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- PDB-9pee: Cryo-EM structure of CCR6 bound by PF-07054894 and OXM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pee
タイトルCryo-EM structure of CCR6 bound by PF-07054894 and OXM2
要素
  • (anti-BRIL Fab ...) x 2
  • Human CCR6
  • anti-BRIL Heavy chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Complex / Antagonist
機能・相同性: / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Wasilko, D.J. / Wu, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2025
タイトル: Discovery of PF-07054894, a Potent Squaramide-Based CCR6 Antagonist Displaying High CXCR2 Selectivity.
著者: Mark E Schnute / Huixian Wu / John I Trujillo / Wei Li / David Jonathan Wasilko / Jennifer Alley / Eric P Arnold / Scott W Bagley / Gabriel Berstein / David C Blakemore / Mark W Bundesmann / ...著者: Mark E Schnute / Huixian Wu / John I Trujillo / Wei Li / David Jonathan Wasilko / Jennifer Alley / Eric P Arnold / Scott W Bagley / Gabriel Berstein / David C Blakemore / Mark W Bundesmann / Gary M Chinigo / Chulho Choi / Robert Cooke / Kimberly Crouse / Alpay Dermenci / Theresa Dickinson / Andrew Flick / Richard K Frisbie / Carmen Garcia-Irizarry / Brian S Gerstenberger / David Hepworth / Neelu Kaila / Daniel W Kung / Daniel Lamb / Sophie Y Lavergne / David C Limburg / Shenping Liu / Vincent M Lombardo / Prolay K Mondal / James J Mousseau / Arjun Narayanan / Nootaree Niljianskul / Philippe Nuhant / Senliang Pan / Michael J Primiano / Mathieu Rappas / Daniel C Schmitt / Stefanus J Steyn / Ray Unwalla / Dipy Vasa / Michael L Vazquez / Fabien Vincent / Xiaojing Yang / Atli Thorarensen /
要旨: The G protein-coupled receptor (GPCR) CCR6 mediates the migration of pathogenic immune cells to the site of inflammation in response to the chemokine CCL20. CCR6 is an attractive target for the ...The G protein-coupled receptor (GPCR) CCR6 mediates the migration of pathogenic immune cells to the site of inflammation in response to the chemokine CCL20. CCR6 is an attractive target for the treatment of chronic autoimmune disease as antagonism of the receptor is expected to block CCL20-mediated immune cell recruitment. High-throughput-screening identified a squaramide-based, allosteric antagonist of CCR6 that potently inhibited CCL20-mediated T cell chemotaxis, but it also inhibited CXCL1-mediated neutrophil chemotaxis through CXCR2 antagonism. Lead optimization achieved differentiation from CXCR2 through identification of a methyl substituent-dependent selectivity switch or "magic methyl for selectivity". The mechanism for this effect is rooted in different antagonist-induced ligand-receptor behaviors, insurmountable for CCR6 and surmountable for CXCR2. Herein, we report the discovery and preclinical evaluation of the CCR6 antagonist PF-07054894 () which has advanced to clinical trials as a first in class approach targeting the receptor.
履歴
登録2025年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human CCR6
L: anti-BRIL Fab Light chain
K: anti-BRIL Fab Nanobody
H: anti-BRIL Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,4296
ポリマ－124,5544
非ポリマー8752
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Human CCR6


分子量: 54623.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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抗体 , 3種, 3分子 LKH

#2: 抗体 anti-BRIL Fab Light chain


分子量: 25343.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 anti-BRIL Fab Nanobody


分子量: 15755.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 anti-BRIL Heavy chain


分子量: 28832.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-A1A1W / N-{[(2R)-4-(bicyclo[1.1.1]pentan-1-yl)-5-oxomorpholin-2-yl]methyl}-1-[4-(trifluoromethyl)phenyl]cyclopropane-1-carboxamide


分子量: 408.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23F3N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-A1CH1 / 4-[(2-{[(R)-(1,4-dimethyl-1H-pyrazol-3-yl)(1-methylcyclopentyl)methyl]amino}-3,4-dioxocyclobut-1-en-1-yl)amino]-3-hydroxy-N,N-dimethylpyridine-2-carboxamide


分子量: 466.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Human CCR6/PF-07054894/OXM2 with anti-BRIL Fab and anti-BRIL Fab Nanobody
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.003% LMNG, 0.0003% CHS, 50 uM OXM2 and 50 uM of PF-07054894
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: CCR6-BRIL/Fab/Nb complex co-purified with PF-07054894 and OXM2
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2EPUv2.12.1.2782REL画像取得
12cryoSPARC4.4.1３次元再構成
13PHENIX1.20_4459モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250839 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 9D3E

9d3e


Accession code: 9D3E / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.35 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047296
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9729920
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4781041
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0521120
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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