PDB-9pg6: Crystal structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pg6

タイトル

Crystal structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (NAD bound)

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (NAD bound)
著者: Liu, L. / Ung, A.R. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pg6.cif.gz	1012 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pg6.ent.gz	845.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pg6_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pg6_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9pg6_validation.xml.gz	112.7 KB	表示
CIF形式データ	9pg6_validation.cif.gz	141.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/9pg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/9pg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

304 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.826, 130.061, 140.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 37360.496 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌) 遺伝子: gap, hexC, BP1000 / プラスミド: BopeA.00052.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7VZB9, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus A1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. BopeA.00052.a.B2.PW39379 at 12.4 mg/mL. 5mM NAD added to the protein prior to ...詳細: Morpheus A1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. BopeA.00052.a.B2.PW39379 at 12.4 mg/mL. 5mM NAD added to the protein prior to crystallization. plate 19841 well A1 drop 2, Puck: PSL-2110, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. BopeA.00052.a.B2.PW39379 at 12.4 mg/mL. 5mM NAD added to the protein prior to ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月25日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.03 Å / Num. obs: 153901 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.184 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.199 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 1076571
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.251 / Num. measured all: 82295 / Num. unique obs: 11373 / CC_1/2: 0.742 / R_pim(I) all: 0.495 / R_rim(I) all: 1.346 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5438: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→49.03 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	7773	5.06 %
R_work	0.1928	-	-
obs	0.1947	153627	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20351	0	357	584	21292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	21301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763	29072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.172	8037
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	3461
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3713

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.3314	276	0.2788	4870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.2	0.3346	230	0.2732	4858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.3435	227	0.2705	4847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.325	254	0.2533	4825	X-RAY DIFFRACTION	99
2.26-2.28	0.3	251	0.2524	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.2693	276	0.2373	4835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.35	0.2757	280	0.2308	4820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.2679	268	0.2264	4849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.284	254	0.2336	4841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.46	0.2635	263	0.2195	4856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.265	246	0.2201	4831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.55	0.2963	229	0.2123	4953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.2617	250	0.211	4806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.65	0.2524	226	0.2144	4895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.71	0.2641	280	0.2158	4862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2898	280	0.2162	4807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2675	309	0.2264	4803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.92	0.2964	251	0.2159	4918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3	0.261	244	0.2154	4861	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.1	0.2472	263	0.1979	4848	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.21	0.2288	234	0.1994	4894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.34	0.2132	263	0.1932	4871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.49	0.2271	289	0.198	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.68	0.2308	270	0.1837	4857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.91	0.1965	237	0.1665	4948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.21	0.1842	272	0.1554	4862	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.63	0.1551	257	0.1358	4917	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.3	0.1693	246	0.1426	4865	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3-6.67	0.1938	246	0.1648	4913	X-RAY DIFFRACTION	99
6.68-49.03	0.1838	302	0.1812	4849	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6203	-0.0188	-0.1702	0.5157	0.2377	0.7067	-0.0177	-0.0466	-0.1148	0.0687	-0.0874	0.1099	0.1064	-0.0202	-0.0005	0.1906	-0.0003	0.0349	0.264	-0.0136	0.2762	-4.8773	-0.7044	27.018
2	0.6843	0.071	-0.2574	0.3001	-0.183	0.6627	-0.0504	0.0102	-0.1282	0.0264	-0.1092	-0.0714	0.1537	0.1507	-0.0069	0.2225	0.0358	0.0191	0.3184	0.0356	0.2616	34.8761	-0.525	32.6075
3	0.4342	0.2569	0.1163	0.6584	0.2527	0.4046	-0.0556	-0.0244	0.0537	0.1185	-0.0089	0.024	-0.032	-0.0876	-0.0001	0.2075	0.0282	-0.0251	0.2851	0.0021	0.182	11.002	28.426	48.1813
4	0.7485	-0.2107	-0.248	0.354	0.0877	0.5566	0.0547	-0.0071	0.1255	-0.0808	-0.0478	-0.0779	-0.1275	0.1199	0	0.207	-0.0074	-0.0096	0.2728	0.0082	0.2022	18.9941	26.7009	9.1142
5	0.2532	-0.0657	0.21	0.3167	-0.291	0.3742	0.0159	0.0042	-0.1169	-0.0524	-0.034	-0.0533	0.1088	0.0357	-0	0.251	-0.0037	0.0446	0.2271	0.0126	0.3529	44.4081	64.5481	45.402
6	0.4269	-0.048	0.1176	0.2614	0.287	0.4094	0.0274	-0.0878	-0.1116	-0.1538	-0.006	-0.0022	0.128	-0.0662	-0.0007	0.3303	-0.069	-0.0185	0.2605	0.0268	0.2658	5.0915	63.116	38.7649
7	0.8695	-0.0296	0.0916	0.4823	-0.1641	0.4613	-0.0398	0.0606	0.0302	-0.1349	-0.0213	-0.0755	0.0439	0.0862	-0	0.2512	-0.0339	0.0187	0.2445	-0.0089	0.2071	28.1607	92.1555	22.4984
8	0.6538	0.3086	-0.1165	0.5105	-0.1703	0.4755	-0.0176	-0.0714	-0.0189	0.0793	-0.0059	-0.0108	-0.0625	-0.0878	-0	0.1898	-0.0197	-0.0311	0.3193	0.0075	0.1961	18.9643	92.3869	61.1607

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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