WYL domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / Uncharacterized protein / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Singh, R.R. / Schumacher, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Transcription activation mechanism of a noncanonical DNA damage response pathway by the WYL-activator, DriD.
著者: Rajiv R Singh / Amani Chinni / Emily Cannistraci / Raul Salinas / Sunny Yadav / Kevin Gozzi / Maria A Schumacher /
要旨: DNA damage repair mechanisms are vital for cell survival. In the bacterium, , DriD is the master regulator of a unique, noncanonical DNA damage pathway. DriD binding to ssDNA, produced upon DNA ...DNA damage repair mechanisms are vital for cell survival. In the bacterium, , DriD is the master regulator of a unique, noncanonical DNA damage pathway. DriD binding to ssDNA, produced upon DNA damage, stimulates its ability to activate transcription from several promoters involved in DNA damage responses. However, the mechanism by which DriD interfaces with the RNAP holoenzyme to activate transcription from its multiple promoters has been unclear. Here, we describe cryo-EM structures of DriD-ssDNA bound to RNAP-holoenzyme and three DriD-regulated promoters. Each subunit of homodimeric DriD contains an DNA binding -terminal winged helix-turn-helix (wHTH) connected to WYL domains by a linker 3-helix bundle (3HB) module. The structures reveal a mechanism of assembly on promoters whereby DriD's 3HBs bind the RNAP α-CTD and β domains, anchoring the RNAP-holoenzyme to regulated promoters. The 3HBs form autoinhibitory contacts with DNABDs in apo DriD and therefore acts as an ssDNA-driven trigger domain, switching between DNABD-bound apo and RNAP-bound forms upon ssDNA-mediated activation. Thus, the structures reveal a unique transcription activation mechanism, likely conserved among the large family of homodimeric WYL activators.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex
著者: Singh, R.R. / Schumacher, M.A.
#2: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-bapE promoter transcription activation complex
著者: Singh, R.R. / Schumacher, M.A.
#3: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex
著者: Singh, R.R. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2025年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
H: DNA (64-MER)-non template
I: DNA (51-MER)-template
Q: WYL domain-containing protein
L: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')
R: WYL domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)604,12315
ポリマ－603,96812
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 37315.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株: ML2315 (BSL1) / 参照: UniProt: Q9A8S9, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 151085.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株: ML2315 (BSL1) / 参照: UniProt: Q9AAU2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 154467.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株: ML2315 (BSL1) / 参照: UniProt: Q9AAU1, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 13289.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株: ML2315 (BSL1) / 参照: UniProt: P58066, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 2種, 3分子 FQR

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70


分子量: 72770.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株: ML2315 (BSL1) / 遺伝子: rpoD, CC_3047 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P52324
#8: タンパク質 WYL domain-containing protein


分子量: 36212.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株: ML2315 (BSL1) / 遺伝子: CC_1095 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9A999

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DNA鎖 , 3種, 4分子 HILY

#6: DNA鎖 DNA (64-MER)-non template


分子量: 30575.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
参照: GenBank: 220962111
#7: DNA鎖 DNA (51-MER)-template


分子量: 30517.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
参照: GenBank: 220962111
#9: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3')


分子量: 2103.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: ML2315 (BSL1)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClC4H11NO31
25 mMMagnesium ChlorideMgCl21
3100 mMSodium ChlorideNaCl1
41 mM1C2H6OS1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 3 uM of the reconstituted complex
試料支持グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 56.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2DigitalMicrograph3.51画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7Coot9.8.96モデルフィッティング
9PHENIX1.21.2-5419モデル精密化
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.3最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.5.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23172 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7ye1

7ye1


Accession code: 7ye1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.98 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00436532
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65950011
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.8115985
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0435783
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0066142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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