PDB-9pds: YG18 peptide - open tube

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9pds

タイトル

YG18 peptide - open tube

要素

YG18 peptide

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Nanomateiral / short-peptides / cross-beta

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Sonani, R.R. / Distaffen, H.E. / Nilsson, B.L. / Egelman, E.H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: YG18 peptide - open tube
著者: Sonani, R.R. / Egelman, E.H.

履歴

登録	2025年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年7月8日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年7月8日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年7月8日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年7月8日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年7月8日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9pds.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9pds.ent.gz	63.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9pds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/9pds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/9pds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	71542 EMDB 未公開エントリMC 71543 EMDB 未公開エントリC 9pdtC 9pd7 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

O: YG18 peptide

Q: YG18 peptide

E: YG18 peptide

F: YG18 peptide

G: YG18 peptide

H: YG18 peptide

R: YG18 peptide

S: YG18 peptide

T: YG18 peptide

U: YG18 peptide

I: YG18 peptide

J: YG18 peptide

K: YG18 peptide

L: YG18 peptide

Z: YG18 peptide

a: YG18 peptide

b: YG18 peptide

M: YG18 peptide

V: YG18 peptide

W: YG18 peptide

X: YG18 peptide

g: YG18 peptide

i: YG18 peptide

j: YG18 peptide

c: YG18 peptide

e: YG18 peptide

f: YG18 peptide

p: YG18 peptide

q: YG18 peptide

k: YG18 peptide

l: YG18 peptide

r: YG18 peptide

s: YG18 peptide

t: YG18 peptide

m: YG18 peptide

n: YG18 peptide

v: YG18 peptide

w: YG18 peptide

o: YG18 peptide

u: YG18 peptide

z: YG18 peptide

x: YG18 peptide

y: YG18 peptide

46.2 kDa, 43 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質・ペプチド	... YG18 peptide 分子量: 1075.281 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: helical oligomer of YG18 peptides / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)	生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.20.1_4487:	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -16.32 ° / 軸方向距離/サブユニット: 7.94 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33861 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	3526
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.784	4558
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	15.305	473
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.05	301
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.001	602

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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