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- PDB-9pfl: Crystal structure of human 15-PGDH in complex with small molecule... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pfl
タイトルCrystal structure of human 15-PGDH in complex with small molecule compound 1
要素15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase [NAD(+)]
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / small molecule inhibitor / 15-PGDH / Prostaglandins E2 / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) / 15-hydroxyicosatetraenoate dehydrogenase / regulation of prostaglandin catabolic process / ductus arteriosus closure / ovulation / prostaglandin E receptor activity / parturition / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / lipoxygenase pathway ...15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) / 15-hydroxyicosatetraenoate dehydrogenase / regulation of prostaglandin catabolic process / ductus arteriosus closure / ovulation / prostaglandin E receptor activity / parturition / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / lipoxygenase pathway / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / prostaglandin metabolic process / thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of cell cycle / NAD+ binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / kidney development / female pregnancy / NAD binding / response to estradiol / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / basolateral plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IODIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase [NAD(+)]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Brennan, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Knowledge and Structure-Based Drug Design of 15-PGDH Inhibitors.
著者: Dodda, L.S. / Campos, S. / Ciccone, D. / Carreiro, S. / Leit, S. / Brennan, D. / Zephyr, J. / Jacques-O'Hagan, S. / Kumar, S. / Kuo, F.S. / Shaik, M.M. / Price, D.J. / Loh, C. / Edmondson, S. ...著者: Dodda, L.S. / Campos, S. / Ciccone, D. / Carreiro, S. / Leit, S. / Brennan, D. / Zephyr, J. / Jacques-O'Hagan, S. / Kumar, S. / Kuo, F.S. / Shaik, M.M. / Price, D.J. / Loh, C. / Edmondson, S.D. / Tummino, P. / Kaila, N.
履歴
登録2025年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase [NAD(+)]
B: 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase [NAD(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,96727
ポリマ－55,5102
非ポリマー4,45725
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.695, 107.234, 47.027
Angle α, β, γ (deg.)90, 98.564, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase [NAD(+)] / 15-PGDH / Eicosanoid/docosanoid dehydrogenase [NAD(+)] / Prostaglandin dehydrogenase 1 / Short ...15-PGDH / Eicosanoid/docosanoid dehydrogenase [NAD(+)] / Prostaglandin dehydrogenase 1 / Short chain dehydrogenase/reductase family 36C member 1


分子量: 27754.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGD, PGDH1, SDR36C1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15428, 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+), 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 15-hydroxyicosatetraenoate dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 385分子

#2: 化合物 ChemComp-A1CH2 / (4S)-7-[7-(4,4-difluoropiperidine-1-carbonyl)-2,3-dihydro-4H-1,4-benzoxazin-4-yl]-2-methyl[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3(2H)-one


分子量: 429.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21F2N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M NaI, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 6.5, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18073 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.546 Å / Num. obs: 53999 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.239 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2682 / CC1/2: 0.821 / Rrim(I) all: 0.535 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.105)精密化
XDSv6.2.5データ削減
Aimlessv1.12.13データスケーリング
PHASERv2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→46.546 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.859 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 2680 5.016 %
Rwork0.1913 50753 -
all0.193 --
obs-53433 97.356 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.289 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.528 Å20 Å20.117 Å2
2---0.357 Å2-0 Å2
3---0.812 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.546 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3892 0 196 360 4448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7851.7965694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9555522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.259526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60810713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.22310178
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.22899
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2190.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1540.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7822.1272052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4873.8122565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2512.4522143
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8974.3343122
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.18127.5777169
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.65-1.6930.2841810.23438210.23640470.9480.96598.88810.23
1.693-1.7390.3151900.27437000.27639350.9240.94798.85640.266
1.739-1.790.261850.19336210.19638320.9570.97799.32150.183
1.79-1.8440.2021900.1734890.17237060.9730.98299.27150.159
1.844-1.9050.3931870.37831020.37935950.860.88591.48820.361
1.905-1.9720.2951480.28930950.2935260.9410.93291.97390.272
1.972-2.0460.3021740.22431200.22833770.9270.96797.54220.205
2.046-2.1290.3261730.2928900.29232430.8910.90694.44960.262
2.129-2.2240.2391580.20928620.21131100.9590.9797.10610.194
2.224-2.3320.3421420.26126690.26529920.9120.93993.95050.235
2.332-2.4580.2121390.15826890.16128450.9720.98499.40250.153
2.458-2.6060.2361240.16825300.17126630.9660.98399.6620.166
2.606-2.7860.2521080.19123600.19425220.9580.97897.85880.191
2.786-3.0080.221060.16922300.17223370.9690.98399.95720.174
3.008-3.2940.1911000.15920550.1621650.980.98699.53810.167
3.294-3.680.1931080.15818250.1619720.9780.98798.02230.168
3.68-4.2450.154970.13316190.13517450.9830.98998.33810.15
4.245-5.1890.167780.12113940.12414730.9820.99299.93210.14
5.189-7.2930.23590.17510610.17811340.9850.98898.76540.188
7.293-46.5460.172330.1996210.1976640.9920.98998.4940.224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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