PDB-9pfy: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pfy

タイトル

Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with ATP

要素

nucleoside-diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / nucleoside-diphosphate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with ATP
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pfy.cif.gz	205.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pfy.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9pfy_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9pfy_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9pfy_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	9pfy_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/9pfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/9pfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: nucleoside-diphosphate kinase

B: nucleoside-diphosphate kinase

C: nucleoside-diphosphate kinase

ヘテロ分子

54.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.815, 69.815, 315.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-389- HOH
2	1	A-426- HOH
3	1	C-407- HOH

#1: タンパク質	nucleoside-diphosphate kinase 分子量: 17692.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd4_1940 / プラスミド: CrpaA.01302.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR64, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Berkeley F12: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystal was transferred to 35% MPD, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, 100mM sodium formate two ...詳細: Berkeley F12: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystal was transferred to 35% MPD, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, 100mM sodium formate two times and then soaked with in the same solution containing 10mM ATP for 3 hours. Subunits A and C have partial occupancy of ATP and HIP in the active site. Subunit B had 100% conversion to HIP. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0105, Cryo: direct from soaking solution

結晶

マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.24 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Berkeley F12: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystal was transferred to 35% MPD, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, 100mM sodium formate two ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月25日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→48.01 Å / Num. obs: 86973 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I): 23.3 / Num. measured all: 1338263
反射シェル	解像度: 1.42→1.46 Å / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.618 / Num. measured all: 26438 / Num. unique obs: 5944 / CC_1/2: 0.72 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.7 / Χ²: 0.61 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5438: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→48.01 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1558	4327	4.99 %
R_work	0.127	-	-
obs	0.1284	86797	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→48.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3529	0	64	451	4044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	5115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.738	1533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	555
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.44	0.2356	124	0.1935	2458	X-RAY DIFFRACTION	92
1.44-1.45	0.2264	144	0.1827	2600	X-RAY DIFFRACTION	95
1.45-1.47	0.2443	140	0.1672	2587	X-RAY DIFFRACTION	97
1.47-1.49	0.2133	151	0.1592	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
1.49-1.51	0.1964	138	0.1418	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2101	145	0.1334	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2105	111	0.1281	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.1574	145	0.1211	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.1873	153	0.1132	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.1837	156	0.1103	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.1599	140	0.1041	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.1414	146	0.1043	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.1601	134	0.1047	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.16	163	0.1077	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.177	143	0.109	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.1436	126	0.109	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.1784	149	0.1087	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.1523	140	0.1133	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.1732	133	0.1167	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.05	0.1461	133	0.1199	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.12	0.144	128	0.1083	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.21	0.1506	152	0.1138	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.31	0.1435	125	0.1129	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.43	0.136	164	0.1153	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.58	0.1306	157	0.1215	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.78	0.1348	146	0.1279	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.06	0.1872	143	0.139	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.5	0.1353	139	0.1383	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.1438	190	0.1218	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-48.01	0.1571	169	0.1593	3126	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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